联川生物单细胞测序助力客户持续发表高质量文章！红豆杉单细胞测序还能这么玩？！|单细胞专题
Mass spectrometry imaging and single-cell transcriptional profiling reveal the tissue-specific regulation of bioactive ingredient biosynthesis in Taxus leaves
单细胞测序助力揭示红豆杉叶片细胞特异性次生代谢的调控机制
发表单位：杭州师范大学
期刊：Plant Communications
影响因子：10.5
该研究通过质谱成像（Mass spectrometry imaging）技术实现了红豆杉多种次生代谢成分的可视化分析，绘制了多种活性成分在叶片组织中的特异性分布图谱。研究结果表明，黄酮类和香豆素类化合物显著积累于叶表皮细胞（epidermal cells），甾体类化合物主要积累于维管束细胞（bundle sheath cells），酚类化合物主要积累于海绵组织细胞（spongy mesophyll cells）和维管束组织，萜类化合物显著积累于叶片栅栏组织细胞（palisade mesophyll cells）和海绵组织，而重要的紫杉烷类化合物大都富集于叶片海绵组织。进一步通过制备原生质体进行单细胞测序(scRNA-seq)，分离得到了8846个完整的单细胞以及大量的细胞特异表达基因，将所得单细胞分为15个细胞类群，提供了南方红豆杉叶片器官的单细胞表达谱，为解析次生代谢的细胞间差异化调控机制奠定了基础。在单细胞测序的基础上，该研究提出了转录因子筛选的新标准：相似的单细胞表达模式+上下游对应的反式作用元件（cis-elements）。基于上述标准，鉴定得到了多个细胞特异表达的转录因子，诸如MYB17, WRKY12, WRKY31, ERF13, GT_2和bHLH46，并预测了其下游次生代谢相关靶基因，初步构建了细胞特异的调控网络。
Integrated mass spectrometry imaging and single-cell transcriptome atlas strategies provide novel insights into taxoid biosynthesis and transport in Taxus maireistems
单细胞测序助力揭示红豆杉幼茎细胞特异的紫杉烷合成调控模式
发表单位：杭州师范大学
期刊：The Plant Journal
影响因子：7.2
该研究利用最新的质谱成像技术，绘制了紫杉烷类化合物在红豆杉幼茎中的可视化分布图。诸如：10-脱乙酰基紫杉醇(10-deacetyl paclitaxel)均匀分布于整茎中，10-脱乙酰基巴卡丁(10-DAB)和巴卡丁(BAC)主要积累于内皮层和韧皮部，而紫杉醇(taxol)特异积累于外皮层。研究结果验证了紫杉烷类化合物具有组织异性积累。通过对红豆杉幼茎原生质体进行单细胞测序，绘制了红豆杉幼茎单细胞表达图谱，平均单细胞基因检测数为2996，表明了红豆杉茎组织具有高度的细胞异质性。基于细胞特异marker基因，将所得单细胞分为18个细胞类群，提供了南方红豆杉茎组织的单细胞表达谱，为揭示紫杉烷类化合物细胞群差异积累的调控机制打下了基础。该研究指出，T14OH、T5OH和TS基因主要在内皮层细胞群中表达，T10OH和DBTNBT基因主要在木质部薄壁细胞群中表达，DBAT基因在外皮层细胞群中表达。基于单细胞表达谱，筛选得到了包括MYB，TEM，RAV，NAC家族成员在内的大量细胞群特异表达转录因子，并预测了它们的下游靶基因。
联川客户点评—沈晨佳红豆杉植物是抗癌一线化合物紫杉醇的主要来源，具有极高的环境和药用价值。随着自然环境的变化，部分珍稀药用植物处于濒临灭绝的边缘，野生红豆杉种群生存也受到严重威胁。紫杉醇在红豆杉植物组织中的合成代谢调控并不清楚，植物资源的利用处于粗放阶段。因此，利用单细胞测序整合化合物可视化技术，弄清紫杉醇合成的组织特异性分布，解析其空间调控机制具有重要意义。由于红豆杉是木本植物，无论是制备原生质体还是抽核，都有着相当的难度。非常感谢联川生物的销售以及单细胞实验人员的坚持不懈，大家一起熬过了将近一年的痛苦摸索阶段。在合格的单细胞数据下机后，我心中充满了感激之情。当前科学研究竞争激烈，凡事皆讲究一个“快”字，在后期的数据分析过程中，联川生物的分析团队总是能第一时间帮忙解决问题，积极沟通，顺利地将这个来之不易的研究成果发表出去。最后，祝联川越办越好！
关于联川
杭州联川生物致力于为全球各地的科研用户提供基因组、转录组、表观组、蛋白组、代谢组，以及单细胞和空间组学测序服务。
单细胞和空间转录组测序作为联川重点科研服务产品，目前已经搭建完成包括10x单细胞测序（ScRNA-seq、ScRNA-seq＆VDJ及ScATAC seq），10x空间转录组测序（Visium 、CytAssist），10x Xenium及华大时空组学（stomics）测序平台。联川生物实现从nm到um，从单细胞到亚细胞的全生态单细胞空间原位检测的布局。在样本制备和生物信息学分析，以及云分析平台方面充分发挥自身优势，联川生物致力于为客户提供优质的服务。
目前已经与多个国家及地区的100多个科研院校、医院、制药公司建立起了长期的合作伙伴关系，累计发表单细胞和空间转录组测序相关的SCI高质量论文已超过130篇，影响因子平均15+，其中空间转录组相关文章10余篇（包含单细胞&空间转录组联合分析文章）。联川在单细胞&空间组学整合分析具备成熟的流程和云分析工具，对于数据挖掘和生物学故事具备深度的理解力，是值得信赖的多组学整合专家！
联川生物邀您参加2023第二届单细胞时空组学与应用国际高峰论坛
联川生物单细胞测序助力客户持续发表高质量文章！两篇高分文章教你胃癌组织怎么做单细胞测序|单细胞专题
甲状腺癌冲上热搜，临床医生如何提升最常见甲癌的诊疗方式？| 单细胞专题
联川生物单细胞测序助力客户持续发表高质量文章！单细胞测序玩转各领域Top期刊 | 单细胞专题
点击下方图片进入云平台资料汇总：
所见即所得，绘图高规格联川云平台，让科研更自由