听说了吗，只整理已有数据就能发文章，超简单！

足不出户的日子，大家是不是担心自己的实验进度、为文章发愁呢？不如转变下思路，好好整理手头上已有的数据，搭建数据库平台，不仅方便日后对数据进行管理、促进交流，说不定还可以顺便发文章呢！

2019年6月，由华中农业大学与华大基因合作搭建的玉米定制化多组学数据库——ZEAMAP（www.zeamap.com）正式上线。上线以来，ZEAMAP作为公开的数据平台，不仅为其他玉米研究者提供信息，同时也方便数据拥有者对数据进行管理。最重要的是，文章也发表啦！2020年1月，文章ZEAMAP, a comprehensive database adapted to the maize multi-omics era于bioRXiv上发布预印本。还不了解ZEAMAP的小伙伴们，特别是对玉米研究及定制化数据库搭建感兴趣的话，可以跟着科技君来一探究竟。

ZEAMAP整合了四种玉米自交系（SK、Mo17、B73、HuangZaoSi）及玉米的祖先大刍草的多组学数据，包含基因组组装、比较基因组、转录组、染色质开放性、染色质互作、变异、表型、代谢组学、遗传图谱、群体结构及进化等众多数据，并将它们有条理地划分为基因组学、变异、遗传学、群体、进化及表观遗传学六大模块。

基因组学模块

包含了基因组组装、基因表达模式以及比较基因组信息。

主要功能：

①通过JBrowse及WashU Epigenome Browser两个基因组浏览器实现基因组组装、基因表达、比较基因组信息的可视化（图1-A、图1-B）。

②布局Tripal synteny浏览器模块，以Circos图展示基因共线性分析结果（图1-B）。

③可显示基因在不同组织或样品的表达量情况，并根据基因的表达模式进行聚类（图1-C）。

图1 基因组学模块主要功能展示

（A：JBrowse展示相关信息；B: WashU Epigenome Browser展示相关信息 C：Circos图展现基因共线性分析结果；D：基因表达量及聚类结果展示）

变异模块

包含SV、InDel、SV及单倍体型信息。

主要功能：根据不同的染色体区域、变异类型、变异影响等进行SNP、InDel、SV等变异的分类检索（图2）。

图2 变异分类检索功能

遗传学模块

包含表型、基因表达模式信息，并通过GWAS及连锁分析得到相关基因座的信息。

主要功能：

①可交互的曼哈顿图、散点图结合，将GWAS分析结果可视化，并能链接到JBrowse查询感兴趣位点的相关信息（图3-A）。

②eQTL结果可视化，通过条件筛选，展示两eQTL位点之间的连锁关系的热图（图3-B）。

③连锁群包含的标记及QTL的展示（图3-C）。

图3 遗传学模块主要功能

（A：可交互的曼哈顿图及散点图展示GWAS结果；B：eQTL结果可视化；C：连锁群及其上标记展示）

群体模块

包含群体结构信息。

主要功能：可交互的PCA及STRUCTURE图展示群体结构分析结果。

图4 PCA（A）及STRUCTURE图（B）

进化模块

包含驯化选择信号的信息。

主要功能：展示驯化相关选择信号的强弱，并能链接到JBrowse查询感兴趣位点的相关信息。

图5 选择分析结果可视化展示

表观遗传学模块

包含染色质互作、染色质开放性、组蛋白修饰及DNA甲基化结果。

主要功能：通过WashU Epigenome Browser展示染色质互作、染色质开放性、组蛋白修饰及DNA甲基化等表观遗传学相关信息。

图6 染色质互作、染色质开放性及组蛋白修饰结果可视化

除了以上六个模块外，ZEAMAP还添加了许多扩展工具，如全站搜索引擎、BLAST、crispr浏览器、FTP数据下载器等，方便使用者对数据进行扩展挖掘。

多组学定制化数据库产品以您提供的研究数据为依托，根据您的需求，实现数据库的开发搭建。

数据库平台搭建 好处多多

①对数据进行系统性梳理，有助于您保存、管理、理解数据；

②利用数据库提供的扩展功能对多组学数据进行轻量级的联合挖掘，提高数据利用率；

③数据库作为公共平台，促进与其他研究者的交流分享；

④可作为独立成果发表文章。

偷偷告诉您，数据库搭建作为独立成果发表文章的不在少数哟！

表1 数据库发表文章（不完全统计）

定制化多组学数据库可根据您的需求搭建，逻辑形式不限，数据类型多样，扩展工具丰富。您只需要整理一下数据，其余的平台搭建工作交给我们，轻松实现数据到文章的转变。不要犹豫，现在马上把需求砸过来吧！

撰稿：肖正瑜

编辑：市场部

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