双链DNBSEQ黑科技，帮您还原最真实的全基因组甲基化

Original 孙宇欣华大科技BGITech 2022-04-17

DNA甲基化是重要的表观遗传学标记信息，获得全基因组范围内所有C位点的甲基化水平数据，对于表观遗传学的时空特异性研究具有重要意义。如何更快、更高效地获取全基因组水平上准确的甲基化信息，也一直是表观科研用户的持续关注点。

针对这些需求，华大自主研发了双链DNBSEQ^TM，以多快好省的方式获取全基因组水平的甲基化信息。

GC偏向性小，基因组覆盖度均一性高，还原最真实的甲基化水平

甲基化多发生在基因组上高CG富集区域（例如CpG岛等），如果文库有明显的GC偏向性（文库建库片段多为高CG区域），会导致测序结果的甲基化率非常不准确/偏高。而华大双链环化的方式，可以降低桥式PCR指数型扩增的错误累计以及单链扩增结构不稳定造成的GC偏向，特别是在高GC富集区，帮助我们提高测序数据覆盖均一性，还原最真实的全基因组甲基化水平。

图1 华大BGISEQ平台文库GC偏向明显小于其他公司测序平台，特别是在高GC富集区，甲基化率更真实

图2 华大BGISEQ平台文库gDNA正负链比例更接近1，整体基因组覆盖均一性更好

图3 华大BGISEQ平台数据可靠，测序有效深度高，基因组覆盖度更平均

测序质量更高，基因组比对率显著提升5%

华大双链环化DNB测序技术使用的是非桥式PCR扩增测序方式（桥式PCR：指数型扩增，PCR错误容易被累计），提高DNA的保真性，测序质量更高，基因组比对率显著提升。

图4 华大BGISEQ平台基因组比对率显著提升约5%，测序质量更好，有效测序数据量更多

有效数据多，duplicates降低超过10%

华大自主研发BGISEQ平台duplicates（测序得到了两对或两对以上的pair end reads同时比对到参考序列上相同的起始和结束位置）比率低，和常规方法相比，显著降低超过10个百分点，同样的测序量，多10%的有效数据。

图5 华大BGISEQ平台Dup rate显著降低超10%，更高效的数据使用率

黑科技带给我们的不仅仅是技术上的优化和领先，同样带来了成本上的降低：

Duplicate 比例低10%，基因组比对率高5%，同样的测序数据量，多15%的高质量可利用数据。等于整体成本降低15%，测的越多，省的越多。

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