手把手教你写一封优雅又实用的SOP
不论是已经独立的PI还是正在实验室做实验（ban zhuan）和发文章（guan shui）的你，肯定有过以下类似经历：
场景1
某硕士/博士生：喂，请问是XX公司吗，你们的XX试剂盒中这一步具体应该怎么做？
XX公司：您好，就按照我们公司写明的protocol就可以了
--
某硕士/博士生：这一步写的太简略，具体条件如何？有何注意点？
XX公司：您好，您就按照我们的protocol就可以，我们该写的都写明了。
--某硕士/博士生：………………………..
场景2
师妹/师弟：师兄/师姐，请问这个实验的这一步该怎么做啊？
-师兄/师姐：我来教你，我写在实验笔记上了哦。
师妹/师弟：好的，谢谢。还有这个仪器怎么调程序啊？
师兄/师姐：我之前也跟你说过了哦，也写在实验笔记上了。
师妹/师弟：师兄/师姐，不好意思，这个实验的这一步你上次讲过，我还是没有掌握
师兄/师姐：！@#￥%……
这种实验操作规范问题，看似是小问题，但却严重影响了实验的进度和结果的准确分析。有什么办法解决此类问题呢？小编倾情吐血推荐：您需要一份SOP来一劳永逸地解决实验操作规范问题！
SOP，是Standard Operation Procedure三个单词首字母的大写，即标准作业程序（标准操作程序），就是将某一事件的标准操作步骤和要求以统一的格式描述出来，用来指导和规范日常的工作。
一份SOP需包含六要素（5W1H），即：
WHAT：需要执行的任务；
HOW：执行此任务所需要的详细步骤；
WHEN：步骤的先后顺序、说明某一具体步骤需要的具体时间、要进行下一步所需要满足的特定条件；
WHO：表明执行人及所涉及到的其他人员；
WHERE：指明使用的仪器、设备及所在位置；
WHY：解释进行此步骤和任务的原因。
目的和适用对象
描述本SOP的目的：例如，“建立文库上机测序标准操作规定，指导文库上机”；“安捷伦高灵敏度DNA试剂盒操作步骤”；“基于NEB（New England Biolabs）的基因文库构建”；
适用对象：使用本SOP的相关人员。
试剂/耗材准备
详细描述试剂和耗材的名称、厂家和货号。例如：
或者：
Agilent High Sensitivity DNA Kit (reorder number 5067-4626)
耗材准备：
实验步骤/操作流程
详细描述每步实验步骤。内容表述中不要局限于文字，有视频附件的尽量带视频附件，有
三维图形解释标注的一定要每步都标注，尽量多画图、配实物图，不要以自己的理解度去完成SOP, 把SOP适用对象想象这一个对这个操作完全不知道的人，降低理解难度。
以测序前测序仪清洗为例：
1 实验步骤
1.1从NCS主界面上，选择Perform Wash；
1.2. 选择清洗类型，点击Manual Post-Run Wash；
1.3 加载wash Flow Cell，把wash Flow Cell对齐三个定位销，并轻轻放平wash Flow Cell。如果Flow Cell仓内已经有wash Flow Cell则直接进入下一步；
1.3.1 从Load屏幕上，选择Load。Flow Cell仓门自动关闭，并移动Flow Cell到位，确认勾选Flow Cell传感器；
1.3.2 选择下一步，点击Next；
1.4 清空使用过的废液试剂托盘：打开缓冲室门，从下仓中取出用过的废液试剂托盘，
丢弃废液试剂托盘内含物（注意：从仪器中拉出托盘时，将一只手放在托盘下方支持）
将清空的废液试剂盒托盘滑入缓冲液室下仓，直到听到咔嗒声表示该试剂盒已安装到位；
1.5.1. 取出前一次运行剩下的缓冲液托盘并清空；
1.5.2. 在缓冲液试剂盒中部的槽中注满纯化水；
1.5.3. 滑动缓冲液托盘进入缓冲液室直到听到咔嗒声；
1.5.4.确认勾选缓冲液托盘感应器，关闭缓冲液室仓门，选择下一步，点击Next；
1.6.1. 请按试剂仓门右下角释放闩锁打开试剂仓门，取出前一次运行剩余的试剂盒托盘；
1.6.2. 在试剂盒托盘28号孔中注满纯化水；
1.6.3. 按方向箭头方向滑入试剂盒托盘；
1.6.4. 关闭仓门
1.7. 从Load屏幕上，选择Load。该试剂盒托盘会自动就位；
1.8. 确认勾选试剂盒托盘传感器，选择Next，清洗预检查自动开始；
1.9. 开始清洗，当清洗预检查完成后，请选择Start，洗涤开始；
1.10. 当清洗完毕时，点击Home即可回到主界面；
2 实验步骤附录（当有内容需要补充又不方便展现于实验步骤中时，以附录的形式出现）
如：琼脂糖凝胶制备
（1）实验文件信息，实验文档信息位于PDF首页右上角，罗列实验文档的基本信息。（仪
器编号，芯片类型，结果文档路径等）；
（2）样品模拟胶图：PDF首页右上角是样品电泳模拟胶图，以电泳胶图的形式表现样品情况；
（3）检测结果缩略图。PDF首页下半部分为样品检测结果缩略图，以小图的形式显示样品电泳曲线图；
（4）样品情况摘要：位于PDF文档第二页，罗列样品实验情况信息；
（5）实验细节：位于PDF文档第三页，罗列实验细节；
（6）样品电泳结果详细信息：PDF第四页开始为样品电泳结果详细信息，包括ladder情况。
