云课堂(7) | FigTree构建进化树(柱状)教程
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今天小编将与大家一起分享云平台里的FigTree构建进化树(柱状)教程,一起学起来吧~
系统进化树(phylogenetic tree)是表明被认为具有共同祖先的各物种相互间演化关系的树,又被称为系统发育树、种系发生树等。用来表示系统发生研究的结果,用于描述物种之间的进化关系。Fig Tree是常用的系统发育树做图软件,该软件因其做图美观且功能强大, 受到老师的青睐。
1.打开树文件.tre,初始状态如下;
2. 打开 Layout 布局标签,红框部分是不同的呈现格式,按要求选择;Zoom 标签是调整图的大小; Expansion 标签是调整图的高度;Fish eye 进行布局调整;Root length 是调节根的长度;Cuevature 是 调整角分支的线条;
3.Appearance 标签 Line weight 是调整分支的粗细;
4.Tip lables 标签,加上样本名;还可以改变样本名大小以及颜色;
5.Node labels 是添加节点标签;可以改变样本名大小以及颜色,sig digits 选项可以改变小数保留位数;
6.Node shapes 是改变节点形状以及大小;
7.Branch labels 是添加分支标签,可以改变字体颜色和大小, sig digits 选项可以改变小数保留位数;
8.Scale bar 是增加标尺;
9.Scale axis 是增加最下方的标尺;勾选掉 show grid 选项可以删除竖线部分;
10. Time scale 标签是调节最下方坐标轴的,scale by factor 是默认选项,scale root to 选项可改变轴的最大值。
11.Hilight 标签可以改变分支的颜色;
除了上述 11 个标签,还可以自行选择,由于个人审美有所差异,建议老师按自己的偏好选择。
FigTree构建进化树(柱状)教程就分享完了,除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台:http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=60 或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~
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