蛋白质组数据上传指南 | 云课堂(14)

一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线( http://cloud.lc-bio.com:5390/index.html)；

还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；

联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析绘图软件，可对实验数据进行统计分析、绘图等。

今天小编将与大家一起分享云平台里的蛋白质组数据上传指南，一起学起来吧~

iProX 与 ProteomeXchange（简称 PX）是目前使用较多的两个平台，两个平台虽然在操作上会有所差别，但对数据的要求都是一样的。

iProX 是国内的上传蛋白质学质谱数据的存储平台，包括数据上传系统和蛋白质组数据库。数据提 交系统是在由 ProteomeXchange 协会制定的数据共享指导方针的指导下建立的。用户可以将自己的蛋白质组数据以公开模式或者私密模式上传，公共蛋白质组数据是免费提供的，而更多的私有数据资源可以通过加入用户组获得。并且，因服务器在国内，数据上传的速度相对较快，不需要下载和安装软件，国内研究者可以选择该平台进行数据提交。

ProteomeXchange（简称 PX）是另外一个上传蛋白质学质谱数据的存储平台，旗下包括了PRIDE Archive, MassIVE, PeptideAtlas, and jPOST 等平台，研究者可以根据需要选择通过 ProteomeXchange客户端直接上传原始数据或通过旗下平台进行上传。

采用 iProX 进行数据上传，网址：http://www.iprox.org

第一步 账号注册：

准确填写个人信息，确认无误后，进行账号注册，并进行账号激活。

第二步 账号登录：

登录完成后，进入页面：

在这之前创建一个新的 project： 在主页菜单栏点击“project—New project”按钮即可创建成功；

接下来就只需要按照系统出现的提示一步一步填写相应的信息就可以了。

Add New Project：主要填写主项目课题、个人信息、研究单位三方面信息，还有重要的一点是公开水平（Access level），有三个选项，你可以选择“Public”公开、“Plan to public”计划公开（在后面提示的日期栏选择将要公开的日期）、“Private”保密；其他可以根据具体情况选择填与不填。

Add New Subproject：主要填写子课题、物种信息、质谱仪器三方面信息，其他为选填。

Upload Data File：上传文件，到了最重要的时刻了。

上传文件的方式有两种：当你的文件不超过 4GB 的时候，可以选择“Upload by Browser”， 否则可选择   “Upload  by  Aspera”。

上传的文件类型，可以是以下类型中的任一种：完全上传（Complete submission）或者部分上传（Partial submission）。由于目前利用 PRIDE Converter 2 生成 PRIDE XML 格式存在种种困难，所以目前大多采 用 Partial submission 的形式来上传数据。

准备好以上文件后，点击“Add File”按钮，选中要上传的文件，然后点击“打开”按钮，如果有必要需要在 file type 一栏的下拉菜单中修改一下“file type” 。Complete submission 需要同时上传 RAW 文件 和 Result 文件；Partial submission 需要同时上传 RAW 文件和 Search 文件。添加完之后点击“Start upload”即可开始上传。

Submit：文件上传完成后，project/subproject 默认状态是保存，用户可以双击以检查填写的信息是否正 确，确认无误后点击“Submit”数据就提交完成了。待管理者审核通过之后数据即会公开。此，数据上传工作就圆满完成了！

蛋白质组数据上传指南就分享完了，除了本教程联川云平台还有很多小技能供学习哦~下载本教程请至云平台：http://cloud.lc-bio.com:5390/faq/sop_detail.php?id=94或直接点击文末左下角“阅读原文”下载~

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