肝癌 m6A 调控因子与 m6A 相关基因的整合分析
2021-03-19
2021-03-19
《BIO Integration》发表新文章。本文作者来自中国广东省广州市中山大学的 Jingdun Xie、Zhenhua Qi、Xiaolin Luo、Fang Yan、Wei Xing、Weian Zeng、Dongtai Chen 和 Qiang Li，讨论了 m6A 调控因子和 m6A 相关基因在肝细胞癌（HCC）中的整合分析。
N6 - 甲基腺苷（m6A）RNA 甲基化与多种肿瘤的发生发展有关。本研究通过整合的生物信息学分析，对 m6A 调控因子和 m6A 相关基因进行了全面分析，包括表达、聚类、蛋白 - 蛋白相互作用和预后，从而为 m6A 调控因子和 m6A 相关基因在 HCC 中的作用提供了新的见解。
获得 192 个候选 m6A 相关基因和 3 个 m6A 调控因子，包括 YTHDF1、YTHDF2 和 YTHDC1。这些基因和调控因子在肝癌不同阶段的表达存在显著差异。基于 Cox 回归分析，从 98 个 m6A 相关预后基因中提取 19 个基因，构建风险评分模型。肝癌患者 1 年和 3 年曲线下面积（AUCs）均大于 0.7。基于对高风险和低风险评分组之间突变差异的分析，作者确定 TP53 在高风险 HCC 患者组中具有最高的突变频率，而 titin（TTN）在低风险 HCC 患者组中具有最高的突变频率。
原文链接：Integration Analysis of m6A Regulators and m6A-Related Genes in Hepatocellular Carcinoma. BIO Integration, 2021, https://doi.org/10.15212/bioi-2021-0002
文章链接：https://www.ingentaconnect.com/content/cscript/bioi/pre-prints/content-20210002
要点预览
【医药加】RNA甲基化(m6A)数据分析与课题设计
（现场与网络同步精讲班）
（现场/网络班2天：第9期 2021.4月24-25日，北京金泰绿洲酒店）
为帮助相关科研人员尽快掌握m6a研究思路与数据分析方法，考虑目前在疫情期间的实际情况，我们决定召开【RNA甲基化(m6A)数据分析课题设计学习班（现场与网络同步精讲班）】，为了保证学习效果，课后还有复习视频赠送给每位学员。 ---大咖手把手教你RNA甲基化数据分析课题设计, 两天高强度训练，理论与实操结合，专家微信群答疑，课后给全程回放视频！
培训简介
6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine，m6A）是指腺嘌呤（A）的第6 位氮（N）原子上发生的甲基化修饰。m6A修饰是mRNA与lncRNA最常见的核苷酸修饰。m6A修饰广泛分布于真核生物的RNA 中，m6A修饰调节RNA 成熟、剪切、转运、降解及翻译等代谢过程。m6A修饰蛋白或者m6A结合蛋白的表达异常或m6A 修饰水平异常，可导致m6A 修饰相关RNA 代谢的异常，影响基因的表达，与很多疾病发生发展有密切关系，m6A成为了近年来的研究热点，很多国自然或者博士课题都想搭上该热点。
当前高分文章发表及国家自然基金支持情况均反映表观及RNA甲基化，尤其是m6A已成为当前学术研究的热点方向，是一个增长迅速、拥有巨大研究意义的新兴领域。鉴于表观/RNA甲基化具有重要的临床研究意义，我们特别邀请到在该领域拥有丰富经验的专家老师为大家详细的介绍表观/RNA甲基化的研究内容、研究方向及课题思路，并通过培训使学员熟练的掌握甲基化相关课题的数据获得和分析过程，迅速成为表观遗传领域的主力军。
基础的m6A机制研究，如：
m6A与外泌体结合：
m6A与非编码RNA结合
m6A与自噬
肿瘤干性、侵袭转移相关
培训预期：
本学习班由多年从事表观遗传与RNA甲基化的科研人员授课，通过深入浅出的理论讲解和实例案例，帮助学员拓展研究思路，提升科研水平，增加职业竞争力。通过本次课程培训将使学员系统掌握当前主流的表观遗传与RNA甲基化分析流程、方法和软件，国自然课题设计思路，从零基础实现到CNS图表的绘制，同时提升研究深度和广度，拓宽研究思路。
讲师背景：
主讲老师来自中科院，博导，长期从事表观遗传与RNA甲基化方面的项目研究，目前已在Nature等杂志发表文章五十多篇，承担国家科技部、国家自然基金委和重点研发计划等多项课题。
【课程设置】
第一天上午 8:30- 12：00 |
RNA甲基化功能机制、研究策略及思路分析 | 1. RNA甲基化研究概述。 2. RNA甲基化类型、特征、生成和作用机制。 3. RNA甲基化对RNA加工代谢的调控。 4. RNA甲基化调控多种生物学功能的作用机理。 5. RNA甲基化在疾病等领域中的研究应用。 6. 通过高分文献解读并总结RNA甲基化调控肿瘤研究思路。 | 理论 |
