云课堂（5） | Circos画图入门教程

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今天小编将与大家一起分享云平台里的Circos画图入门教程，一起学起来吧~

一、Circos 介绍与软件安装

Circos软件是常用的展示图片的软件 。其中内部的连线在circos中称为 links，主要是研究基因在基因组中的复制和共线性。

1. 打开链接点击最新版本下载。下载链接：http://circos.ca/software/download/

2. 运行circos需要本地有perl软件，检查方法为调出cmd，然后输入perl-v 即可。

3.进入 circos/bin 的路径下运行 test.module，

4. 运行.\circos -modules，查看自己缺少什么模块 ，缺什么就安装什么。

5. 测试运行 circos 指令：.\circos -h，

二、Circos的三种数据格式介绍

绘制图片一般需要 3 个文件：

1. karyotypes 盒型文件，格式如下，内容包括 label（圆圈外展示的信息），起始、终止位置，颜色信息（chr1 是 circos 中常用的颜色，也可以定义为 red 等颜色），前两列固定。

颜色部分可以到 circos 文件夹下的 gddiag.png 文件查阅并挑选，颜色如下：

2. Links关系数据，包含 3 个内容哪两条染色体之间、哪个区域、这个 links 的属性（颜色、粗细），格式如下：

第一行解释为：染色体1的hs1从465到30596 位于染色体 2 的 hs2 从 114046768 到 114076456位连接，Type 为 1（颜色粗细等属性标签）。

3. 属性文件，此文件可以展示线性、散点、热图、直方图、文本等信息。

第一行解释为：染色体 hs3 从 1 到 4 为，属性为 71（此列可以是宽度、颜色、文字等）。

三、Circos画圈的配置文件

为了使用方便 circos 的配置文件，往往通过主配置文件外部调用其他配置文件来实现。 常用： ideogram.conf(染色体配置文件)也就是绘制染色体的配置文件、还有其他的 links 配置文件、heatmap配置文件等 。

其他：tick.conf（刻度配置文件）以及 color.conf(颜色)、font.conf（字体）等往往改动较小，直接利用 circos 软件提供的默认配置文件就可以了。

1. circos.conf 文件：

2. Ideogram.cof染色体配置文件 ：

3. Links.conf 文件：

此文件还需读入一个links的文本文件，上面的第二大点有介绍此文本文件格式，示例数据有提供 circos.link.filter.txt：

此外 links 和 indeogram 文件均存在条件语句，比如如下条件语句，意思就是最后一列的 id 如果是hs1，那么其填充颜色为蓝色，边框颜色也是蓝色。

4. Hist.conf直方图、热图配置文件此时需要准备直方图的数据文件：

将上面的四个文件（主配置文件、染色体配置文件、links 文件、热图等配置文件）书写完毕，然后放在主配置文件能找到的地方，就可以运行了。

运行指令为：circos-0.69-6\bin\circos -conf circos.conf

Circos画图入门教程就分享完了，想去联川云平台学习更多技能的小伙伴可以关注下方注册和登录流程，需要本文章原文的请点击文末左下角“阅读原文”下载~

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