Enrichment Analysis 模块 | 云课堂(18)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的Enrichment Analysis 模块，一起学起来吧~

网址：https://www.metaboanalyst.ca/

Step 1：在 MetaboAnalyst home 界面，点击>> click here to start <<，进入模块选择页面：

Step 2：在模块选择界面，选择 Enrichment Analysis 模块：

Step 3：上传数据：

这里支持 3 种类型的数据输入：

（1）单列数据，用于过表达分析（ORA）的化合物列表。这里注意选择数据输入类型：化合物名称（Compound names）或者各数据库 ID（HMDB ID、KEGG ID、PubChem CID、ChEBI ID、METLIN、HMDB and KEGG ID）。

（2）两列数据，一列为化合物名称或 ID 号，一列为化合物浓度，用 tab 分隔，用于单样本分 析（SSP），目的是将测量值与其参考值进行比较，以查看某些化合物浓度是高还是低（仅限于有参考值的样本）。这里除了注意化合物名称或 ID 号的选择外，还需注意样本类型和化合物浓度的单位 ， 本网站支持的样本类型及相对应的浓度单位为 ： Urine (umol/mmol_creatinine)、Blood (umol)、CSF (umol)、Saliva (uM)、Amniotic fluid (uM)、Bile (uM)、Breast Milk (uM)、Cytoplasm (uM)、Feces (uM)、Feces (nmol/g)。

（3）上传自己的浓度数据表，该表格包含在不同条件下测得的多个样品的定量代谢组学数据。 数据应以.csv 文件或.txt 文件上传，每行代表一个样本，每列代表一种化合物，第一列是样 品名称，第二列为样品分组标签（注意分组为离散型还是连续型）。

（4）参数设置完成后，点击Submit：

（这里以示例数据为例，选择第一种，输入信息为化合物名称）

Step 4：化合物名称/ID 检查：

l  不识别希腊字母，应该用英文名称（即 alpha，beta）替换；

l  正常白色的查询名称表示完全匹配 - 在下载文件中标记为“1”；

l  突出显示的查询名称表示没有完全匹配项或唯一匹配项 - 在下载的文件中标记为“0”；

l  对于化合物名称，可单击“View”链接以执行近似搜索，并在找到时手动选择正确的匹配项；

l  对于KEGG ID，可单击“View”链接，在 match 到的情况下以手动选择正确的匹配项。 如对以上化合物名称检查时，L-Isolucine 被标注，点击 View，选择正确的名称，点击 OK：

Step 5：设置参数选择代谢物集库文件（可上传自己的库）；选择参考代谢组参数设置完成后点击 Submit

Step 6：查看结果：结果以图表形式展现，主要包括网络图和条形图和详细表格，如下：

网络图解读：节点颜色由黄到红，颜色越深，P 值越小；节点由小到大，越大富集程度越高。 同时，网络图展示了各个代谢通路间的联系。

条形图解读：颜色由浅到深表示P值由小到大，条形图长度取决于富集倍数（Fold Enrichment）

Step 7：结果下载：

分析完成后，可在 Download 中下载相应的表格和图片，同时，可生成一份 PDF 报告文档。

说明：

1.什么是代谢物集？代谢物集可以是任何具有共同特征的一组代谢物。例如，参与同一路径的一组代谢物的集合（SMPDB，KEGG，Biocarta）；在相同的病理条件下发生显著变化的一组代谢物；与基因组变异相关（即单核苷酸多态性或 SNP）的一组代谢物；位于相同的细胞区室中的一组代谢物；其他。可用 MSEA 定义自己的代谢物集，以进行功能富集分析。

Enrichment Analysis 模块就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://www.lc-bio.cn/faq/sop_detail.php?id=150或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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