答题挑战赛 | 一文知晓单细胞图谱研究方案（一）
【单细胞图谱研究方向答题挑战赛】正式开启！
知识王者，智在必行！
马上参与答题，即有机会赢取诸多好礼！
注意
今日答案都在本篇推文中，请先阅读，再扫码答题～
答题赢好礼，就趁现在！
随着生命科学技术和工具的发展，单细胞测序技术发展迅猛，进入高通量时代，可单次实现万位级别单细胞分选和细胞内基因测序，极大程度上让我们从“高清”视角发现和研究生命现象本质。追求生命体全部细胞的信息地图，全面解码细胞的数字化特征，解析组织中单个细胞相关核酸及蛋白信息，获得细胞间差异、细胞群体差异，就能绘制出生命体各器官组织细胞图谱，这无疑是我们的终极研究目标。
努力发paper的小张
单细胞图谱研究方案如何设计呢？
别着急，看完这篇你就有思路了！
科技君
我们一般可以从以下两种研究思路入手：①单细胞静态细胞类群组成和细胞异质性研究 ，②生命发育过程单细胞水平图谱绘制及关键影响因子的鉴定。结合华大自主高通量、低成本的单细胞工具，助力规模化单细胞图谱绘制。目前，利用此平台已完成多个物种或组织单细胞图谱绘制，今天科技君将单细胞图谱绘制应用研究思路之一——单细胞静态细胞类群组成和细胞异质性的DNBelab C系列研究案例进行详细解析。
物种全器官（组织）图谱研究
01
首个非人灵长类动物（猕猴）全身器官细胞图谱
发表期刊：Nature（影响因子69.504）
文章题目：Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis
2022年4月，由深圳华大生命科学研究院主导，多国科研团队合作的研究成果发表于Nature。基于华大自主单细胞DNBelab C系列平台和DNBSEQ™测序平台，研究人员对猕猴的45种组织约114万个细胞进行单细胞测序分析，获得了世界上首个非人灵长类动物全身器官细胞图谱。该图谱将被用于物种进化、人类疾病以及药物评价和筛选相关的研究，为生物医学的发展提供基础性的资源和工具，为疾病诊疗、靶向药物开发提供助力，为人类更好地探究生命的进化提供可能[1]。
02
首家猪多个组织和器官的单细胞转录组图谱
发表期刊：Nature Communications（影响因子17.694）
文章题目：Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level
2022年6月，深圳华大生命科学研究院罗永伦教授，联合丹麦奥胡斯大学林琳教授等多家国内外科研团队的合作成果发表于Nature Communications。该研究基于华大自主单细胞DNBelab C系列平台，首次构建家猪多个组织和器官的单细胞转录组图谱，绘制了20种猪组织/器官，获得133,492个细胞和89,034个细胞核转录组数据，鉴定确定了234个细胞簇，对应于58个主要的细胞类型，相对全面描绘家猪器官中细胞组成的异质性和相互作用，为深入了解人和猪之间的生物医学相似性和差异，并推动猪在生物医学研究中的应用，提供有效的数据支持[2]。
跨物种单细胞图谱绘制及比较
03
首个跨物种PBMC细胞图谱群体通讯和调控相关研究
发表期刊：Clinical and Translational Medicine（影响因子11.492）
文章题目：Molecular mechanisms governing circulating immune cell heterogeneity across different species revealed by single-cell sequencing
2022年1月，华大自主单细胞DNBelab C系列平台助力中山大学附属第三医院团队联合华大基因团队和华南农业大学团队完成猫、狗、兔、仓鼠、鹿、山羊、鸽子7个物种PBMC细胞图谱绘制工作，再整合公共的人类、虎、猴子、小鼠、斑马鱼5个物种的27,479个PBMC的单细胞转录组数据集，共77,957个细胞，12个物种的数据进行联合PBMC图谱分析。通过跨物种同源基因转换，整合多个物种的单细胞转录组数据，进而采用细胞通讯分析受配体相互作用等分析方法，研究不同类型细胞之间和不同物种之间的通讯保守性，挖掘在免疫反应中起关键作用的保守基因和受配体相互作用，并运用转录因子调控靶基因分析（TF-target）探讨不同物种中转录调控的保守性，发现免疫耐受和免疫细胞发育的新调节因子。
