转录组发高分文章的4条思路和3点建议！（附新春大礼包名单）
近期不少老师咨询，
转录组测序想发高分文章貌似越来越难了？
科技君解读了最近几年高分转录组文章，
总结出4条“套路”
及3点建议，
分享给你们。
有参考基因组物种，转录组/RNA-Seq绘制最完整的转录图谱
影响因子：11.329。
研究目的：绘制最完整的大鼠转录组图谱。
研究材料：11种器官和4个发育阶段（幼年、青春期、成年及老年）的2种不同性别的320个大鼠样本。每个条件设置雄雌各4个个体，消除生物学变异。
研究方法：RNA-Seq测序，~40M reads/样品。
研究结果：
1. 绘制出40,064个基因和65,167种转录物的表达谱。
2. 大量的转录物显示器官特异性、年龄依赖性或性别特异性的差异表达模式。
3. 构建了一个与其他广泛应用的数据库交联、可通过网络开放获取的大鼠BodyMap 数据库，从而为利用大鼠模型开展生物医学研究提供了一个重要的资源。
图1 器官特异性表达基因、年龄特异性表达基因和性别特异性表达基因
参考文献：
Ying Yu, James C. Fuscoe, Chen Zhao, et al. A rat RNA-Seq transcriptomic BodyMap across 11 organs and 4 developmental stages. Nature communications, 2014, DOI: 10.1038/ncomms4230.
无参考基因组物种，转录组测序构建参考基因集
影响因子：7.463。
研究目的：构建大鲵的参考基因集，为后续的分子研究奠定基础。
研究材料：收集成年中国大鲵的20多个组织样本（腹部皮肤、背部皮肤、侧部皮肤、肺、心脏、肾、胰腺、小肠、脾脏、胃、脑、脊髓、软骨、眼睛、指尖、长骨、上颌骨、头盖骨、肌肉、 卵巢、脂肪、尾部脂肪、血液）。
研究方法：转录组测序，每个样本约为6.5Gb。
研究结果：
1. 为了获得一个完整的参考基因集，将所有样本的clean reads混合在一起组装得到93,366条非冗余转录本，平均长度1,326bp。
2. 将组装得到的序列注释到NR、Swiss-Prot，KEGG、COG、GO数据库进行功能注释，最后有41,874条序列被注释到。
3. 采用BlastX，ESTscan、Transdecoder 软件分别预测CDS序列，然后再进行整合（至少2种方法支持），并且需要CPC≥1，最后鉴定了26,135个蛋白。
图2 转录组组装流程
参考文献
Geng X, Li W, Shang H, Gou Q, et al. A reference gene set construction using RNA-seq of multiple tissues of Chinese Giant Salamander, Andrias davidianus. Gigascience. 2017 Feb 15. doi: 10.1093/gigascience/gix006.
有参考基因组物种，转录组测序研究群体进化
影响因子：9.423。
研究目的：研究大麦的起源及进化。
研究材料： 12个野生型大麦（Hordeum spontaneum）和9个栽培大麦（Hordeum vulgare）。
研究方法：转录组测序，野生大麦和栽培大麦的平均的数据量分别为2.63Gb和1.82Gb。
研究结果：
1. 在野生大麦和栽培大麦里面，发现了61,611个共有基因， 16,993个野生大麦特有基因， 9,443个栽培大麦中特有基因。
2. 基于92,776个SNVs的数据集，构建了系统进化树、并进行了群体结构分析及PCA分析。种群结构分析显示，青稞存在于大麦驯化的早期阶段，相关结果展示见图3。
3. 随后研究人员基于栽培大麦和野生大麦基因组区域的相似性，提出现代栽培大麦的基因组源自于中东肥沃月湾（主要是染色体1H、2H和3H）和西藏高原（主要是染色体4H、5H、6H和7H）的野生大麦基因型。
图3 野生大麦和栽培大麦进化树分析、PCA分析、群体结构分析图
参考文献
Dai F, Chen ZH, Wang X, et al. Transcriptome profiling reveals mosaic genomic origins of modern cultivated barley. Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Sep 16;111(37):13403-8.
转录组测序研究物种的系统发育关系
影响因子：34.661。
研究目的：研究昆虫的系统发育关系。
研究材料： 选择覆盖现存的具有代表性的昆虫进行研究，尤其是进化位置有争议或者模糊的分类群。对其中103个昆虫进行了转录组测序；并且使用已经发表的27个节肢动物的转录组数据和14个节肢动物的基因组数据进行分析。
研究方法：转录组测序，每个样本2.5Gb的 raw data。
研究结果：
1. 重新构建了昆虫的系统发育树，并有效地估算了昆虫不同类群的起源时间。
2. 研究成果显示昆虫与最早的陆生植物在约4亿8千万年前同时起源，昆虫和植物共同塑造了最早的陆生生态系统。
3. 研究同时表明昆虫的飞行能力起源于约4亿年前，远远早于其他动物。
图4 昆虫的系统进化树
参考文献
Misof B, Liu S, Meusemann K, Peters RS, et al. Phylogenomics resolves the timing and pattern of insect evolution. Science. 2014 Nov 7;346(6210):763-7.
4篇转录组应用的高分文章有没有带给您新思路？下面科技君继续分享发转录组高分文章的3点建议。
1.少数的几个样本想发高分文章越来越难，大样本量的转录组测序能够更全面的挖掘转录信息。例如想研究某一物种全面的转录组信息，取材的话，建议要取不同的器官、不同的发育时期的样品，另外建议一定要做生物学重复。
2.转录组测序仅是一个手段，单凭一种技术想发文章越来越难，我们需要结合多层次的数据才能解决某一生物学问题。转录组和Small RNA，转录组和LncRNA，转录组和蛋白等产品的关联分析也是现在发文的趋势。
3.转录组数据挖掘也越来越重要，华大科技此次对转录组产品进行了全面的升级，新增转录因子分析、时间序列分析、差异可变剪接分析、植物抗病和真菌致病基因预测等分析，帮你深入挖掘转录组数据。
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撰稿：王 艳
编辑：市场部
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