MEGA软件绘制系统发育树详解 | 分析技能

通常我们会有绘制系统发育树的需求，在得到一条或几条感兴趣的序列后，在NCBI上blast得到相关的一些序列，想要拿这些做一张序列之间的关系图，那么请跟着我们的提示一步步操作吧，简单方便，自己就能做出美观的图片。

第一步：下载软件并安装

该软件为开源软件，可在百度搜索并下载；或者之间点击下方链接进行下载即可；链接：http://pan.baidu.com/s/1qXQrb9i 密码：9i3x；

双击即可进行安装，无特殊要求。

第二步：下载notepad++软件并安装

该软件可打开比较大的txt文档，并且有良好的编辑功能及可视化功能，便于序列文件的调整，建议客户安装；

可直接在360软件管家中搜索并下载安装；或者直接百度搜索并下载安装。

第三步：整理需要作树的序列

将下载好的序列整理成fasta格式（必须是该格式），并通过notepad打开，格式如下：

将整理好的文件保存为“文件名.fasta”。

第四步：将序列导入MEGA软件进行align

双击打开mega软件，点击左上角Align按钮，点击edit\bulidalignment，点击ok。

我们比对的是DNA序列，勾选DNA;

（1）导入整理好的fasta文件

（2）将导入序列全部选中，点击第一条序列，按住shift键，点击最后一条序列；

（3）开始比对：可以之间选中快捷键，或者点击Aligment后选中相应的比对方式；

（4）保存比对结果，保存为mas文件；

（5）开始建树

点击Phylogeny按钮，点击Construct/TestMaximum Likehood Tree；

（6）导入上述比对好的序列，选择Bootstrap，并设置值为1000；

解释如下：

Bootstrap值即自展值，可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%，则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低，则有可能进化树的拓扑结构有错误，进化树是不可靠的。

Bootstrap值是指根据所选的统计计算模型，设定初始值1000次，就是把序列的位点都重排，重排后的序列再用相同的办法构树，如此让模型计算并绘制1000株系统发育树，这是命令阶段产生的。如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了，就给这个分枝打上1分，如果没出现就给0分，这样给进化树打分后，每个分枝就都得出分值。系统发育树中每个节点上的数字则代表在命令阶段要求的1000次进化树分析中，有多少次。重排的序列有很多组合，值越小说明分枝的可信度越低，最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。

（7）建树过程需要等待，一般来说序列长度越长，导入序列数量越多，建树需要的时间越长；

（8）选择对应方法的图片，检查结果，并导出图片；

点击Image按钮，可以保存为tiff、png、pdf等图片。

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