研究生物多样性，CNGBdb这5大数据库千万别错过 | 国际生物多样性日
“我们的生物多样性、我们的粮食、我们的健康”，是今年国际生物多样性日的主题。地球的生物多样性，为75.8亿人提供了生存的物质基础。但你知道吗：
过去100年内，
超过90%的农作物品种从农田消失；
全球约200种作物，
多用于粮食生产的仅小麦、甘蔗、油棕果等9种；
全球17个主要渔区，
均在进行捕捞或者已超出可持续发展限度；
2000-2018年间，
约150种牲畜走向灭绝……
生物多样性是粮食和健康的基础，同时也是改变粮食系统、改善人类健康的关键。保护生物多样性的重要性不言而喻。
图片来源：2019年国际生物多样性日官网
国库长期关注生物多样性保育，参与和支撑了地球生物基因组计划（EBP）等多个国际、国内重大科研项目。在农作物多样性资源保护利用方面，国库与国际半干旱热带作物研究所（ICRISAT）、国际水稻研究所（IRRI）等国际组织密切开展合作，并与联合国粮农组织（FAO）结下了深厚的友谊。
去年9月，FAO作物生产与保护司倪葭博士造访国库。今年3 月，FAO《粮食和农业植物遗传资源国际条约》（ITPGRFA）秘书长 Kent Nnadozie 与全球信息系统高级顾问 Marco Marsella 也做客国库，与国库理事汪建、主任王韧就ITPGRFA现状、农作物多样性资源利用等进行友好洽谈。
此外，国家基因库生命大数据平台（CNGBdb）基于自身支撑的重大科研项目及现有资源，为生物多样性领域建立了五大专有数据库，提供优质数据及专用分析工具，供科研人员挖掘和使用。
01 | 1KP千种植物数据库 |
植物是人类和动物或直接、或间接的食物来源。说起植物研究，就不得不提千种植物项目（1KP）。它由加拿大科学家于2008年发起，对绿色植物（Viridiplantae）的转录组进行大规模测序和组装，在系统发育/分类水平上几乎包含所有已知的1000多个物种，极大地丰富了公共数据库中植物的转录本资源。
按物种分类查看植物信息
深圳华大生命科学研究院是项目的主要成员之一。国库为项目提供了重要支撑，并建立了1KP千种植物数据库，方便国内科研人员获取和利用项目产出的数据资源。自上线以来，1KP数据库访问量已超过7万次，完成逾1.8万次BLAST任务。除了查询、下载和BLAST之外，如果你在1KP数据库中发现了感兴趣的样本资源，还可以申请使用、寻求合作，将它用于自己的项目。
02 | B10K：万种鸟基因组数据库 |
地球上存活着约10,500种鸟类，它们不仅为人类的饮食和经济做出了重大贡献，还是生命科学发展史上的一大功臣——1835年，加拉帕戈斯群岛上的莺雀多样性启发了26岁的达尔文，在他脑海中埋下了进化论的种子。从那时起，鸟类研究便不断为生命科学带来开创性的发现。
2015年6月，由华大集团、哥本哈根大学、杜克大学等主导的国际鸟类基因组联盟正式启动万种鸟类基因组（B10K）项目，来自20多个国家的研究人员参与，计划在2020年之前对所有现存鸟类中具有代表性的鸟类基因组进行测序分析，从基因组水平构建鸟类物种的生命之树，解读遗传变异与表型变异之间的联系，评估各种生态因素和人类影响对物种进化的影响，揭示其种群进化历史。
CNGBdb B10K数据库
CNGBdb的B10K万种鸟基因组数据库在此基础上组建而成，供用户查询和下载项目相关数据，使用参考数据集进行BLAST比对分析。
03 | Fish T1K千种鱼转录组数据库 |
鱼类肉质鲜美、营养丰富，是人类重要的动物蛋白质来源。作为进化地位古老且物种多样性丰富的脊椎动物类群，其物种数量占所有脊椎动物的一半以上。
2018年5月14日，迄今最可靠的鱼类系统演化树在《美国科学院院刊》（PNAS）上发表，解决了许多饱受争议的鱼类分类单元进化问题。这正是“千种鱼类转录组计划”（Fish T1K）的重要成果之一。2013年，Fish T1K项目由国库和深圳华大生命科学研究院参与联合发起，计划对约1,000种鱼类的转录组进行测序和组装，吸引了美国乔治华盛顿大学、史密森尼博物院、新加坡科技研究局等多家科研机构的共同参与。
CNGBdb Fish T1K数据库
