重磅！华大基因全面升级耳聋疾病基因诊断临床解决方案
前言
耳聋疾病的分子遗传学在过去的二十年间快速发展。自1997年第一个非综合征耳聋基因GJB2被发现，到目前已有超过130个基因和近8,000种遗传变异被发现与非综合征耳聋有关，此外还有近150种综合征耳聋被发现具有相关的耳聋致病基因[1-2]。有学者预估250~300个基因参与了听力系统的功能[3]，每年都有新的耳聋基因被发现及临床证实。
随着分子生物学技术和高通量测序技术的发展，耳聋患者病因的检测方法也越来越多元化。为了进一步助力防控耳聋出生缺陷，华大基因全新升级耳聆可®耳聋疾病基因诊断产品，检测基因增至218个基因，在检测基因数提升72%的基础上检测周期再提速，全面覆盖OMIM数据库以耳聋疾病为主要表型的相关基因，发挥华大数据库优势并使用ACMG耳聋解读规则合理指导位点致病性判读，更提供两位亲属免费家系验证的增值服务，为临床耳聋疾病基因诊断提供更加高效的一站式解决方案。
华大基因在原有127基因检测Panel基础上，全面分析OMIM数据库收录的以耳聋疾病为主要表型基因，将检测基因数免费提升至218个基因，检测基因数提升72%，同时检测周期由35个工作日减少至20个工作日，高效全面助力临床常见耳聋疾病基因诊断。
图1：覆盖疾病种类概述
除常见耳聋明确致病基因外，新升级产品同时收录了近年陆续被报道的多个耳聋新基因，包括2019年以来先后报道的PLS1基因 (DFNA76)、GRAP基因 (DFNB114)、CLDN9基因 (DFNB116)、ABCC1基因 (DFNA77)等[4-7]。相比传统基因功能研究科学发现到临床检测应用的普遍滞后性，华大基因升级版耳聋检测产品将实现动态更新，将前沿耳聋诊断的最新研究成果纳入耳聋疾病基因诊断检测范围，进一步助力临床提高诊断效率。
图2：近年多个基因被临床研究证实与耳聋疾病相关
为了更好地支撑耳聋疾病基因检测产品，华大基因整合OMIM、Clinvar、DECIPHER、ClinGen等20多个国际权威综合性公共数据库，内含基因-疾病知识库，中国正常人群频率库，致病变异数据库和病例库等，建立了中国聋病人群突变频率库及大样本积累的耳聋基因特殊位点数据库，同时引入ClinGen耳聋专家组的ACMG解读规则，为升级后的耳聋疾病数据解读提供详实丰富的数据注释，实现致病性精准判别。
图3：ClinGen耳聋专家组的ACMG解读规则
随着遗传病研究的发展，每年有越来越多新的致病基因被发现。以OMIM数据库为例，近5年来平均每个季度新增45个致病基因，增加新发现致病基因的排查可以提高耳聋患者检测诊断率。全新升级产品除高性价比实现对目前已发现主要耳聋基因的诊断外，对于现阶段尚未找到病因的耳聋患者，可提供2万余个基因全外显子测序数据进一步排查探索分析。
结 语
中国是听力残疾人数最多的国家，残疾人数达到2,780万，居各类残疾之首[8]。同时我国每年新生聋儿3万人，加上迟发性耳聋及药物性耳聋患者，每年有5~6万儿童在成长过程中发病[9]，遗传因素是导致听力障碍的主要原因，其比例高达60%[10]，美国医学遗传学与基因组学学会《听力缺陷临床评价及病因诊断指南》指出，对于各年龄段患有耳聋及听障的个体，基因检测是进行病因诊断并由此实施个体化康复的有效策略[11]。
本次华大基因耳聋基因检测Panel产品全新升级，解读基因覆盖耳聋疾病为主要表型的218个重点耳聋致病基因，引入新的解读规则和致病性动态评估机制，为临床提供了耳聋疾病基因诊断的全新解决方案，降低耳聋患者经济负担，助力临床加速疾病诊断效率，同时为辅助临床工作者进行耳聋表型疾病的鉴别诊断和综合征型耳聋疑难病症的诊断查因提供了更全面的检测信息。
群策群力，助力我国防聋控聋事业
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2011年
华大基因耳聆可®上市，通过对遗传性耳聋4个基因20个高发突变位点的检测帮助临床实现对先天性聋、大前庭水管综合征与药物性聋的早干预、早发现、早治疗
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2012-2013年
天津率先实施全市新生儿耳聋基因筛查，并在国际期刊上发表耳聋基因筛查成果
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2014年1月
“中国百万新生儿听力及基因联合筛查项目”和“中国聋病基因组计划“正式启动
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2016年1月
华大基因将保险纳入遗传性耳聋基因检测服务，构建”筛诊治”闭环
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2016年3月
华大基因联合全国数百家医疗机构，开启“基因检测，爱耳防聋”的系列公益活动的序幕
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2017年1月
华大基因在全球通过高通量测序技术进行耳聋基因检测突破一百万例
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2017年12月
华大基因升级耳聆可®遗传性耳聋22基因159位点检测服务，同年该项目被列入澜湄合作第二批国家级项目
