全国TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班通知
全国TCGA,GEO生信高通量数据挖掘专题学习班
第6期 2019/6/29-30（28号报到）
上海中兴和泰酒店
培训目的与培训预期
培训简介：
癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向（含30000个样本）的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！如图1所示。
图1 基于 pubmed数据库检索的包含“TCGA”发表的SCI 文章数量（2018年11月7日）
关键靶标分析是指基于生信的方法从高通量数据中挖掘到与研究方向最相关的靶标基因（mRNA，miRNA，lncRNA或蛋白）。
因此，需要我们自己掌握高通量数据挖掘的能力以及逻辑性的生信分析思路，从海量信息中获得自己想要的关键基因！
培训预期：
1. 通过整整两天的培训，掌握TCGA，GEO数据库的使用、下载及分析思路和实用操作技能。
2. 可以独立完成一篇基于公共数据库的高通量数据挖掘分析。
3. 课后还可以赠送1小时的全场串联视频，用于学员的复习。
4. 赠送一份最近5年的高价值国自然标书（医药加高价值标书库里面选择）
5. 讲师团队赠送TCGA数据库甲基化，基因表达谱整合分析报告与疾病mRNA+lncRNA分析报告。
学习班组织方
主办方：医药加科研培训中心
承办方：上海循掘生物科技中心
讲师简介
宋伟博士
成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。
研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。
培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。
培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等
TCGA&GEO高通量数据挖掘分析班课表 | |||
日期 | 时间 | 课程安排 | 内容介绍 |
第一天上午 | 9:00-10:00 | 生信简介 | 生物信息介绍 |
高通量：测序及芯片介绍——多组学：转录组学、基因组学、表观组学、宏基因组学等 | |||
经典生信SCI文章的思路解读，了解TCGA数据库、GEO数据库及高通量测序数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路 | |||
10:00-10:15 | 茶歇 | ||
10:15-12:00 | TCGA数据库 NCBI GEO数据库 | TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介) | |
TCGA数据库的产生过程 | |||
TCGA官方数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据） | |||
GEO数据库介绍及使用：高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
第一天下午 | 13:30-15:00 | TCGA相关下载工具 | TCGA数据库据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。 |
15:00-15:20 | 茶歇 | ||
15:20-17:00 | TCGA相关分析工具 | TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。 | |
获得生存曲线图（KM曲线，分为临床因素和基因表达两种KM曲线） | |||
第二天上午 | 8:30-10:30 | TCGA数据后续高级分析工具实战 | 功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析 |
聚类热图制作 | |||
10:30-10:45 | 茶歇 | ||
10:45-12:00 | TCGA数据后续高级分析工具实战 | 蛋白互作分析（PPI）及网络图构建 | |
网络分析及hub蛋白/基因获得。 | |||
12:00-13:30 | 午餐及午休 | ||
周日下午 | 13:30-15:00 | TCGA数据库与GEO数据库挖掘 | 基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练 基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练 基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练 |
15:00-15:20 | |||
15:20-16:30 | 整体演练并录屏 | 在电脑上快速完成从头到尾的一套数据实战，及答疑 | |
注意事项：学员需自己带电脑，要求为windows系统，现场不得录音录像，上课所用软件为cytoscape和Heml |
示例图 通路富集分析结果图
示例图 基因突变元件图
示例图 GO富集分析结果图
示例图 聚类热图分析
示例图 蛋白互作网络图
示例图 pathway map图
示例图 关键基因的KM生存曲线图
示例图 venn图
示例图 基因突变元件图
学习费用
学习费2800元每位（学习费包含电子版教材、午餐，住宿费自理，保证学员完全掌握。）
优惠政策：
1. 提前支付转账的可提前拿到学习资料
2. 三人组团报名，每人收费2700元
3. 四人组团报名，每人收费2600元
4. 五人组团报名缴费，额外带一人免费注册！
5. 参加过医药加测序与芯片数据挖掘的学员只要再支付1400元
可以开正规会务发票，纸质邀请函（盖红章）。
注意事项：携带windows系统的电脑，苹果电脑请务必提前做好双系统。现场不得录音录像。
报名咨询与报名方式
报名咨询可联系 金老师 18917745941 王老师 13818765978
报名方式一：
住宿安排
住宿：（不强行规定，可自己预订附近其他酒店，费用自理）
上海中兴和泰酒店。 普通大床/标间： 400元， 商务标间 500
报名咨询
金老师：18917745941
王老师：13818765978
咨询报名：请加学习班秘书微信yiyaojia01
| 5.25-27 | 上海中兴和泰酒店 | 第13期基因编辑技术学习班 |
| 5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 蛋白质组学实验设计与数据分析学习班 |
| 5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 全国非编码RNA数据分析与设计学习班 |
| 5.25-26 | 上海中兴和泰酒店 | 第4期全国临床预测模型构建与基于R语言统计分析学习班 |
| 6.1-2号 | 上海中兴和泰酒店 | 非编码RNA如何学才能避免走很多弯路？ 这里有答案！ |
| 5.31-6.2 | 上海中兴和泰酒店 | 第42期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班 |
| 6.1-2 | 上海中兴和泰酒店 | 第11期医学SCI论文写作及发表技巧学习班 |
| 6.13-14 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第15期测序与芯片高通量数据挖掘学习班 |
| 6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 全国第10期临床研究设计学习班 |
| 6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第10期中药网络药理学的研究策略与实用技能研讨班 |
| 6.15-16 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第7期肠道菌群与代谢组学课题设计及研究策略专题学习班 |
| 6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第12期医学SCI论文写作及发表技巧学习班 |
| 6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 2019全国科研作图高级学习班 |
| 6.29-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第32期非编码RNA与外泌体研究策略与基金申请学习班 |
| 6.28-30 | 北京金泰绿洲大酒店 | 第43期循证医学与meta分析（含网状meta分析）三天精讲学习班 |
| 6.29-30 | 上海中兴和泰酒店 | TCGA/GEO高通量公共数据库挖掘学习班 |
医药加精品资源推荐