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lncRNA报告全新升级,快来接招

shenlize 联川生物 2022-05-21

做测序是否遇到过以下的麻烦?

报告千篇一律,冗余信息过多,看不懂结题报告的数据,不知道如何利用手上的数据,怎么用结题报告中的数据写出漂亮的论文…………

没关系,这次lncRNA报告大更新将会使老师告别曾经的痛苦。报告中图片的颜值会大大提升,结果也会更加可信。即使您没有二代测序的常识,也能轻松驾驭报告中的任何内容。联川生物一直坚信授人以鱼不如授人以渔,那些看似高大上的数据分析技巧,我们统统告诉您。凡是在lncRNA更新后签单的老师,签单金额超过一定的数量后,我们当地所在的项目经理还会向您额外提供更多密不外传的干货,售后服务会一直跟踪到老师论文发表为止。好了,让我们来看看这次大更新究竟有哪些激动人心的地方吧。

一、报告大更新,颜值蹭蹭涨

16S rDNA网页版报告是联川生物第一次试水网页版,这种全新的展现形式,一经推出广受好评。因此联川生物再接再厉,在年底钜惠——全年最低价活动来临之际,把曾经的PDF报告升级成全新的网页版报告。除了更强的可读性外,这次报告从“里子”到“面子”都有了质的飞跃。

1.1长达100页的PDF报告被压缩到了20页

在原有信息不丢失的情况下,我们力争用最简洁的语言,呈现给老师需要的内容;网页中连续的滚动条操作,克服了PDF原有的局限性,让阅读不再烦恼。

1.2图片颜值大涨,让您在阅读报告时赏心悦目

(以下仅为部分数据展示)


图1 GO富集分析


图2  LncRNA class code 统计饼图

图3  每个样本中LncRNA编码潜能 CPC score值统计


图4  LncRNA和mRNA表达水平统计


图5  贴心的下拉菜单,在单个页面中可以呈现多个图片

1.3新增空前强大的辅助文档助力lncRNA研究

辅助文档包含但不仅限于Method英文版,包括生物信息学分析方法英文版和RNA提取+上机测序方法英文版,高通量测序知识点大扫盲,summary层次解读,以及案例文献和综述文献。即便是第一次接触生物信息学和二代测序,甚至是对分子生物学仅有最基本的常识,也能在这些文档的帮助下轻松驾驭所有的数据,让您不再对数据感到迷茫。这些文档是根据公司近十年的科研服务经验,700多篇客户论文发表累积的经验凝聚而成,都是满满的干货和诚意。您可以像翻阅字典那样,寻找自己需要的内容。如有遇到任何问题,我们有非常专业的技术支持人员为您保驾护航。他们不仅有着丰富的SCI论文撰写经验,更是生信大牛,让您在科研路上不再迷茫。

下图为帮助文档中的部分结果展示

以及大量的文献,包括软件和算法原理、统计学、LncRNA综述以及老师最关心的经典案例研究





二、分析软件大更新

曾经Tophat2和Cufflinks所向披靡,是RNA-Seq研究中不可多得的利器。如今Tophat2和Cufflinks的作者又对自己曾经的辉煌发出新的挑战,并于去年和今年发布了全新的RNA-Seq研究工具:HISAT2和StringTie。联川生物与时俱进,在半年时间内通过对几十种不同物种数据的盲测,比较了不同软件差异后,在内测数据的支持下全面更新RNA-Seq软件。那么HISAT2+StringTie和Tophat2+Cufflinks相比究竟好在哪里呢?

2.1基因组比对速度大大加快

通过我们内部的测试,我们发现HISAT2有着比Tophat2更快的比对时间以及更准确的比对率。Salzberg博士以及KIM博士在原有Tophat2的基础上,首创了FM Index这个概念,大大提升了比对时间。


2.2转录本组装精度大大提升

转录本组装软件StringTie更是将denovo的组装思路引入其中,首创了Super-contigs的概念,力争可以组装出更长的转录本。根据论文介绍,StringTie的优点还不仅仅与此。结合我们内测的所有数据来看,StringTie可以组装出更多“正确”的转录本,降低了错误噪音。同时StringTie还修复了Cufflinks+Cuffdiff一直存在的一个问题那就是部分基因的FPKM值过大的问题,减低某些背景“噪音”给整体结果带来的影响,组装出更多低表达的转录本信息。最后StringTie可以去除掉不必要的duplicates,大大增加了数据的准确性。值得注意的是,新转录本多并不意味着有效转录本可用,根据测试数据反馈来看,Cufflinks出来的转录本有部分duplicate,StringTie不存在这个问题。StringTie、HISAT2以及Ballgown都是发表在Nature级别的论文,具有较高的可信度和学术性。


说了那么多,是不是有些心动了呢?想要掌握更多LncRNA的研究套路,关注我们的微信公众号,我们会时不时地向大家发布一些干货,也欢迎随时联系我们当地所在的项目经理,获取最新的第一手资料。


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