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2018年10月
华大基因在全球大规模使用高通量测序技术累计完成耳聋基因检测200万例
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2019年3月
全国28个省市县区政府发布红头文件开展耳聋基因筛查，河北省、深圳市等多地的耳聋防控联盟陆续成立
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2019年7月
华大基因再次升级耳聆可®产品，推出遗传性耳聋24个基因208个位点检测服务，打造适合中国人群的耳聋基因筛查检测产品
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2020年
截止2020年底，华大基因已为超过400万名新生儿和成人提供了遗传性耳聋基因检测服务，发现数千名先天性耳聋及迟发性耳聋受累者，为这些聋儿和迟发性耳聋受累者提供了早发现早治疗的机会，为精准防聋控聋提供解决方案。
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参考文献：
[1] Shearer A E, Shen J, Amr S, et al. A proposal for comprehensive newborn hearing screening to improve identification of deaf and hard-of-hearing children[J]. Genetics in Medicine, 2019, 21(11): 2614-2630.
[2] Shen J, Morton C C. Next-generation newborn hearing screening[M]//Genetics of Deafness. Karger Publishers, 2016, 20: 30-39.
[3] 王秋菊, 韩东一, 郭玉芬,等. 遗传性耳聋资源收集保存及基因定位克隆[J]. 中国耳鼻咽喉头颈外科, 2006, 13(10):661-665.
[4] Schrauwen I, Melegh B I, Chakchouk I, et al. Hearing impairment locus heterogeneity and identification of PLS1 as a new autosomal dominant gene in Hungarian Roma[J]. European Journal of Human Genetics, 2019, 27(6): 869-878.
[5] Li C, Bademci G, Subasioglu A, et al. Dysfunction of GRAP, encoding the GRB2-related adaptor protein, is linked to sensorineural hearing loss[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2019, 116(4): 1347-1352.
[6] Sineni C J, Yildirim-Baylan M, Guo S, et al. A truncating CLDN9 variant is associated with autosomal recessive nonsyndromic hearing loss[J]. Human genetics, 2019, 138(10): 1071-1075.
[7] Li M, Mei L, He C, et al. Extrusion pump ABCC1 was first linked with nonsyndromic hearing loss in humans by stepwise genetic analysis[J]. Genetics in Medicine, 2019, 21(12): 2744-2754.
[8] 第二次全国残疾人抽样调查领导小组. 2006年第二次全国残疾人抽样调查主要数据公报[J]. 中国康复理论与实践, 2006, 12(12):1013-1013.
[9] 秦怀金, 朱军. 中国出生缺陷防治报告[M]. 人民卫生出版社, 2013.
[10] 王秋菊, 赵亚丽, 兰兰,等. 新生儿聋病基因筛查实施方案与策略研究[J]. 中华耳鼻咽喉头颈外科杂志, 2007, 42(11):809-813
[11] Alford R L, Arnos K S, Fox M, et al. American College of Medical Genetics and Genomics guideline for the clinical evaluation and etiologic diagnosis of hearing loss[J]. Genetics in Medicine Official Journal of the American College of Medical Genetics, 2014, 16(4):347-55.
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华大基因耳聆可®遗传性耳聋基因检测Panel