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你可能最需要的箱形图绘制技巧 | 分析技能

shenlize 联川生物 2022-05-21

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双11走了,感觉钱包被掏空,心塞塞的......

那就让小编来拯救你吧!

今天的分析技能你要好好学习哦~

不然对不起前两天刷爆的信用卡~

做完高通量测序,需要对每批样本中所有基因表达量(如fpkmrpkmTPM值)进行统计,一般我们选择使用箱形图来进行作图。很多小伙伴不会用R语言怎么办?其实用Origin就可以做出想要的箱形图了。对,没有错,又是神奇的Origin!废话不多说,直接进入正题。

1第一步,输入需要作图的数据

这里我们选取了4个测序样本的fpkm值作为示范数据,如下图所示:

需要注意的是,X列不能填入任何内容,我们直接将4个样本的fpkm值填入Y列。


2第二步,调试每个样本的四列数据中的标题等属性

双击Y列的四个title改成S1S4如下图所示:


3第三步,选中数据后做出箱形图的雏形

选中四列数据后,点击Plot -> Statistics -> Box Chart如下所示:

之后出现了箱形图的雏形,如下图所示:

是不是很丑呢,没关系。跟着小编做,带你一步步做成想要的箱形图。


4第四步,修改Y轴的各项指标

双击Y轴后,出现了对话框,我们先对Scale一栏进行修改。From和To修改的是Y轴的最高值和最低值是多少,Type指的是Y轴的刻度是直接按照数字大小还是按照Log10的刻度走,这里我们选择的是Log10,具体操作如下。

完成图如下:


5第五步,对箱形图本身进行美化

选择右边的“Group”选项卡,在编辑模式”Edit mode”中,有两个选项,默认为Dependent模式,表示对所有的箱形图进行编辑。因为我们要对每个箱形图进行不同的编辑,所以在这里我们选择独立Independent编辑模式,如下图所示:

接着在左侧Graph1下的Layer1对每个箱形图做修改,这里主要是颜色和填充色,如下图所示,Fill部分我们把第二个箱形图的填充色改成了绿色。


6第六步,颜色文字比例坐标轴等细节调整

接下来我们会对标签,颜色,柱子的大小比例等作出调整,这些内容已经在上次的教程中讲述,小编就不再赘述了,这是最后的效果图:

是不是很简单呢?跟着小编走,果断不会亏待你呀~


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