不懂T-DNA的我，输掉了一箱雪糕
某天，我正坐在工位上进行深入的思考，想着待会儿午饭吃什么这个非常严肃的问题。突然同桌的小H拍了我一下：“喂，快别发呆了，考你一个问题。”
我对严肃思考被打断感到十分不悦：“考我什么，‘茴’有几种写法？”斗嘴咱可是一点儿不输。
“不是，”小H一脸神秘地说，“你知道T-DNA是什么吗？”
我去，我还以为是多么深奥的问题呢，这种小儿科能考得住我？“T-DNA就是transfer DNA，是农杆菌质粒上的一个片段，在农杆菌侵染植物体后T-DNA可以整合到植物的基因组中，是常用的植物转基因手段。”我迅速给出了答案，毫不拖泥带水。
小H的脸上略显失望，但他还是不甘示弱：“那你说说，用什么方法可以找出转基因植物里，T-DNA到底插入在基因组的哪个位置上？”
这下可是问到我熟悉的地方了，我得让你知道知道谁是老大。“对转基因个体进行重测序就可以，有好几个物种，包括拟南芥、水稻、大豆等都有相关研究。比较便捷的方法是将测序数据仅与T-DNA序列比对，筛选能同时比对得上T-DNA和目标物种基因组的reads，进行组装或者直接比对到基因组上，就可以确定T-DNA的插入位点。”这下可得让小H哑口无言了，谁让你这么不走运，挑了一个我擅长的领域来装逼呢。
可是没想到，小H看起来丝毫不慌。“看起来你确实懂得不少，比我预期的要稍微多那么一点点。不过，我可以打赌，接下来这几个T-DNA相关的问题，你肯定答不出来。”
小H这再明显不过的激将法，要是放在平时，我肯定嗤之以鼻地将他丢在原地，可是今天，既然有十足的把握，那我当然也不客气了。“行啊，我打赌可从来没输过。你尽管问，赌输的人给办公室所有人买雪糕。”
“什么从来没输过，”小H噗嗤一声笑了出来，“我前天亲眼见你做数学题输给黄金梨，买了一冰箱的雪糕。”
我顿时涨红了脸，争辩道：“做数学题不算打赌……做题的事儿，能算打赌吗？”正当我还准备说一些难懂的话的时候，小H已经问了第一个问题：“那你先说说，农杆菌质粒里面能插入宿主基因组的是哪一部分序列？这个问题不难吧？”
“当然是左边界(left border)和右边界(right border)之间的那一段T-DNA了。”我还以为小H有什么高深莫测的问题才敢和我打赌，没想到又是这种小儿科的问题。行吧，劳烦你破费给大家买雪糕了，我心想。
“只有T-DNA吗？”小H一脸奸计成功的表情，“那我可得告诉你，不仅是T-DNA，质粒骨架也有同时插入宿主基因组的可能性。”
作为佐证，小H拿出了手机给我看了一张图。“你看这张图里，插入拟南芥基因组的不仅有蓝色的T-DNA序列，还有粉色标出的质粒骨架序列，怎么样，跟你说的不一样吧？”
我一把夺过小H的手机左右端详，确定了这图不是小T随便画的而是真的来自文献才把手机还给他。小H没等拿回手机，便问了第二个问题：“假如T-DNA一端的嵌合reads可以比对上基因组上某处，是不是就说明了另一端肯定也同样连接在该位置上？”
这次我可得好好想想，不能那么容易再中了圈套。不过按理来说，T-DNA的插入方式就是在基因组上开一个口子，然后T-DNA片段插入，两端再“缝合”起来。那这样不就是说明T-DNA左右两端应该连接在同一个位置才对吗？
“是的。”我肯定地说。这个问题肯定错不了，你等着买雪糕吧。我心想。
“这么肯定吗？”小H又得意洋洋地把手机递过来。我定睛一看，T-DNA的插入竟然导致了拟南芥2号和3号染色体长臂的序列交换？插入的T-DNA一端连接着2号染色体的序列，另一端连接的则是3号染色体的序列！
“这下没啥说的了吧？雪糕我要香草味的梦龙……”
“等等！你别拿这些奇怪的问题来坑我！”我抗议道，“这样的情形，两侧的序列都做一下比对不就知道了吗？”我才不是嫌梦龙太贵，只不过感觉被小H坑了而已。
“那好呀，我再问你一个问题。”小H又抛出了一个问题，“T-DNA两端的连接位置，一定都能找到吗？”
“T-DNA只要连在染色体上，应该就能找到呀！总不可能连在染色体末端上吧？还能一端连接一端游离的？”这个问题问得我非常困惑。
“那行，你把手机图片往左翻一页。”看着小H的坏笑，我才想起来他的手机还在我手上。我往左翻了一页，看到映入我眼帘的图案，顿时感受到无比的震惊。居然，T-DNA的插入可以将染色体拦腰截断？从图上看，拟南芥的2号染色体被一段T-DNA的插入截成了两段！
“哈哈，看你的表情，你一定是以为染色体被T-DNA截断了吧？不是的，你再往下看点，Bionano的结果说明了这一段只是使用三代测序也没组装出来而已。不过这个结果也说明了，在某些情况下，T-DNA的插入区域可能会有一些特殊的特征，导致在测序结果中很难解析出来，需要使用PCR等其他手段验证之后才能证实真正的插入位点。”小H眨眨眼，把手机从我手中抽回去，“怎么样？啥时候去买雪糕？”
三个问题都被难住了，我不禁显出颓唐不安模样，脸上笼罩一层灰色。“买，我买雪糕还不行吗。”办公室里众人都哄笑了起来，内外充满了快活的空气。
*本文纯属虚构，请不要找本文作者索要雪糕：）