云课堂(9)|MetaboAnalyst使用教程-Pathway Analysis模块

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

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今天小编将与大家一起分享云平台里的MetaboAnalyst使用教程-Pathway Analysis模块，一起学起来吧~

网址：https://www.metaboanalyst.ca/

数据上传准备，数据格式可参照：

Step1：在 MetaboAnalyst home 界面，点击>> click here to start <<，进入模块选择页面：

Step2：在模块选择页面，选择 Pathway Analysis 模块：

Step3：上传数据

这里支持 2 种数据类型的输入：

1）一列化合物名称或各数据库ID号（HMDB ID KEGG ID）注意Input Type选择。

2）上传自己的浓度数据表（.txt文件或.csv文件，数据格式如上），同样需注意分组标签是离散型还是连续型，ID类型和样本在行中还是列中。

参数设置完成后，点击 Submit

（这里以示例数据为例，选择第一种，输入信息为化合物名称）

Step4：化合物名称/ID 检查：

• 不识别希腊字母，应该用英文名称（即alpha，beta）替换；

• 正常白色的查询名称表示完全匹配-在下载文件中标记为“1”；

•  突出显示的查询名称表示没有完全匹配项或唯一匹配项-在下载的文件中标记为“0”；

• 对于化合物名称，可单击“View”链接以执行近似搜索，并在找到时手动选择正确的匹配项（示例数据进行此项检查，将L-Isolucine更正为L-Isoleucine）；

• 对于 KEGG ID，可单击“View”链接，在match到的情况下以手动选择正确的匹配项；

• 点击 Submit。

Step5：选择通路分析数据库和相关参数

参数设置完成后点击 Submit

Step6：结果查看

左侧的代谢组视图是根据通路富集分析的p值和通路拓扑分析的 pathway impact values 显示所有匹配到的通路。将鼠标放在每个节点上将显示其通路名称。单击每个节点将在右侧面板上显示对应pathway。

可以通过单击左侧图像上的相应节点或单击下表中的通路名称来启动该pathway。请注意，每个节点（化合物）都是可点击的，点击该物质将会显示该物质的名称、Importance 和 DB Links 等信息。您可以使用下面的控制按钮放大和缩小图像，然后将图像拖动到合适位置。

关于通路中的各种颜色：浅蓝色表示这些代谢物仅作为富集分析的背景信息，并未被匹 配到; 灰色表示该物质既不在您的数据中，富集分析时也不包括这些数据（仅适用于您上传 了自定义代谢组谱时）; 其他颜色（从黄色到红色不等）表示代谢物在数据中具有不同的显 著性水平。

拓扑图解释：

Y 轴基于 p 值（来自通路富集分析），X 轴基于 pathway impact value（来自通路拓扑分析）。 节点颜色基于p值，由浅到深，p值由大到小，节点半径基于其 pathway impact value，由 小到大，impact 值由小到大。

表格中详细展示了 pathway analysis 的分析结果，Match Status 为富集到的代谢物个数/通路 中所有代谢物个数，Holm p是经HB方法矫正后的 p 值，FDR p是 False Discovery Rate 矫 正后的p值，Impact是经通路拓扑分析得出的   pathway impact value。

Step 7：结果下载：

所有运行过的程序得到的图表等文件均可在Download中下载。

MetaboAnalyst使用教程-Pathway Analysis模块就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=152 或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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