云平台 | bio-Venn在线绘制Venn图

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

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联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里bio-Venn在线绘制Venn 图小技巧，一起学起来吧~

Venn图又称文氏图，是科研文章中最常见的图，可以用来表示多个数据集之间的关系，也可以进行集合运算。绘制韦恩图的工具有很多，如Venny 2.1、Draw Venn Diagram、BioVenn以及R语言等都可绘制韦恩图。

在微生物研究中，Venn图可以展示在多个（组）样本中共有和独有的OTU数量，直观展示环境样本中OTU组成的相似性和特异性。通常选取2~5个（组）样本绘制Venn图，可以获取较佳的展示效果。

Venn图中每个圈代表一个（组）样，圈和圈重叠部分的数字代表样本（组）之间共有的OTUs个数，没有重叠部分的数字代表样本（组）的特有OTUs个数。通过venn图分析结果，得到所共有OTU和特有的OTU，可发现不同条件下一些重要的差异OTU。

今天分享的是利用BioVenn绘制Venn图的方法，利用BioVenn在线软件只能绘制3组及以下的韦恩图，不过圆圈的大小可以随数据集大小而变化，并且对图片的编辑选项也更多，更能映射到Ensembl gene ID，用法如下图所示：

左侧上方的输入框是图片标题、副标题和3个数据集名称，后面可以选择对应文字的字体、大小和颜色以及是否在图中显示数字等选项。中间彩色部分是输入各组数据的位置，有两种输入方法，也可以修改圆圈的填充色。

紧挨彩色部分的正下方红框选项可以将Affymetrix或EntrezGene IDs映射为Ensembl Gene IDs。再下方的红框选择生成哪种格式的图片，在SVG格式下，图片中所有文字都是可以直接拖拽的（系统生成的图片文字位置可能会不太合适，可以自行调整）。生成图片后会在最下方显示统计的数据，点击数字会显示基因列表。

具体操作步骤如下：

1. 打开在线网址：http://www.biovenn.nl/index.php,

2. 打开网址出现如下页面，绿框部分是按照实际的项目情况填写图片标题、副标题和3个数据集名称。注意：该软件只能进行 2 组以及 3 组之间的比较;

3. 打开 OTU 丰度表，若组内有多个重复，可以求和，然后筛选出和大于 0 的 OTU，并将 OTU 名称输入 ID set 框内，或选择 txt 文件导入（excel 格式不识别）;

4. 点击 Embedded SVG 矢量图生成即可，由于矢量图清晰度比较高，建议生成 SVG 格式;

5. 修改参数后生成如下维恩图，图中文字可以直接拖拽。

总结：Bio-Venn 提供的在线绘图方式简单易懂，用户只需要在文本框中输入这些标识符的列表，并按下提交按钮即可。颜色和文本大小等参数可以通过 web 界面轻松调整，文本的位置可以根据“拖放”原则进行调整，输出的维恩图可以显示为嵌入在web应用程序中的SVG或PNG图像，或者作为一个独立的 SVG 或 PNG 图像。

bio-Venn在线绘制Venn 图小技巧就分享完了，想去联川云平台学习更多技能的小伙伴可以关注下方注册和登录流程，需要本文章原文的请点击文末左下角“阅读原文”下载~

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