在最初的研究中，甲胎蛋白阳性胃癌定义为伴有血清甲胎蛋白升高的胃癌，而胃肝样腺癌定义为组织学呈现肝细胞分化的胃癌。
胃肝样腺癌和产甲胎蛋白阳性胃癌的概念既有重叠又有区别，实际可以分为以下这3种类型：
不产甲胎蛋白的胃肝样腺癌
产甲胎蛋白的胃肝样腺癌
产甲胎蛋白但无肝细胞癌样分化的胃癌
甲胎蛋白阳性胃癌具有两种组织学类型：第一种类型为髓样型，肿瘤细胞呈现多形性，呈巢样排列；第二种是分化较好的管状或乳头状排列的肿瘤细胞，细胞质呈透明样。
髓样型是胃癌细胞出现了肝细胞癌样分化，肿瘤细胞的形态特征及排列类似于肝癌细胞，细胞较大，不规则，呈梁索状或巢状排列，血窦丰富；核仁大，居中，可见核分裂象，巨核或畸形核，肿瘤细胞周围可见胆汁样物质，这种同时具有胃癌形态和肝癌形态的胃癌就被称为胃肝样腺癌。
肝样腺癌与是否产生甲胎蛋白无关，主要特征是肿瘤细胞在组织学上具有肝细胞肝癌的特征。在甲胎蛋白阳性胃癌中，只有20%可以观察到肝样分化，48%的胃肝样腺癌不产生甲胎蛋白，而无论是否产生甲胎蛋白，只要具有肝样结构的肿瘤细胞，其生物学行为相似。
产甲胎蛋白只是胃肝样腺癌的一个重要特点，不是必要条件，因为肠化的胃黏膜能像胚胎性肠黏膜一样产生甲胎蛋白，许多胃癌产生甲胎蛋白可能表明肠化，而不是肝样分化。甲胎蛋白阴性的胃肝样腺癌可产生其他正常的肝细胞产物，如白蛋白、α1-抗胰蛋白酶等，证明胃癌细胞发生肝样分化时不一定产生甲胎蛋白。在免疫组化方面，不是所有的胃肝样腺癌均表达甲胎蛋白，甲胎蛋白在胃肝样腺癌中的阳性率为54％-87％。
另外一个重要的标志物是磷脂酰肌醇蛋白聚糖3（glycipan-3，GCP3）。它是肝癌的重要标志物，在70％-75％的肝癌中表达，参与多个与肿瘤发生和发展密切相关的信号通路的调节。在胃肝样腺癌中，GCP3的阳性率达到100％，且无论甲胎蛋白是否阳性；在不具有肝样分化的甲胎蛋白阳性胃癌中，GCP3也全部为阳性。
此外，婆罗双树样基因4（Sal-like4，SALL4）也是肝样腺癌或甲胎蛋白阳性胃癌的一种特征性标志物，SALL4是一种新的干细胞标志物，其在胚胎早期发育、器官形成以及胚胎干细胞增殖和多能性维持方面发挥着重要作用。
SALL4可以在第9周前的胚胎胃中观察到，第9周后消失，其再次出现提示胎肠化生。在正常成人胃组织中SALL4表达阴性，在胃癌组织中SALL4呈部分阳性表达，其中甲胎蛋白阳性的胃癌均不同程度地表达SALL4，胃肝样腺癌中呈弥漫性表达，而肝母细胞癌和肝细胞癌中SALL4均为阴性。因此，SALL4亦可有效鉴别胃肝样腺癌和肝细胞癌。可以认为，无肝样分化的产甲胎蛋白胃癌在免疫组化上与胃肝样腺癌相似。
无论是胃肝样腺癌还是甲胎蛋白阳性胃癌，病理诊断均是金标准。观察到胃癌细胞呈肝样分化，即可诊断胃肝样腺癌；胃癌细胞甲胎蛋白染色阳性，即可诊断甲胎蛋白阳性胃癌。
肝转移是产甲胎蛋白胃癌和胃肝样腺癌患者的第1位死因。目前认为，与肝转移最相关的基因是c-Met。c-Met基因表达的Met蛋白是肝细胞生长因子的受体，在胃腺癌中的阳性率为18％-71.1％。c-Met基因的扩增与肿瘤的浸润深度和淋巴结转移有关，而且Met 蛋白更倾向在侵袭浆膜或发生转移的晚期患者肿瘤组织中表达。甲胎蛋白阳性胃癌比甲胎蛋白阴性胃癌有更高的Met蛋白阳性表达率。因此我们认为，很可能是由于Met蛋白高表达后所致的胃癌细胞与肝癌细胞相似，导致其易于在肝细胞组织中存活。
总结
甲胎蛋白阳性胃癌和胃肝样腺癌是胃癌中的两种特殊类型，有独特的血清学和组织病理学特征，易发生肝转移，预后较一般胃癌差。
甲胎蛋白阳性胃癌和胃肝样腺癌均起源于肠型胃癌，而且胃肝样腺癌很可能是无肝样分化的产甲胎蛋白胃癌演进而来。二者的高肝转移率可能是Met蛋白的高表达所致。两者的鉴别主要依靠病理诊断来判断是否有肝细胞样分化。