查看原文
其他

高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营

医药加 生物医学科研之家 2022-04-23

医药加邀请您看直播:

   lncRNA RBP创新分析思路探讨

  8月5日晚20:00准时开播,点击“预约”免费报名


医药加生信训练营预览


【医药加】全转录组高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营


(训练时间:2021.8.14-15日白天,16~19号四晚



为帮助广大初学者和具有一定基础的研究者能更好掌握全转录组高通量数据分析的套路与常用技能, 考虑目前在疫情期间的实际情况,我们决定召开【全转录组高通量测序&芯片数据生信分析实战训练营】,为了保证学习效果,我们腾讯网络会议平台授课,效果体验好!



课程可免费回放,专家微信群指导,确保你能学会!



培训简介

转录组数据除了mRNA之外,还有miRNA、lncRNA和circRNA等非编码RNA。它们在生物医药领域也起到了非常关键的作用。2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目,批助金额总计441310万元。初步统计,这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中与miRNA相关的有630项,金额2.3亿;与lncRNA相关的有395项,金额1.45亿;

如何获得有创新意义的疾病靶标基因(mRNA,lncRNA,circRNA,miRNA等)是项目申请及文章写作时最常见的问题。因此我们基于全转录组数据分析的思路,把RNA层面的mRNA、LncRNA、circRNA和miRNA等分子分别给大家做一个分析实操,以及整合这几个RNA的分析思路(具体参见课程表)。

为了适应生物医药科研工作者的学习效率,我们开展了此次训练营培训班。通过周末2天外加4个晚上的学习,我们在不影响正常工作的情况下,学习全转录组RNA分子的生信分析思路对项目及文章的帮助,以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件(涉及了各种RNA分子相关的数据库、在线工具、免疫细胞浸润及R语言简单作图操作)。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。


培训预期:

为了适应生物医药科研工作者的学习效率,我们开展了此次训练营培训班。周期是两个白天,四个晚上,这样完全不影响正常工作,我们了解全转录组RNA分子的生信分析思路对项目及文章的帮助,以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。


讲师简介

宋伟博士, 中国精准医疗学会委员

研究成果:参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请;肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建;完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向:有近十年的生信分析经验,擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等,精通perl、R等编程语言。

培训经历:在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有:医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向:《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等


训练营安排


时间安排

课程表

介绍



周六

9:00~12:00

生信简介

生物信息介绍

高通量:测序及芯片介绍

非编码RNA的机制、调控模式(miRNA、lncRNA与circRNA)

经典生信SCI文章的解读,了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。

非编码RNA的创新文献解读(含miRNA、lncRNA和circRNA)

免疫细胞浸润创新文献解读

TCGA数据库

NCBI GEO数据库


TCGA数据库:最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的介绍和使用(包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据)

GEO数据库介绍:数据量最大的高通量公共数据库。

GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

周六

13:30~17:30

TCGA相关的下载工具

TCGA数据库癌症数据下载:RNA-seq数据、miRNA-seq数据、及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理,获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

非编码RNA数据库简介

miRNA 注释数据库(注释及序列下载)

lncRNA注释数据库(注释及名称转换)

circRNA注释数据库

单细胞测序

单细胞测序数据挖掘思路



周日

9:00~12:00

R语言基础

R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。

R语言基础:元素、向量、矩阵、数组

R语言函数:计算函数、统计函数等

R语言路径确认及修改

R语言文件(图、表)的导入和导出

R语言实战

R语言包:包的下载安装

R语言:差异分析limma包使用制作

周日

13:30~17:30


R语言实战

聚类热图制作

R语言pheatmap包做聚类热图

R语言ggplot2构建功能气泡图

基因功能分析

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

通路map图构建


周一

19:00~22:00


免疫细胞浸润

免疫细胞浸润分析相关数据库及工具实操


免疫细胞浸润结果图片R语言作图

免疫细胞浸润结果生信结果解读

周二

19:00~22:00


miRNA分析

  1. 差异miRNA分析

  2. miRNA-mRNA数据库(验证和预测结果)

  3. miRNA与靶基因结合位点(MRE)分析

  4. VENN图分析

  5. 癌症的miRNA预后分析

lncRNA分析

  1. miRNA-lncRNA数据库

  2. lncRNA-target分析

  3. lncRNA参与的ceRNA分析

  4. 共表达分析


周三

19:00~22:00


circRNA分析

circRNA-seq高通量测序解读

  1. miRNA-circRNA数据库

  2. circRNA参与ceRNA的分析

全转录组整合思路

ceRNA(竞争性内源RNA)的机制

ceRNA关系对分析

ceRNA网络构建

周四

19:00~22:00


网络图构建

Cytoscape软件——网络图构建、美化及分析实操

结尾

串讲



分析示例图


示例图 通路富集分析结果图


示例图 聚类热图分析

示例图 网络图


                         示例图 pathway map图



示例图 关键基因的KM生存曲线图



示例图 柱状图与venn图

示例图 相关性散点图

示例图 免疫细胞浸润分析

示例图非编码RNA调控网络及功能富集分析(pathway




学习费用

本期训练营学费 4200元/每位

(集中网络授课,互动性好,可开发票,可全程回放)


