1．加强水污染源治理
以县市为单位，对全州水污染源进行自上而下全面排查，层层落实领导和责任人，限期整改到位。
实施园区污水处理设施全覆盖工程，2016—2018年各类经开区、高新区、农业园区全部实现污水集中处理，工业集聚区基本建成污水集中处理设施，并安装自动在线监控装置。
关停淘汰、接入污水处理厂、迁入工业园区、实施深度治理等措施，治理工业废水直排企业和农村分散工业企业水污染。
逐步开展排污权交易和企业环境信用等级评价，落实差别化水价，推进流域生态补偿试点，建立水环境信息共享与公开制度。
2．推进工业污染源排放企业转型升级
取缔“十小”企业。全面排查装备水平低、环保设施差的小型工业企业。
今年对焦化、氮肥、煤化工、农产品加工、制革、造纸等重点行业进行专项治理，实施清洁化改造。2017年底前，依法全部取缔不符合国家产业政策的小型造纸、制革、印染、炼焦、炼油等严重污染水环境的生产项目。严格执行区域差别化环境准入政策，停止审批工业园区外新、改、扩建新增污染物的工业项目。
3．加快城镇生活污水处理设施建设与改造
2016年编制（完善）各县市、园区城镇供排水等基础设施改造和建设规划，启动昌吉市第三污水处理厂建设，实施阜康市污水处理厂提标改造等7个中心城区环境基础设施项目，城镇污水处理设施和新建城镇污水处理设施执行一级A排放标准。加强配套管网建设，新建污水处理设施的配套管网同步设计、同步建设、同步全面投运等。
4．全面推进河道治理
加快城镇防洪工程建设，重点城镇、重要工业园区防洪标准达到50年一遇，一般城镇达到20年一遇。加快中小河流治理和山洪沟的防洪工程建设，重点中小河流的防洪标准达到20年一遇，其它河流达到10年一遇标准。
2016年重点实施昌吉市头屯河西岸城区段防洪、昌吉市滨湖河上游三工滩排洪渠、阜康市白杨河吐乌大高速公路至东湖村河道防洪、奇台县水磨河城市防洪、木垒县东城镇河道治理等项目。
5．全面治理农业农村污水
一是实施农村污水处理统一规划、统一建设、统一管理，实施农村清洁工程。
今年在昌吉市推行农村生活污水治理示范工程，推动农村污水设施建设和运营专业化、市场化。启动实施10个畜禽养殖污染治理无害化示范项目。
2018年在全州其它县市逐步推行农村生活污水示范工程。二是加强农业面源污染治理，严格落实“减肥、减药、减水、减地”措施，积极开展农业清洁生产示范，抓好农田废旧地膜回收利用，探索农业可再生资源利用新途径。三是科学规划布局畜禽养殖业发展，合理划定禁养区、限养区。严禁在饮用水水源保护区、风景名胜区、自然保护区等环境敏感区建设规模化畜禽养殖场（小区）。鼓励规模化畜禽养殖场（小区）建设有机肥生产利用工程和沼气工程。
6．加强饮用水水源环境保护
加强饮用水水源地水质监测，严格落实水环境风险防控措施，提高防护能力。加强管网运行及维护管理，防止水质二次污染，建立城镇供水安全应急保障体系。
今年就要完成对30%城镇饮用水水源保护区进行现场核查，实施昌吉市努尔加饮水工程建设、奇台县城镇供水改扩建三期、奇台县农村供水中心水厂、阜康市二水厂扩建、呼图壁县城镇供水二期、玛纳斯县城镇供水管网改扩建、木垒县第三水厂饮水安全工程等项目。
7．加强地下水环境保护
2016年划定全州地下水禁采区、限采区和地面沉降控制区范围。
落实用水总量控制指标，2016年地下水用水总量控制在186797万M3，压减水量6521万M3；2017年地下用水总量控制在174078万M3，压减9781万立方；2018年地下水用水总量控制在156059万M3，压减水量13856万M3。
继续严格管理城镇和农村机井，实施地下水水源转换工程。加强石化生产存储销售企业和工业园区、矿山开采区、垃圾填埋场等区域防渗处理。
加强报废矿井、钻井、取水井清理，及时实施封井回填。开展地下水污染修复试点。
8．全面有效防范水环境风险
加强对沿河、沿湿地、沿水库工业企业和工业集聚区的环境及健康风险定期评估。
2016年建立全州水环境风险源名录，持续加强突发水污染事故的风险控制、应急准备、应急处置、事后恢复以及应急预案的编制、评估、发布、备案、演练，提高与环境风险程度、污染物种类相匹配的突发水环境事件应急处置能力。
9．强化水环境日常管理
充分发挥水资源动态监测网作用，对208个地下水水位监测点（自动化监测点150个，控制面积约1.15万KM2）、219个水质监测点（地下水179个、地表水40个）进行实时监测。
健全“三级联通、五级共享”的水资源监控管理信息平台，对89个规模以上用水户、74个河流断面进行实时监测。加强与自治区有关部门协调配合，对呼图壁河、头屯河、三屯河、白杨河、开垦河、木垒河等主要河系进行监控，提高水环境管理信息化、科学化水平。
加强污水处理厂出水水质监测，完善已运行污水处理厂在线监测系统，实现污水处理厂出水主要指标实时监测。
10．提高用水效率
根据水资源承载力优化经济社会发展布局，以水定产业、定项目、定规模，抓好工业节水，开展节水诊断、水平衡测试、用水效率评估，严格用水定额管理。新建、改建、扩建工业项目用水达到行业先进水平，节水设施与主体工程同时设计、同时施工、同时投运。根据水资源承载力优化经济社会发展布局，积极推广高效节水新技术，扩大高效节水农业覆盖面。