联川细胞Marker基因和细胞类型鉴定数据库上线啦！ | 单细胞专题
你是否有过这样的困惑，当你拿到单细胞测序数据的时候，第一个拦路虎就是鉴定正确的细胞。无论是神经领域还是免疫学，正确鉴定细胞亚群是许多研究人员面临的巨大挑战。
你看到文献中的图是这样的：
这是你自己的图是这样的
又或者是这样的
那么有没有一种方法可以自动将这些数字变为真正的细胞分类呢？答案是可以的。
第一种是最硬核没有之一的抗体分选列表+自身的知识储备。目前市面上诸如BD公司、Thermo Fisher公司、Bio-Rad公司等，都有对应的细胞分选表面抗体列表，这种经过无数次验证的抗体准确度非常高。此外通过扎实的自身知识储备也能获取到比较准确的标记基因信息。
但是这个方法也有劣势那就是抗体分选通常是阳选为主，而且表面蛋白数量也有限，这无疑在后期鉴定更细的细胞亚群会有不小的障碍。此外自身的知识储备也会有枯竭的一天，这会给更精细化的细胞亚群鉴定带来不小的麻烦。
第二种是数据库，细胞标记基因的数据库有不少在线版本和本地版本，这些数据库无疑能够降低细胞鉴定的难度。但是目前市面上细胞标记基因的数据库鱼龙混杂，经常会出现例如胚胎组织鉴定出大量的平滑肌细胞这种令啼笑皆非的事儿。
第三种是文献大法，即通过查询大量文献获得正确的细胞marker基因列表。当然文献大法也存在诸多劣势，例如文献中的研究与自身研究相差太远，查询文献花费时间较长等。查询到文献还只是第一步，后续还要把文献中的标记基因mapping回我们自身的数据中不断进行调试验证。往往这个过程需要花费几周到几个月时间不等。如果那些标记基因表达的蛋白不是细胞表面蛋白，后期也无法通过抗体或流式细胞仪进行分选。
最后一种就是软件注释+高质量的In-House自建数据库。
联川生物目前引入了一些经典的自动化细胞鉴定软件，如SingleR、SciBet（北大开发）、ACTINN、Garnett、scCATCH（浙大药学院开发）、gCAnno（西安交大开发）外，联川还干了一件非常硬核的事情——自建数据库。
通过跟一些流式细胞分选以及抗体公司合作，以及部分高质量的单细胞测序文献搜集，我们先获取一些候选的marker基因，然后重新mapping回真实的测序数据进行反复验证，最后会收录到联川生物Auto Cell Type Marker数据库中（下文统一简称LC-ACTM）。
由于同类细胞在不同器官和组织的marker基因表达也是不同的，我们并不是简单的将细胞进行归类，而是对不同器官组织中的不同细胞再次进行细致划分。
目前针对人、小鼠等模式物种已经完成了自建数据库的建设，并且在不断更新。到了2020年四季度，联川将会上线LC-ACTM 2.0，届时数据库中的信息会更加完整，细胞鉴定会更加准确。
这是目前联川生物LC ACTM 1.0版云平台的截图
如上图所示，我们在鉴定细胞的时候，可以自由选择已知的marker基因列表进行自动标注。
所以，欢迎大家来联川体验单细胞自动注释，当然由于数据库还在不断更新中，如果老师们有更多的marker基因，也欢迎在售后阶段提供给我们，我们会帮助您在细胞鉴定上有更好的体验！