实验结果结果分析
（1）ladder ：正确的实验ladder图谱应该有15个峰，其中最小（35bp）和最大（10380bp）为marker峰，中间位ladder峰，如下图。
（2）样品结果分析：每个样品结果包含峰图，模拟电泳图，以及样品情况数据。这些数据包括样品中不同大小的DNA片段数量，各个片段的丰度（浓度和摩尔浓度）等等信息。我们可以根据这些信息，结合所建库理论值，对样品情况进行判断；
常见的问题（FAQ）
以Thermo Fisher公司的mRNA提取试剂盒为例：
1.After homogenizing the tissue, can the lysate be stored in Lysis/Binding Buffer, when using the Dynabeads mRNA isolation kits ?
Answer: Yes, it is possible to store the lysate in the Lysis/Binding Buffer for several months at -20 degrees C. Care should be taken when thawing the sample. The sample should be thawed quickly to avoid RNase attack before the LiDS is dissolved.
2.Are Dynabeads magnetic beads compatible with dithionite, DTT, and EDTA?
Answer: No. Not only is dithionite a reducing agent, but the strong affinity of the dithionite ion for bivalent and trivalent metal cations (M2+, M3+) allows it to enhance the solubility of iron, making it a chelating agent. As a result, the iron in the Dynabeads magnetic beads is reduced and pulled out when they are exposed to dithionite. The same is observed if Dynabeads magnetic beads are exposed to DTT and EDTA.
参考文献（以Thermo Fisher公司的mRNA提取试剂盒为例）
Disease-associated mutations in human mannose-binding lectin compromise oligomerization and activity of the final protein. Larsen F, Madsen HO, Sim RB, Koch C, Garred P. J Biol Chem 2004; (279):20 21302-21311
Extracellular plasma RNA from colon cancer patients is confined in a vesicle-like structure and is mRNA-enriched. García JM, García V, Peña C, Domínguez G, Silva J, Diaz R, Espinosa P, Citores MJ, Collado M, Bonilla F. RNA 2008; (14):7 1424-1432
Relationships and differentially expressed genes among pancreatic cancers examined by large-scale serial analysis of gene expression. Ryu B, Jones J, Blades NJ, Parmigiani G, Hollingsworth MA, Hruban RH, Kern SE. Cancer Res 2002; (62):3 819-826
看到这，相信读者肯定对SOP的撰写有了一个清晰的认知。最后我们再来做一个回顾：SOP需要包含七大部分：目的和适用对象、试剂/耗材准备、实验步骤/操作流程、结果记录和分析、常见的问题（FAQ）、参考文献和文件更改履历。通过这七大部分，SOP需要给读者提供WHAT（需要执行的任务）、HOW（执行此任务所需要的详细步骤）、WHEN（步骤的先后顺序、说明某一具体步骤需要的具体时间、要进行下一步所需要满足的特定条件）、WHO（表明执行人及所涉及到的其他人员）、WHERE（指明使用的仪器、设备及所在位置）和WHY（解释进行此步骤和任务的原因）这六大要素。
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