防流感养肉鸡，细菌会帮忙；防贫血，铁+益生元~ | 热心肠日报

今天是第470期日报。

Science：防流感，菌群代谢产物来帮忙！

Science[IF:37.205]

① 肠道菌群将食物中的黄酮类化合物代谢成脱氨基酪氨酸（DAT），后者增强I型干扰素（IFN）信号并减少肺部免疫病理，从而防止流感；② 在人体肠道中发现orbiscindens梭状芽胞杆菌产生DAT，将其移植到经抗生素处理后感染流感病毒的小鼠，能缓解症状；③ DAT通过引发I型IFN信号的放大回路，刺激一系列下游基因表达，并增强和调节巨噬细胞、抗原提呈细胞、T细胞等的功能；④ 肠道里由微生物产生的DAT，通过体内循环输往全身，在远端产生保护作用。

The microbial metabolite desaminotyrosine protects from influenza through type I interferon

2017-08-04  DOI: 10.1126/science.aam5336

Gut：铁强化有副作用，加上低聚半乳糖就好

Gut[IF:16.658]

① 含铁微量营养素粉（MNP）减少非洲婴儿的贫血，但12.5mg/天的高铁剂量或有副作用；② 改进配方并纳入155名6.5-9.5月大肯尼亚婴儿，随机分组：无铁MNP（1），含5mg高生物利用率铁（2），在2组外加7.5g低聚半乳糖（3）；③ 2和3组贫血降低约50%，2组中双歧杆菌和乳酸杆菌丰度降低，而梭菌丰度、病原体毒力和毒性基因（VTG）、血中肠脂肪酸结合蛋白、呼吸道感染率升高，3组VTG显著较低；④ 低聚半乳糖有效降低了铁强化对肠道菌群的副作用。

Prebiotic galacto-oligosaccharides mitigate the adverse effects of iron fortification on the gut microbiome: a randomised controlled study in Kenyan infants

2017-08-03  DOI: 10.1136/gutjnl-2017-314418

Gut：铁剂与低聚半乳糖联用，减少副作用！

Gut[IF:16.658]

① 介绍Zimmermann和同事关于“低聚半乳糖（GOS）降低铁强化对肠道菌群的副作用”的研究论文；② 提出未来还需要解答一些问题：如GOS是如何起效的、GOS是否有益于年纪大一些的孩子、铁和GOS的最低剂量是多少、是否适用于非洲以外地区的孩子、GOS有什么持续时间更长的影响以及其是否影响铁之外的营养素摄入等。③ 一个更应被广泛关注的问题是，类似于利用铁强化降低贫血这样的营养干预研究，是否总会带来肠道病原体、呼吸道感染增加等问题。

Improving iron supplements: cooking with GOS

2017-08-03  DOI: 10.1136/gutjnl-2017-314593

张和平+徐健：肉鸡吃益生菌，菌群给力长得快！

Microbiome[IF:8.496]

① 饲料中分别添加益生菌（植物乳杆菌LP-8）和抗生素，在出生到被宰杀的四个时间点，记录肉鸡表型并测定粪便菌群；② 益生菌降低饲料转化率（FCR），诱导最高水平的免疫响应并加速肠道菌群成熟，而抗生素明显阻碍甚至延缓菌群成熟；③ LP-8刺激乳杆菌属细菌生长并促进细菌关联网络的有益变化，抗生素则让菌群属水平间的相互作用更少更弱；④ “肠道菌群成熟指数”或可定量比较饲料添加剂对动物微生态学的影响，益生菌有替代抗生素的巨大潜力。

Feed-additive probiotics accelerate yet antibiotics delay intestinal microbiota maturation in broiler chicken

2017-08-03  DOI: 10.1186/s40168-017-0315-1

WJG：UC患者与健康伴侣存在“夫妻相”粪便菌群？

World Journal of Gastroenterology[IF:3.365]

① 收集8对溃疡性结肠炎（UC）患者及其健康伴侣的粪便样品；② 相比UC患者与其伴侣，患者之间的粪便菌群更为相似；③ UC患者拥有更低丰度的厚壁菌门细菌，尤其是Blautia、梭菌、粪球菌和罗氏菌属；④ UC患者及其健康伴侣中均检测到菌群失调，包括Akk菌属、拟杆菌属、大肠杆菌属、乳酸杆菌属、克雷伯菌属和紫单胞菌属；⑤ UC患者粪便样本中与脂质和核苷酸代谢相关的通路富集，参与膜运输及辅因子/维生素代谢的通路在健康伴侣中更丰富。

Partners of patients with ulcerative colitis exhibit a biologically relevant dysbiosis in fecal microbial metacommunities

2017-07-07  DOI: 10.3748/wjg.v23.i25.4624

Nutrients：女人的肠道菌群似乎影响心肺功能

Nutrients[IF:3.550]

① 参与者包括71名19-49岁的绝经前芬兰女性；② 相比最大吸氧量（VO2max）较高的女性，VO2max较低的女性拟杆菌属较少，直肠真杆菌-拟球梭菌（EreC）较高；③ VO2max与EreC负相关，但与其他细菌无相关性，与脂肪百分比、甘油三酯和瘦素负相关；④ EreC与脂肪百分比、膳食脂肪摄入量、甘油三酯和瘦素正相关，但与碳水化合物摄入量和HDL负相关；⑤ 调整脂肪百分比后，VO2max和EreC之间的关联消失，VO2max和EreC之间的关联似乎是由身体脂肪介导。

The Association between Cardiorespiratory Fitness and Gut Microbiota Composition in Premenopausal Women

2017-07-25  DOI: 10.3390/nu9080792

Bioinformatics：实现亚菌株水平的宏基因组分析新法

Bioinformatics[IF:7.307]

① 由于存在高度相似的基因组序列，物种水平以上（菌株水平）估计分类群丰度十分困难；② 开发DiTASiC（包括相似性校正的差异性分类群丰度估计）作为个体分类群量化和差异化评估的新方法；③ 引入广义线性模型以在菌株水平分辨各reads，并捕捉丰度估计的不确定性；④ 建立了新的统计框架，整合丰度变异并推测丰度分布；⑤ 由此获得了高度准确的丰度估计，达到亚菌株水平，实现了微小变化的准确检测，并且显著降低了假阳性。

Abundance estimation and differential testing on strain level in metagenomics data

2017-07-12  DOI: 10.1093/bioinformatics/btx237

Bioinformatics：大幅提高宏基因组分类速度的新算法！

Bioinformatics[IF:7.307]

① 目前宏基因组读取分类的多种算法对存储和/或计算要求很高；② MetaOthello为概率散列分类器，该算法采用l-Othello数据结构，利用k-mer特征有效地查询分类；③ MetaOthello较目前使用的Kraken和Clark算法快一个数量级，RAM的需要从70G减至27G；④ 与采用蛋白质测序分类工具Kaiju相比，MetaOthello快三倍，分类敏感性提高20-30%，准确性更高；⑤ 采用人类微生物组计划数据，MetaOthello方法的敏感性和特异性与Kraken和Clark算法相当。

A Novel Data Structure to Support Ultra-fast Taxonomic Classification of Metagenomic Sequences with k-mer Signatures

感谢本期日报的创作者：热心肠先生，女巫，小扣啊，花开

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