扩增子测序样本寄送指南 | 实验技术专栏
a) 组织样本
样本类型 | 样本具体情况 | 送样量要求 |
粪便 | 大型动物，如人、牛、羊 | 300~500 mg |
中型动物，如大鼠、鸡、鸭 | 200~500 mg | |
小型动物，如小鼠 | 50~100 mg（2-3粒） | |
肠道内容物 | 大型动物，如人、牛、羊 | 300~500 mg |
中型动物，如大鼠、鸡、鸭 | 200~500 mg | |
小型动物，如小鼠 | 50~100 mg | |
肠道内容物较少动物，如鱼、虾、昆虫 | ≥50 mg | |
唾液样本 | 最少送样量1~2ml | 建议送样量2~4ml |
生殖道样本 | 刮片 | 1~3片 |
棉拭子 | 1~3份 | |
口腔或皮肤样本 | 棉拭子 | 1~3份 |
发酵液 | 按含菌量丰富程度 | 5~10 ml |
瘤胃液 | 按含菌量丰富程度 | 5~10 ml |
植物外生菌 | 按植物样本状态 | 2~5g |
土壤样本 | 一般土壤 | 2~5 g |
肥沃土壤 | 1~3 g | |
沙质土壤 | ≥ 10 g | |
污染物土壤 | ≥ 10 g | |
水体样本 | 清澈水体 | 菌体沉淀量≥100 mg 直径3-5cm滤膜2-4张（过滤水样体积≥2 L） |
浑浊水体 | 菌体沉淀量≥100 mg 直径3-5cm滤膜1-2张（过滤水样体积≥2 L） |
a) 基因组DNA样本
项目类型 | 样品总量 | 样品浓（Qubit） | 样品体积 | 样品纯度 |
16S rDNA 测序 | ≥50 ng | ≥10 ng/µL | ≥20 µL | 1.8≤OD260/280≤2.0 样本无色透明不粘稠 并确保DNA无降解 |
1. 应采集可代表特定环境的微生物样品。
2. 取样中应尽量避免对样本的干扰，缩短保存和运输时间，使样品尽可能代表自然状态下的微生物原貌。
3. 样品采集后，请尽快将样本置于相应的储存位置存放，或使用特定的试剂盒进行样品DNA抽提，以免放置时间过长造成对实验结果的影响。
一、粪便样本：
1.采集方法：
① 人和大中型动物粪便样品的采集
a) 收集新鲜的粪便样本于洁净无菌的粪便收集器中，并进行分装标记；
b) 用无菌的粪便取样器（如无菌牙签）进行粪便样本的取样。因粪便表层含有肠粘膜脱落细胞，而外部容易污染，且接触空气后，部分细菌DNA 开始降解，所以取样时要截取中段内部的粪便样本，并立即置于无菌的2.0mL冻存管中，用封口膜封口，每个样本取2-3管备份。
② 小型动物（如小鼠）颗粒粪便样品采集
在待取样的动物下面铺上洁净的消毒滤纸，动物排便后，立即将新鲜无污染的粪便颗粒装入无菌的2.0mL冻存管中，并用封口膜封口。
注：取样容器尽量为2ml冻存管，不要超过5ml，若容器体积过大或者用袋子承装，不方便后期取样，影响实验结果。
2.样本采集量：
① 人和大中型动物： 200~500mg
② 小型动物颗粒类： 50~100mg（2-3粒）
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70 ℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
二、肠道内容物：
1.采集方法：
a) 用无菌解剖刀，在无菌状态下取出整个肠道，切取所需肠段的内容物；
b) 用无菌手术刀挖取内容物，装入无菌2.0mL冻存管中，每个样本取2-3管备份；
收集样本时，若肠道粘膜或者粘液含量较多会影响提取和扩增，所以样本收集时一定要将内容物刮出置于收集管中，若只剪开肠道，久置肠道粘膜或粘液会与肠道内容物浸泡在一块，后期取样不好分离，影响实验结果。
注：取样容器尽量为2ml冻存管，不要超过5ml，若容器体积过大或者用袋子承装，不方便后期取样，影响实验结果。
2.样本采集量：
① 人和大中型动物：200~500mg
② 小型动物：50~100mg
③ 肠道内容物较少的动物：≥50mg
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70 ℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
三、口腔或皮肤拭子样本：
1.采集方法：
a) 用洁净无菌的棉拭子擦拭口腔或皮肤表面，将棉拭子用无菌剪刀剪断放入2ml冻存管内，并加入500ul左右生理盐水浸泡；
b) 为避免样本含菌量过少影响实验效果，收集样本时尽量多采集有效样本。
2.样本采集量：1~3份棉拭子
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70 ℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
四、发酵液：
1.采集方法：
a) 将发酵液收集至15ml无菌离心管中，但不要太满（2/3处）以防冻裂；（要不要用滤膜过滤？）
b) 发酵液不建议久置后进行实验，菌体大部分死亡，DNA降解导致提取效果不佳；
c) 影响发酵液中菌含量的条件有PH，水分，发酵时长等，请根据研究目的确定样本收集时样本的具体状态。
d) 如样本非黏稠状，可参照水体样本过膜处理。
