MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

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今天小编将与大家一起分享云平台里的MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍，一起学起来吧~

MEGA是一款非常好用且功能强大的系统进化分析及分子鉴定软件，是免费分子进化遗传分析软件。MEGA软件官网：https://www.megasoftware.net/

一.下载安装

选择MEGA7 点击download，进行软件下载：

二.序列处理

1.准备好fa格式的序列文件，如下图：

2.直接将文件拖拽至软件中，选择Align进行比对：

3.可呈现下图：

4.此处可以选择性地利用“Group name”一列对几条序列进行分组处理，如下图：

5.下面进行序列比对，点击Alignment——Align By muscle，弹框后点击ok：

6.选择Compute，进行计算，稍等片刻：

（muscle 计算也可以选择命令行：muscle -in mtCDNA.fa -out fa.out）

7.出现比对结果：

8.点击红色叉号删去空白：

9.比对结果保存，点击Data——Export Alignment——MEGA format：

10.命名一个title，点击ok即可成功保存一个以meg结尾的数据：

三.绘制进化树

1.把上面保存的meg文件拖拽到MEGA软件中。

2.点击Phylogeny——选择近邻法绘制进化树，弹框选择yes：

3.Test of Phylogney一处选择Bootstrap mehtod,点击Compute：

4.绘制完毕，可以在上方选择修饰一下树的样式，例如绘制一个圆形的树，或一个经典的树：

5.下面保存这张树的图片，点击Image——选择希望保存的格式保存即可：

6.也可以把树保存成Newick格式，供后续使用：点击File—Export Current Tree(Newick)，并在弹框中，选择保存图标，保存即可，此格式可以使用notepad++软件打开。

四.Newick格式介绍

Netwick格式使用了嵌套括号的形式表示分支关系，数字表示分支长度，以计算机可读的形式表示了进化树，例如下图可表示为(A,(B,(C,D)))：

Newick格式官网：
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

下面我们尝试使用newick格式，绘制进化树。

1.准备好输入文件例如内容为(A,(B,(C,D)))的文本,并将其保存为nwk后缀文档：

2.打开MEGA软件，将此文档拖拽到软件中，即可绘制成一张简单的进化树图：

3.也可以在标记后面加上冒号和数字，冒号后面的数字代表树的长度（枝长越长的序列表示差别越大），如：(A:0.1,(B:0.2,((C:0.3,D:0.4),E:0.2)))，导入MEGA后即可生成如下图片：

MEGA软件下载安装&序列处理&进化树绘制&Newick格式介绍就分享完了，想去联川云平台学习更多技能的小伙伴可以关注下方注册和登录流程，需要本文章原文的请点击文末左下角“阅读原文”下载~

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