云课堂(13) | 高通量测序数据NCBI GEO数据库上传指南

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的高通量测序数据NCBI GEO数据库上传指南，一起学起来吧~

登录网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

先进行注册和登录：

注册，在填写的邮箱中接收邮件并激活账号，登录：

NCBI 账号注册完成后，填写GEO上传者信息：

回到此页面，向下浏览：

下载元数据表格后，继续向下浏览：

在此页面向下浏览：

上传的三部分文件准备：Metadata spreadsheet填写：

第二部分上传文件：PROCESSED DATA FILES。

一般为各个样本基因表达量的数据，有参分析一般为 genes_fpkm_expression.txt。De nove 分析需提供gene_expression.txt 及组装的fasta文件。

第三部分上传文件为：Raw data files，一般为去除接头的 Cleandata 文件。

利用FTP服务器上传数据，按照上述提供的FTP服务器账号密码登录：

填写完成后点击Submit，会收到GEO的自动通知邮件，GEO编辑会审核你提供的内容是否完整。若收到需补充数据的通知，操作过程与上传类似，仅将 Submission kind 改为 update or revision。若数据完 整，通过审核会后收到 GEO 发送的含有 GEO accession numbers 的邮件。

高通量测序数据NCBI GEO数据库上传指南就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=117 或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

云平台登录和注册的流程

云平台目前只针对联川客户开放，注册需用正确的合同号进行注册哦，有多个合同的填写任意一个合同号即可。暂不能体验的小伙伴也别着急，随着平台的优化，也会逐步对全员开发的~注册链接如下：

http://cloud.lc-bio.com:5390/app/signin.html

也欢迎给位给我们的云平台留言、提建议

在大家的督促下，我们的云平台会越做越好

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