第一天下午 1:30- 18:00 | RNA甲基化测序和数据分析 | 1. RNA甲基化研究技术路线概览。 2. RNA甲基化常用的各种测序技术。 3. m6A甲基化的研究思路和分析内容。 4. m6A测序技术流程介绍及测序报告解读。 5. m6A甲基化测序的项目延伸及思路拓展。 6. m6A peak鉴定(R包exomePeak、MACS2)、peak差异分析 (R包exomePeak)、motif分析（Homer、MEME）及peak分布（RMBase）等。 | 理论+实操 |
第二天上午 8:30- 12:00 | RNA甲基化多组学整合分析思路及课题设计 | 1. RNA甲基化与RNA甲基化蛋白功能网络研究。 2. 整合多组学探索RNA甲基化的功能和机制。 3. RNA甲基化与RNA-seq、Ribosome profiling等数据整合分析。 4. 非编码RNA（miRNA、circRNA及lncRNA等）的RNA甲基化分析思路。 5. RNA甲基化研究策略、课题设计与经验交流。 6. RNA甲基化相关国自然课题介绍。 | 理论 |
第二天下午 1:30- 17:30 | 利用公共数据库和多组学数据进行甲基化课题设计及基金申请 | 1. 通过TCGA，GEPIA，ENCORI等数据库挖掘RNA甲基化癌症研究思路。 2. 通过RNA甲基化常用数据库（RMBase，m6AVar，MeT-DB，whistle）等明确关键基因的修饰位点。 3. 预测RNA甲基化位点在线工具介绍。 4. RNA甲基化修饰基因功能富集分析（DAVID，Metascape等）。 5. RNA甲基化研究常见图形绘制：分布趋势图，饼图，热图，韦恩图，火山图，散点图，GO、KEGG富集图，网络图，累积曲线图，GSEA图等。 6. RNA甲基化基金申请写作思路、准备内容及方案设计注意事项等。 7. 讨论及个性化问题答疑。 | 理论+实操 |
【使用软件】
主要使用R和Rstudio
学习费用
现场班3200元，网络班2800元/人（两天集中授课，互动性好，可开发票，可回放）
优惠政策
1. 疫情过后，可补差价参加医药加线下同名班
2. 参加过医药加同名线下班的学员，只要300元复听费用（推荐新学员的，免收复听费用）
3. 办理了SCI与国自然VIP年卡的学员是免费参加的（价格1.5万以上的）
4. 分享到朋友圈并且推荐评论的，可以减免100元
注意：课程为现场与线上ZOOM网络会议平台授课，体验与质量有保证！
报名付费成功后，提前发培训需要应用到的软件与课件，并且指导安装。
参加培训的学员课后可通过微信群继续和老师交流，长期获得指导机会。
可以开正规会务发票或者技术服务费发票。
2. 肠道菌群/微生物组相关研究（81篇，点击阅读，跟踪订阅）
7.CRISPR基因编辑相关研究（5篇，点击阅读，跟踪订阅）
课题/文章，医药加小同行专家精准匹配，辅导设计咨询
肿瘤，菌群与代谢，表观m6a,单细胞，多组学，非编码RNA外泌体，中医药，神经，内分泌，眼科，骨科，心内等等方向的研究课题，欢迎联系医药加做评审与指导，我们总有一位同行专家与您精准匹配
学习班直播档期与参加方式
| 2021.3.27-28 | 单细胞测序数据分析与课题设计网络精讲班 | 医药加zoom会议室 |
| 2021.3.27-28 | 循证医学Meta分析及网状Meta分析精讲班 | 上海中兴和泰酒店/网络同步 |
| 2021.3.26-28 | TCGA,GEO生信高通量数据挖掘3天精讲班 | 上海中兴和泰酒店/网络同步 |
| 2021.4.3-4，两天一晚 | 中药网络药理学的研究策略与技能及分子对接网络精讲班 | 医药加zoom会议室 |
| 2021.4.2-4 | 多组学数据整合分析挖掘3天精讲班 | 上海中兴和泰酒店/网络同步 |
| 2021.4.3-4 | 肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班 | 医药加zoom会议室 |
| 2021.4.24-25，两天一晚 | 光遗传/膜片钳/网络学习班 | 医药加zoom会议室 |
| 2021.4.24-25 | RNA甲基化（M6A）数据分析与课题设计精讲班 | 北京金泰绿洲/网络同步 |
| 2021.4.24-25，26~29号4晚 | 非编码RNA与外泌体研究策略与数据分析网络精讲班 | 北京金泰绿洲/网络同步 |
| 2021.4.24-25 | 高级科研作图现场精讲班 | 广州南洋长胜/网络同步 |
| 2021.5.4-5 | 高水平生物医学科研设计与高质量SCI写作现场精讲班 | 广州南洋长胜/网络同步 |
| 2021.5.4-5 | 基因编辑技术与动物模型构建网络精讲班 | 上海中兴和泰酒店/网络同步 |