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两组学相关关系图形标配

运营部-LYL 联川生物 2022-05-21

为什么别人家的相关性图是那么sa,差异上下调有不同的颜色,我也想要,怎么办?不要羡慕,联川生物的云平台可以满足你,文献中的图形应有尽有,在这儿可以随意修改颜色,选择不同的图形展示。

联川生物云平台云工具地址:https://www.lc-bio.cn/tool/49

使用范围:所有两组学数据的相关性分析;不仅可以可以在线调整差异阈值;计算相关性系数;而且图形清楚地展示两组学中具有不同表达差异的信息,可以帮助老师快速找到与预期变化一致的候选基因。

工具主要构成

主要包含参数调整,结果说明和文件下载,3部分:

输入文件格式

输入文件的格式必须要与示例文件格式一致,可以点击下载示例文件按钮查看;
输入文件要求:
(1)输入文件必须是表格xlsx,且必须含有3个sheet,默认sheet1是X轴作图数据,sheet2是Y轴作图数据;
(2)sheet3中对应关系的顺序必须是第一列与sheet1中的第一列一致,第二列与sheet2中第一列一致;且标题也必须一致,否则会报错提示的。
(3)输入文件的大小要求:每个sheet的行数必须小于3万行,否则会报错提示。

3步快速作图

上传完作图数据后,只需3步就能得到结果!
(1)数据处理:这里的数据处理只是作图需求,为了图上的点更密集;后续的差异筛选依然是根据原始的FC值;
(2)差异阈值筛选:根据每个组学的情况设置差异条件;该阈值是判断差异信息,只有2组学同时差异才标记为yes,否则都标记为no。
补充:2组学的FC和P值是互不影响的;当不筛选FC时,FC值可设置为0;当不筛选p值时,p值可设置为大于1的数值。
(3)图形选择:有3种类型可以任意选择:
简单的散点图,经典的箱线图,精准的分面图,多种选择,可以满足你所有的需求。

图形参数调整

【常用参数】
【高级功能】
高级功能分为2类:当图形选择为显示yes-no和显示差异上下调时,只有颜色模块,此时可以调整点的颜色;当选择显示分面时,可以调节显示需要的分面以及分面点的颜色。
【置信区间】
当图形选择为显示yes-no和显示差异上下调时,才能调整该模块的功能。
  

图形下载

参数调整完成后,可以下载所需要的格式保存,同时还可以修改保存文件的名字,另外保存为PPT的文件还可以在ppt中对图形进行修改,真的太棒了,所有你没想到的在这里都可以实现。

作图数据下载

表格中包含数据处理和差异统计2个sheet,其中数据处理中前4列是组学1的数据,中间4列是组学2的数据,后4列是差异结果。
差异结果说明:
protein_Sig列:组学1同时满足FC和P的阈值才标记为yes,否则为no;
mRNA_Sig列:组学2同时满足FC和P的阈值才标记为yes,否则为no;
Sig列:两组学差异同时为yes则标记为yes,否则为no;
up_up:两组学差异同为yes,组学1上调,组学2上调;
up_down:两组学差异同为yes,组学1上调,组学2下调;
down_down:两组学差异同为yes,组学1下调,组学2下调;
down_up:两组学差异同为yes,组学1下调,组学2上调;
no_no:包含两组学都不差异的和两组学中任意一组学不差异的;
好了,到这里两组学相关关系图形的绘制已经介绍完毕,是不是很期待,那就赶快去点击联川生物云平台吧!

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