Dr. Tom助力自有数据分析，轻松实现数据挖掘

很多熟悉Dr. Tom的用户都知道，在华大购买了RNA项目的分析服务后，分析结果会通过Dr. Tom多组学数据挖掘系统进行交付。Dr. Tom可帮助用户进行数据的可视化及无限深度的数据挖掘，加快从数据到文章的速度，从推出以来受到了用户的广泛好评。

那如果没有在华大进行测序，

还能够使用Dr. Tom进行数据分析吗？

   答案是：可以！

Dr. Tom系统支持用户上传自有数据进行可视化，不需要通过专业的生信分析人员即可自行操作。目前，系统支持用户上传基因/转录本的表达量及相关属性进行RNA数据分析。

接下来，由科技君带大家一起探究如何上传表达量数据进行转录组数据分析：

01

登录系统后，首先需要创建一个新项目并确认物种信息

需要注意的是，在选择项目对应的物种参考版本时要谨慎选择。项目一旦创建，物种的参考版本就不能更改了。

02

进入项目后，点击“上传”

选择相应要上传的内容

一般我们在基因层面进行转录组数据的分析，当然，如果想进行转录本层面的分析，上传转录本的定量信息即可。

在准备文件时，文件格式、样本命名规则等有相关要求，这里列举一些要点：

1. 文件格式为“文本文件（制表符分隔）（*.txt）”

2. 单次上传文件需小于20M

3. 样本命名规则：支持英文字母、数字与下划线，不支持空格与其它特殊字符

详细的要求请用户务必提前查看系统上的文件说明。

如果表达量文件以Gene ID作为基因标识，则对应选择“NCBI Gene ID”或“Ensembl Gene ID”(依实际情况而定)。如果以Gene Symbol作为基因标识，则对应选择“Gene Symbol”。

系统支持上传Read count，FPKM, RPKM三种表达量，以及其他属性，例如基因/转录本在其他数据库中对应的注释等。

这里需要注意的是，如果仅需要使用表达量作图，例如表达量热图、表达量箱线图等，可以选择上传Read count、FPKM、RPKM。但如果要进行差异基因分析，则只有上传了Read count的情况下，系统才支持进行差异分析。

上传文件后，可以在页面上方的“历史记录”中查看文件是否上传成功。如果不需要进行差异分析，可以关闭上传页面，在项目里直接使用工具进行绘图。

03

如需进行差异分析，上传read count成功后，在系统中填写差异分析方案

填写完方案并提交后，系统会自动关闭该页面，自动运行差异分析及注释流程。分析完毕后，系统会通过站内信及邮件的方式进行提醒，用户进入项目后即可查看分析结果。

常见的报错及解决方案

 (1) 

报错信息：

本文件中含有与已上传文件重复的表头

报错原因：

样本名重复

解决方案：

检查上传的文件中样本命名。样本名称与项目中已有的样本名称不能重复

 (2) 

报错信息：

出现无效行

报错原因：

1. 文件中的Gene ID/Transcript ID/Gene symbol不存在于Dr. Tom数据库中。

2. 若上传的是表达量文件，文件中可能存在空值/NA/非数值型数据。

解决方案：

1. 核对参考基因组的选择是否有误；

检查ID/symbol是否存在于Dr. Tom系统中（进入项目主页查看Dr. Tom数据库中的ID和symbol）。

2. 若上传的是表达量文件，确保文件中不存在空值/NA/非数值型数据。

若购买了RNA项目分析服务并在Dr. Tom交付，用户会额外获得3个项目的创建权限用于上传自有数据进行分析（一年有效）。如需获取Dr. Tom系统上传数据及数据分析权限，可联系当地销售咨询。

零基础做生信，轻松get数据挖掘

Dr. Tom系统将高通量测序数据挖掘推向一个全新的高度。基于强大的背源数据库及“图表交互”的设计逻辑，Dr. Tom帮助您快速实现数据可视化及数据挖掘。不再局限于BGI数据，让Dr. Tom系统成为您数据挖掘的首选，开启您的数据探索之旅吧！感兴趣的老师可以在https://biosys.bgi.com注册账号，使用系统中的Demo数据玩转Dr. Tom！

明年Dr. Tom又会带来什么新功能呢？让我们拭目以待！

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撰稿：鱼

编辑：市场部

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