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云课堂(7) | FigTree构建进化树(柱状)教程

微生物线 联川生物 2022-05-21



一直关注联川公众号的小伙伴们都知道,联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html);

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联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能:丰富的FAQ/SOP,助你快速上手入门,更有详尽的分析技能小技巧等你来学习;云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件,可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的FigTree构建进化树(柱状)教程,一起学起来吧~


系统进化树(phylogenetic tree)是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树,又被称为系统发育树、种系发生树等。用来表示系统发生研究的结果,用于描述物种之间的进化关系。Fig Tree是常用的系统发育树做图软件,该软件因其做图美观且功能强大, 受到老师的青睐。


1.打开树文件.tre,初始状态如下;

2. 打开 Layout 布局标签,红框部分是不同的呈现格式,按要求选择;Zoom 标签是调整图的大小; Expansion 标签是调整图的高度;Fish eye 进行布局调整;Root length 是调节根的长度;Cuevature 是 调整角分支的线条;

3.Appearance 标签 Line weight 是调整分支的粗细;

4.Tip lables 标签,加上样本名;还可以改变样本名大小以及颜色;

5.Node labels 是添加节点标签;可以改变样本名大小以及颜色,sig digits 选项可以改变小数保留位数;

6.Node shapes 是改变节点形状以及大小;

7.Branch labels 是添加分支标签,可以改变字体颜色和大小, sig digits 选项可以改变小数保留位数;

8.Scale bar 是增加标尺;

9.Scale axis 是增加最下方的标尺;勾选掉 show grid 选项可以删除竖线部分;

10. Time scale 标签是调节最下方坐标轴的,scale by factor 是默认选项,scale root to 选项可改变轴的最大值。

11.Hilight 标签可以改变分支的颜色;


除了上述 11 个标签,还可以自行选择,由于个人审美有所差异,建议老师按自己的偏好选择。


FigTree构建进化树(柱状)教程就分享完了,除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台:http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=60 或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

云平台登录和注册的流程


云平台目前只针对联川客户开放,注册需用正确的合同号进行注册哦,有多个合同的填写任意一个合同号即可。暂不能体验的小伙伴也别着急,随着平台的优化,也会逐步对全员开发的~注册链接如下:

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