在CNGBdb的Fish T1K千种鱼转录组数据库，可以查看项目进展，获取转录组数据和样本信息，进行BLAST比对分析。此外，它还分享了鱼类转录组样本制备的方法和标准。库中的数据将随着项目的持续推进不断充实。
04 | MilletDB谷子数据库 |
粟（Setaria italica），北方统称“谷子”，去皮后称“小米”。中国是世界上种植谷子最大的起源中心，古代曾将谷子南传印度、巴基斯坦，西传俄国、奥地利，乃至整个欧洲，东传朝鲜、日本，乃至全世界。它是“五谷”之首，是中华民族的哺育作物之一。
2012年5月，由深圳华大生命科学研究院、张家口市农业科学院等单位合作完成的谷子基因组研究成果，发表于《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)，成功构建了谷子全基因组序列图谱。
CNGBdb MilletDB数据库
CNGBdb将已有研究成果进行整合，筹建了MilletDB谷子数据库，将谷子的表型和基因型贯穿起来，实现两者的交叉查询。同时，数据库利用逾2000份谷子材料、约40种谷子的表型信息，通过机器学习的方法，针对基因型和表型数据建立模型，最终实现从品种的基因型来预测表型，助力智能分子育种。
05 | MDB：微生物组数据库 |
与前几个基于单个重大项目建成的数据库不同，MDB微生物组数据库是多个项目数据的融合体。CNGBdb对递交到CNSA（国家基因库核酸序列归档系统）并对外公开的大量微生物数据进行了审编，进而构建了MDB。它汇集微生物生态群落样本的测序资源和元数据，既有与宿主共生微生物，也包括环境微生物。
CNGBdb MDB数据库：样本类型及数量
在这里，可以查询基因、样本和项目信息、下载不同物种肠道微生物的数据，进行BLAST比对分析，相关微生物分类信息也进行了展示，同时还提供宿主相关微生物组的基因目录。如果你正从事相关研究，希望这些资源能助你一臂之力，也欢迎你在CNSA上共享自己的数据，与业内同仁互助共赢。
想试试能不能从这五大数据库中挖到宝？请果断扫描上文各数据库“名片”中的二维码，或者戳底部“阅读原文”，即刻体验。下一期，小编还将为你推荐CNGBdb在其他研究领域的更多专有数据库。
如果使用过程中遇到问题，或者有任何意见、建议，请留言告诉小编，或者通过以下方式联系我们：
📧 CNGBdb@cngb.org
☎ 0755-33945586
汇集海量生命科学数据资源的国家基因库生命大数据平台（CNGBdb），期待以大数据的力量，通过助力相关科研，为生物多样性保护贡献一份力量。希望知识的累积和科技的进步帮助我们找到科学有效、可持续的方法，实现人与自然的和谐共处，让其他物种和人类一起，继续多姿多彩、生生不息。
参考资料：
联合国《生物多样性公约》-2019年国际生物多样性日
https://www.cbd.int/idb/2019/
联合国粮食及农业组织-生物多样性
http://www.fao.org/biodiversity
Hughes LC, Orti G, Huang Y, et al. Comprehensive phylogeny of ray-finned fishes (Actinopterygii) based on transcriptomic and genomic data. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2018, https://doi.org/10.1073/pnas.1719358115.
Zhang, G., et al. Genome sequence of foxtail millet (Setaria italica) provides insights into grass evolution and biofuel potential." Nature Biotechnology30.6(2012), https://www.nature.com/articles/nbt.2195.
本文转载自公众号“深圳国家基因库”。
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