Dr. Tom新成员——甲基化云分析上线!硬核多组学分析,1周快交付!
Editor's Note
首推WGBS,上新享优惠!
The following article is from 华大科技服务 Author 孙宇欣 李婕
华大基因Dr. Tom多组学数据挖掘系统自2019年上线后收获诸多好评,使用客户覆盖全球20多个国家和地区。目前,编码mRNA、非编码lncRNA & Small RNA及蛋白定量产品都可以在Dr. Tom系统上实现全面深度的多组学关联数据挖掘和分析。
本月,表观组学的一员大将——全基因组甲基化(WGBS)也加入了Dr. Tom系统的大家庭!现在一起来看看如何利用Dr. Tom轻松实现甲基化测序数据深度分析,硬核功能一睹为快!更搭配促销活动,详见文末~
01
统计数据展示及调用更清晰便捷
系统搭配了图表交互的基础数据展示模块,甲基化测序的多项基础信息统计都可以在系统中获取和查看,轻松点击图块区域即可对应相关信息。同时针对基础图表还可以自定义编辑和下载到本地,适配个性化分析的多种需求。
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02
DMR区域的全方位注释及深入比较分析
差异甲基化区域(DMR)的研究和注释信息是甲基化分析的重点,Dr. Tom系统在这一点上提供了非常多的可查看信息,包括DMR的鉴定/分布统计/基因组详细位点标识/胞嘧啶类型/所在元件类型及其位置前后基因/转录本的详细注释。对于DMR区域内的基因及转录本也可以在系统表格中进行扩展和关联转换,并提供包括KEGG/GO在内超过20个数据库的详细注释。
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03
真正的多组学分析—转录调控深度挖掘
甲基化水平和RNA转录水平之间的关联一直是甲基化-转录组多组学联合分析的重点,如何在RNA/DMR两个维度上轻松实现关系的对应转换也是非常重要的分析环节。
Dr. Tom系统中构建了完善的物种基因/转录本和基因组位置的详细数据库,在基因组上以200bp为滑动窗口构建小区域,并对每个区域所在位置进行功能注释和甲基化水平统计。无论是先从RNA的表达水平进行筛选还是先从DMR的水平进行筛选,系统都支持在表格中一键扩展关联组学的相关内容,并搭配18种个性化分析小工具,可以对由DMR区域引申出的相关基因做深度数据挖掘。
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04
自定义DMR上传分析
Dr. Tom除了支持转录组学的自定义上传分析(用户仅需要上传reads count或FPKM的表达量矩阵,系统可以根据需求自动完成后续分析),目前也支持用户上传自定义的DMR进行甲基化和RNA水平的关联分析。上传需要用户标明自定义DMR在基因组上的起始和终止位点,系统即可对此DMR进行相关功能注释。
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