甲状腺癌冲上热搜，临床医生如何提升最常见甲癌的诊疗方式？ | 单细胞专题

近日，某网红谈及自己因甲状腺癌晚期停播半年，相关话题引爆微博热搜。过去十年，我国甲状腺癌发病增长率位列第一。由于甲状腺癌死亡率较低、预后良好，一直被称为“温柔”的癌症。但在治疗过程中，“自刎痕”伤口、喉返神经损伤、低血钙症等依旧会对患者造成不可磨灭的损伤。

图片来源：视觉中国

许多临床医生都希望通过单细胞测序技术揭示复杂的肿瘤细胞转化过程，探索甲状腺癌更好的诊疗方式。但传统单细胞技术受限于病理样本以FFPE的形式保存，无法开展实验。
M20 Genomic推出的VITA单细胞全长转录组平台，基于随机引物原理可对RNA非完整样本的转录本进行扩增，实现了FFPE样本高通量单细胞检测。目前通过VITA平台已完成了多种肿瘤FFPE样本的单细胞转录组检测。
表1中的FFPE样本实际检测细胞数均较多，且基因检出率较高。
表1.FFPE样本基本信息
今天让我们一起来看看，VITA系列产品在一块保存2年的甲状腺癌FFPE样本中实测数据表现如何：
基础数据




利用M20 Genomics平台完成细胞核原位逆转录，在VITAcruizer仪器上完成细胞捕获及标记，基于Illunima Novaseq6000平台进行二代测序。此例甲状腺癌样本共测得71.5G的原始数据，有效细胞数5277个（表1），检测基因总数为44750，基因中位值为1278，UMI中位值为1785，测序饱和度为43.7%，基因检出率高。
表1. 基本信息
此例样本的测序数据从5‘至3’全长覆盖，覆盖度均一，无明显偏好性。
图1. 全长覆盖图
左图为Barcode对应UMI数；右图为Barcode对应基因数。根据有效液滴指标图选取细胞数。图2. 有效指标图
lncRNA分析




长链非编码RNA（Long non-coding RNA, lncRNA）是指长度大于200个核苷酸的非编码 RNA。研究表明，lncRNA 在表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用，是目前的研究热点之一。VITA平台基于随机引物原理，可以进行全转录组捕获，因此可以进行单细胞层面的lncRNA分析。
图3. 小提琴图
图3从左至右分别展示了样本基因数、UMI数、线粒体基因百分比、lncRNA UMI数、lncRNA数的小提琴图。由图可知，该样本基因中位值为1278，lncRNA UMI占比21.8%，lncRNA基因中位值为267。
图4. UMAP聚类图
选择前3000个高变异全转录组基因进行leiden算法聚类和UMAP算法降维分析，结果显示此样本共有10个细胞亚群（图4A）。同时，使用UMAP算法对前3000个高变异lncRNA进行降维，分析结果显示通过lncRNA也可以进行细胞亚群区分（图4B）。以上结果表明通过VITA平台，很有可能在单细胞检测中寻找到具有重要生物学意义的lncRNA。
本次甲状腺癌的FFPE样本的实测数据显示出高质量的细胞捕获数和基因检出数。此外，M20能够以随机引物捕获全长转录组序列，不仅提高基因检出灵敏度，同时实现lncRNA的检出。如果有感兴趣的临床医生及科研老师，可以联系我们进行产品详情咨询，让我们一起期待甲状腺癌诊疗方式越来越好～

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