2.样本采集量：5~10ml
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
五、土壤样本：
1.采集方法：
a) 根据研究目的确定采样范围，尽量选取含菌量丰富的部位；
b) 除去石块和植物残根等杂物，用事先消毒灭菌处理过的取样器具取样，放入5.0mL的无菌冻存管中，用封口膜封口；（收集土壤时尽量取粉末或细小颗粒状的，不要取块状或者包裹着石块的土壤样本，因为成大块状的土壤样本一般含菌量少，较正常土壤样本的微生物DNA得率低很多，影响实验结果）；
c) 若采集根际土壤，拔取植株，抖落植株根部的大块松散土壤，用已消毒的软毛刷刷下附着在植物根际的土壤，放入5.0mL的无菌冻存管中，用封口膜封口；
d) 若为污泥等水分含量多的土壤样本，可12000g左右高速离心5min，去除水分；
e) 若是样品中含有大量的腐殖质酸、重金属等PCR反应抑制剂，请在送样时一并注明，取样时尽量避开或者前期去除。
2.样本采集量：
a) 一般土壤：2~5g； b) 肥沃土壤：1~3g；
c) 沙质土：≥10g； d) 污染物土壤：≥10g
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
六、植物类样本(表面菌）：
1.采集方法：
a) 根据研究目的选择特定的部位和样本状态进行取样；
b) 将样本置于无菌的15ml离心管中，切勿塞满或压实，大约装至8ml刻度左右即可，若含菌量不确定可多送2管。
c) 切勿用锡箔纸或自封袋包装缠绕样本，以免影响后续实验结果。
2.样本采集量：2~5g
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
七、植物内生菌：
1.采集方法：
a) 采集新鲜的植物样本，用自来水清洗除去植物样本表面的杂物；将清洗过的样本用5%次氯酸钠浸泡消毒1min，然后再用75%酒精浸泡消毒1min，随后使用无菌水冲洗2-3遍至消毒液彻底去除，最后用灭菌滤纸将水分吸干。
b) 如条件允许，可取最后一次漂洗液涂布于平板以检测表明消毒是否彻底。
2.样本采集量：2~5g
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
八、水体样本：
1.采集方法：
a) 根据研究目的确定采样深度和范围；
b) 将采集好的水样进行预处理，有以下两种方案：
①通过0.22 µm醋酸纤维滤膜进行过滤；若水体较浑浊或者可见杂质含量多，则可在过滤前静置分离悬浮颗粒，也可以用滤纸或无菌纱布预过滤一遍，再用0.22 µm的滤膜进行过滤。
②高速离心将菌体富集（12000g，5min）；若水体较浑浊或者可见杂质含量多，可先低速离心去除杂质（200g，2min），再高速离心沉淀菌体微生物（12000g，5min）。
2.样本采集量：
a) 菌体沉淀物≥100mg；
b) 3-5cm滤膜：1~4张（过滤水样体积≥2 L）
3.样本保存：
样本采集分装好后，可在-20℃冰箱短期（两周）冷冻保存，冰袋运输。如需长期保存建议-70℃以下保存，或提取成DNA。注意在样品冻存期间，请勿反复冻融，以免影响后续实验结果。
九、基因组DNA样品：
若送样样品为自行提取的基因组DNA，对基因组DNA样品的要求如下：
a.样品需求量：≥20 ng；
b.样品浓度：≥ 10 ng/μL（由于很多来源的样品有各类杂质污染，紫外检测准确度不高，因此需要Qubit检测结果大于10 ng/μL或者琼脂糖电泳检测能看到基因组条带即可，但最终合格与否以扩增结果为准）；
c.样品体积：≥20 µL
d.样品纯度：OD260/280=1.8~2.0，无蛋白、RNA盐离子等污染，样本无色透明不粘稠，并确保DNA无降解；
1. 样本的寄送：使用足量冰袋（如条件允许，尽可能使用干冰）寄送。
2. 样本收集管：为方便后续实验顺利快速进行，尽可能使用标准合适的样本收集管，收集管如有需要可联系杭州联川生物公司寄送 。
样本寄送指南
1. 将收集好的样本置于相应的收集管中，为防止样本混淆管盖和管壁均要书写编号，并用封口膜封口；
2. 将样品放入自封袋中，在样品提交单上填好样品详细信息（编号等信息必须严格与样品管上一致），将填好的样品单和样本一起放入装有冰袋（最好有少量干冰）的合适泡沫箱中；
3. 选用大小合适、箱壁大于4 cm且密封性良好的泡沫箱，并在泡沫箱外纵横方向都缠上透明胶，防止泡沫箱在运输过程中的开裂。
4. 样本寄送步骤：
1. 为保护实验操作人员的健康安全，请您知悉并遵循以下要求：
1) 我方不接收含有病原微生物的人源样本（如传染病人的肠道来源样本）或
是含有传人病原微生物的哺乳动物来源的样本；
2) 我方不接收无法判断是否有危害的样本；
3) 对于不含病原微生物的哺乳动物或健康人来源的样本，请具体说明该样品的来源和处理方式；
2. 对于非动物来源样本，如土壤、植物根系、海水等，请详细描述样本特征（如采集土壤的软硬度（如土质松软），采集地情况（如采自河边）等。
3. 如您有特别关注的微生物群落，请在项目启动前说明，以便我方人员与您交流优化实验方案。
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