云平台表格操作-信息提取专栏| 云课堂(24)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的表格操作-信息提取，一起学起来吧~

需要什么样的输入文件？

1. 下载示例数据

默认显示的文件名是默认图片的输入数据，可以点击“示例文件下载”查看。上传的文件必须是 xlsx格式，否则会报错。

2. 输入文件格式

A. 必须有列名。上传文件后会自动读取列名作为提取信息的对象，同时在表格中高亮提示选择进行筛选的列。

B. 若需要进行批量筛选，需先检查每个文件是否列名相同，否则设定的筛选条件可能对某些表格不适用。

【案例一（仅提取一列中的信息）：提取包含特定基因的行】

以云平台内置的默认数据为例（可下载示例文件以查看）：

“信息提取（取并集）”和“信息提取（取交集）”的界面都可以进行单列信息的提取，其结果是一样的。

1. 选择要筛选的列（选择列会高亮显示），并填入要提取的信息，点击确认：

拖拽右下角可以调整文本框，方便查看文本内容：

2. 点击确认后，会新增“提取结果”界面和“下载”相关内容。可以查看“提取结果”确定是否需要下载。

3. 点击“下载结果文件”下载。

【案例二（同时提取多列中的信息）：提取包含特定基因或 GO 信息的行】

以云平台内置的默认数据为例（可下载示例文件以查看）：

“信息提取（取并集）”和“信息提取（取交集）”的界面的区别：“取并集”- 但凡在一列中匹配到信息，就输出；此案例使用这个方案；

“取交集”-  在多列信息中同时匹配到信息，才输出。

1. 在填好一列信息的情况下（见如下“gene_name”参数栏），点击加号，在新增的参数栏中选择 KEGG 列，填写在 KEGG 列中需要提取的信息：nucleus、protein-DNA complex 和 GO:0009408。  

2. 默认情况下，会对需要提取的信息进行精确匹配（整个单元的字符完全匹配），但是参见右上图， GO 列的单元格内容很多，我们希望的是：输入一个关键字，从而把 GO 列中包含这个关键字的行提取出来。所以我们勾选模糊匹配，见左上图绿色圆圈。

3. 在左侧“提取结果”页面确认结果后，点击“下载结果文件”下载。

【案例三（同时提取多列中的信息）：提取包含特定基因和GO信息的行】

以云平台内置的默认数据为例（可下载示例文件以查看）：

“信息提取（取并集）”和“信息提取（取交集）”的界面的区别：“取并集”-但凡在一列中匹配到信息，就输出；

“取交集”-在多列信息中同时匹配到信息，才输出。此案例使用这个方案。

其它操作同【案例二（同时提取多列中的信息）：提取包含特定基因或GO信息的行】

如何进行批量分析？

1. 批量上传文件：

2. 上传完成后，左侧红框处会提示上传的文件名，用以检查是否上传了正确的文件；右侧红框处会提示展示数据的信息来源。

3. 选择进行筛选的列（“在此列中提取信息”）和提取的关键字（“需提取的信息”），具体参见【如何进行表格信息提取？】。

上述筛选条件会应用于所有的文件。

4. 点击“开始分析”后，右侧的“提取结果”页会展示第一个输入文件的结果供参考，方便即时调整。

同时跳出下载选项，所有文件的筛选后结果会打包下载（zip 格式），输出文件与输入文件同名。

筛选模式

“信息提取（取并集）”- 但凡在一列中匹配到信息，就输出；“信息提取（取交集）”-  同时在多列（做多 5 列）信息中匹配到信息，才输出。

匹配模式

文本框中的信息，一行为一个关键字，循环搜索该列直到遍历完所有关键字。

精确匹配：默认。若整个单元格匹配到任一关键字，认为该行匹配到。

模糊匹配：需勾选“模糊”才进行。若整个单元格“包含”任一关键字（大小写敏感），认为该行匹配 到。 

大小写敏感：需在“模糊匹配”模式下才进行。若整个单元格“包含”任一关键字（忽略大小写的差异）， 认为该行匹配到。

表格操作-信息提取就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://www.lc-bio.cn/faq/sop_detail.php?id=213或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

云平台登录和注册的流程

云平台目前只针对联川客户开放，注册需用正确的合同号进行注册哦，有多个合同的填写任意一个合同号即可。暂不能体验的小伙伴也别着急，随着平台的优化，也会逐步对全员开发的~注册链接如下：

http://www.lc-bio.cn/index.html

也欢迎给位给我们的云平台留言、提建议

在大家的督促下，我们的云平台会越做越好

相关阅读