总结以上案例，单细胞图谱静态细胞类群组成和细胞异质性的研究，可以从单一物种细胞图谱绘制，以及多物种相同组织类型单细胞图谱绘制中多角度进行研究。文章撰写思路也可以推荐根据物种特有特征进行针对性的选取，如在不同品系间选取样本，或联合多物种在相同器官（组织）选取样本，进而比较细胞群的异质性比较。
努力发paper的小张
那么，一般样本应该如何选取和设计呢？
汇总已发表文献的成功经验，我们有以下推荐👇
科技君
华大科技在单细胞服务上积累了十余年经验。自单细胞高通量时代来临后，华大科技也勇争潮头，乘风破浪，目前已完成人、鼠、家禽类和水产类等累计50+物种、400+种组织类型、7,000+份样本的成功解离。
华大科技结合自主单细胞DNBelab C系列单细胞平台，提供一站式单细胞服务，从单细胞图谱方案设计，到样本取材选样及邮寄方式建议等，并可以提供组织解离以及流式细胞分选服务，结合DNBSEQ™高保真测序，采用多种分析思路，为细胞图谱研究及发文之路提供最优解决方案。
当开始考虑选择一种新单细胞分选工具和平台，都需要先了解下这个平台的性能表现，华大科技DNBelab C系列单细胞测序服务信息知多少？
Q1
DNBelab C4平台分离的单细胞会有细胞大小的限制吗？
答：有，建议小于40μm细胞大小。
Q2
DNBelab C4平台单细胞RNA-Seq可以进行可变剪切等结构变化分析吗？
答：结合短读长测序不能进行结构可变剪切分析，可结合长度长测序可以进行此类分析。
Q3
DNBelab C4平台产生的数据可以采用什么平台分析？
答：采用配套的DNBelab C软件分析，我们会提供软件及操作指导说明。
Q4
流式分选出来的细胞可以上这个平台吗？
答：可以继续上这个平台，且华大科技可以辅助在实验室完成流式分选操作。
Q5
DNBelab C系列平台能捕获在组织中占比较低或体积较小的细胞吗？
答：可以，经我们测试已知比例的细胞系（99:1），针对占比1%的细胞类型可以实现灵敏捕获。
Q6
DNBelab C系列单细胞分选优势有哪些？
答：丰富的实操和成功案例经验；高性价比，规模化单细胞图谱研究重要工具；能够提供配套的单细胞Dr. Tom交互式数据挖掘系统（https://biosys.bgi.com/），助力单细胞数据分析无限DIY。
知识王者，
每日一答！
活动内容
【单细胞图谱研究方向答题挑战赛】活动将持续3天（11月2日-4日），每日更新6道题目，根据3天累计积分及答题时间进行排名，活动奖品将于11月5日17:30在答题链接内公布！请持续关注~
活动参与方式
1. 微信扫描下方二维码;
2. 点击文末“阅读原文”，即可跳转至答题活动页面；
3. 关注“华大科技Tech”公众号，菜单栏回复“单细胞计划”，即可点击链接（步骤如下）。
注意
今日答案都在本篇推文中，请先阅读，再扫码答题～
欲知更多详情，
请联系华大科技当地销售代表↓↓↓
热线电话：400-706-6615
邮箱：info@genomics.cn
参考文献：
[1] Han, Lei, et al. "Cell transcriptomic atlas of the non-human primate Macaca fascicularis." Nature 604.7907 (2022): 723-731.
[2] Wang, Fei, et al. "Endothelial cell heterogeneity and microglia regulons revealed by a pig cell landscape at single-cell level." Nature communications 13.1 (2022): 1-18.
供稿：鹏程
编辑：市场部
了解更多产品服务及资讯，关注我们！
↓↓↓点击“阅读原文”答题赢好礼！