优惠福利政策

1. 医药加学习班新学员可以分享朋友圈优惠100。

2. 医药加学习班老学员可以分享朋友圈优惠200。

3. 三人组团每人可减免200元,四人组团每人减免300元,5人组团可额外赠送一个培训名额。

4. 参加本次训练营的学员课后可通过微信群免费咨询,每周都可以免费进宋老师的腾讯会议参加宋老师的直播互动。

注意:此次课程为线上直播教学模式,网络会议平台授课,可回放,体验与质量有保证!报名付费成功后,提前发培训需要应用到的软件与课件,并且指导安装。


                           本次网络训练营报名通道,扫码报名




医药加科研培训中心已经为上千位学员指导并发表SCI文章,很多学员中标了国自然项目。医药加平台有上百位国自然评审专家(教授,三项以上国自然主持经历,单篇SCI影响因子10以上),都具有丰富的SCI文章,国自然标书评审经验。


【医药加】课题/文章,专家精准匹配,课题辅导设计评审咨询

肿瘤,菌群与代谢,表观m6a,单细胞,多组学,非编码RNA外泌体,中医药,神经,内分泌,眼科,骨科,心内等等方向的研究课题,欢迎联系医药加做评审与指导,我们总有一位同行专家与您精准匹配,我们把与您研究方向相关的专家,俗称“小同行专家”。


专家咨询/学习班报名或者办卡请扫码咨询(有邀请函,可开发票)

 






医药加的肿瘤专家,正在一对一辅导一份肿瘤方向的自然基金项目申请书。


医药加学习班开班档期与参加方式
(录播视频也可提供)
2021.7.24-25单细胞测序数据分析与课题设计网络精讲班医药加腾讯会议
2021.7.24-25循证医学Meta分析及网状Meta分析精讲班,河北医科大学第一医院腾讯会议
2021.7.31-8.1肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班医药加腾讯会议
2021.7.31-8.1中药网络药理学的研究策略与技能及分子对接网络精讲班上海中兴和泰酒店/腾讯会议
2021.8.21-22全国R语言数据分析实战技术网络学习班(理论+实践课)上海中兴和泰酒店/腾讯会议
2021.8.14-15临床预测模型上海中兴和泰酒店/腾讯会议
2021.8.21-22高级科研作图现场精讲班,腾讯会议
2021.8.14-15.16~19号四晚全转录组学训练营医药加腾讯会议
2021.9.4-5光遗传/膜片钳/网络学习班医药加腾讯会议
2021.9.4-5,6~9号晚上非编码RNA与外泌体研究策略与数据分析网络精讲班医药加腾讯会议
2021.9.11-12RNA甲基化(M6A)数据分析与课题设计精讲班医药加腾讯会议
2021.9.11-12基因编辑技术与动物模型构建网络精讲班上海中兴和泰酒店/腾讯会议

医药加生信+基础+临床研究实操训练,科研专家授课,

授人以渔,微信互动答疑,迅速提升科研能力!

高质量课题与文章专家一对一辅导


为帮助医药加新老学员系统掌握生物信息,基础研究,临床研究思路与技能,从而能全面,系统,迅速提升学员的科研创新能力。考虑目前还在疫情期间的实际情况,我们设置了下面10多门在线实操学习班(每月轮回开班),为了保证学习效果,我们采用网络会议平台授课+视频回放,互动体验效果好!欢迎科研单位来联系预约,如有需要,医药加专家教授还可以提供一对一的课题指导,授人以渔! 



【生信篇---详细介绍请点击下面对应课程标题,报名先获得课程录像与资料,可单独报一门,也可买卡参加全年学习班】


全转录组高通量数据挖掘与疾病表型关联分析-从入门到精通8晚训练营

多组学数据整合分析挖掘(网络精讲班),专家授课,互动指导!

科研大咖手把手教你单细胞测序数据分析与课题设计

全国R语言数据分析实战技术网络学习班(理论+实践课)

m6A相关的课题设计与数据分析怎么做?中科院专家两天时间手把手教你!

TCGA,GEO生信高通量数据挖掘精讲班(三天zoom会议+视频回放),专家互动指导!2020-07-18

中药网络药理学的研究策略与实用技能(两天zoom会议+视频回放),专家互动指导!2020-07-30


【基础篇---详细介绍请点击下面对应课程标题,报名先获得课程录像与资料,可单独报一门,也可买卡参加全年学习班】


非编码RNA与外泌体研究策略与课题设计网络班

基因编辑技术与动物模型构建精讲班(两天zoom会议+视频回放),专家互动指导!

高级科研作图网络实战精讲班, cell级别的机制图让你轻松搞定!

光遗传/膜片钳/钙成像技术网络学习班,专家授课,互动指导!

肠道菌群与代谢组学课题设计网络精讲班,(两天zoom会议+视频回放),专家互动指导!2020-07-21



【临床研究篇---详细介绍请点击下面对应课程标题,报名先获得课程录像与资料,可单独报一门,也可买卡参加全年学习班】


临床科研方法与论文写作能力提升训练营2020-07-30

回顾性临床研究从入门到精通训练营

临床预测模型构建与临床资料挖掘网络精讲班

全国实用医学统计与SCI作图(网络)精讲班

循证医学Meta分析及网状Meta分析(线上线下同步精讲班)



为了大家2021年能更轻松更专业的搞科研,医药加为此推出sci年卡,储值卡以及国自然年卡三大类型的vip卡服务套餐:










您可能也对以下帖子感兴趣

文章有问题?点此查看未经处理的缓存