云平台 | Haploview绘制曼哈顿图小技巧

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享一篇云平台里的绘图小技巧，一起学起来吧~

曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点。它得名源于样式与曼哈顿天际线相似。近几年，在宏基因组研究领域，尤其是差异OTU结合分类学结果，采用Manhattan plot展示有非常好的效果，倍受推崇。大数据中，曼哈顿图优点在于既能展示数据全貌，又能快速找到目标基因或OTU，同时可知目标的具体位置和分类、显著程度等信息。绝对高端大气，而且还有内涵。

HaploView功能：

1.连锁不平衡LD与单倍型分析；

2.单倍型人群频率估算；

3.SNP与单倍型关联检验；

4.关联显著性排列检验；

5.从HapMap上下载基因型信息；

6.PLINK全基因组关联结果可视化。

Haploview的详细用法很多，这里只关注如何画manhattan plot吧，首先双击运行haploview.jar：（软件下载请大家自行解决哦：https://www.broadinstitute.org/haploview/downloads）

1.打开如下的主界面（如果主界面默认是空白，就用file里面的open new data）：

2.填写file文件：

3.选择PLINK format选项，导入file数据，勾选Non-SNP：

4.参考选项填写相应的内容：

5.右击选择属性修改图标属性：

6.最后保存该图片即可。

Haploview绘制曼哈顿图小技巧就分享完了，想去联川云平台学习更多技能的小伙伴可以关注下方注册和登录流程，需要本文章原文的请点击文末左下角“阅读原文”下载~

云平台登录和注册的流程

云平台目前只针对联川客户开放，注册需用正确的合同号进行注册哦，有多个合同的填写任意一个合同号即可。暂不能体验的小伙伴也别着急，随着平台的优化，也会逐步对全员开发的~注册链接如下：

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