如何用matplotlib绘制图片

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在如今信息爆炸的时代，如何让大量的信息汇聚于一张小小的图表，让人一目了然地作出判断，轻松传达出复杂的观点将是数据工作者的首要命题。善其事，必先利其器。matplotlib就是一款python可视化的利器。matplotlib在手，画图我有。

基本介绍

那么我们来看一下matplotlib有哪些经典的图表吧？

1. 比较火的单细胞处理分析Scanpy 利用matplotlib将多个基因的小提琴图规则美观的合并在一起。

1. Deeptools 经典的heatmap和lineProfile可是由谷歌团队使用matplotlib 精心打造的哟～～

1. 三维基因组神器GenomeTrack，利用matploltlib完美的对多组学进行联合可视化比较。

除此之外，我们自己也可以用matplotlib打造一些集优雅与知性与一身的图表哦～～

如何入门

既然了解了matplotlib（https://matplotlib.org/gallery/index.html）能干啥，那么我们如何入手matplotlib呢？那么就需要从两大块一是基本图表  ，二是布局，画图就好比摆盘，图表就好比食材，而布局就好比你需要构思把食材摆放在哪里。

基本图形

首先谈谈基本图表，matplolib提供的基本图形如下。

要看matplotlib涵盖的所有基本图形的语法，这就需要你没事去matplotlib的官网里溜溜，看看它的仓库（https://matplotlib.org/gallery/index.html#gallery）都有啥。

matplotlib基本的图表元素包括 Figure，title，legend，ticks，labels（如下图）

那么，这些元素具体是怎么对应图表的呢？大家来看下面这个“栗子”～～

首先第一步，在你的python脚本中导入matplotlib包。

import matplotlib as mpl

mpl.use('Agg')

from matplotlib import pyplot as plt

plt.style.use('ggplot')

第二步，进行简单布局～～

fig=plt.figure()

ax=fig.add_axes([0.1,0.1,0.8,0.8],axisbg='w')

第三步，画一个基本图形～～

x = np.arange(-5, 5, 0.01)

y1 = -5xx + x + 10

y2 = 5xx + x

ax.plot(x, y1, x, y2, color='black’)

ax.fill_between(x, y1, y2, where=y2 >y1, facecolor='yellow', alpha=0.5)

ax.fill_between(x, y1, y2, where=y2 <=y1,facecolor='red', alpha=0.5)

ax.set_title('Fill Between')

如此一个简单的图表就产生了.......

第四步：保存图表（pdf和png格式）

fig.savefig(“xxx.pdf”)

fig.savefig(“xxx.png”)

基础函数和参数

知道了如何用matplotlib来生成一个简单的图表，我们来细看一下其他主要图表的基础函数和参数吧～～

散点图：

柱状图：

热图：

箱式图：

hlines：

基本布局

看了基本图表，我们看看matplotlib 的第二大块——基本布局：

其一，你可以通过add_axes来放置你的图表，通过left，bottom确定子图左下角的点在整个图的位置，以左下角的点向右（width）向下延伸（height）来确定图的大小。更详细的可以看一下这一篇文章https://blog.csdn.net/helunqu2017/article/details/78662877

其二：对于复杂布局而言，gridspec 简直好用的不能再好用了！

而且官网的说明简直不能再详细了！（https://matplotlib.org/tutorials/intermediate/gridspec.html#sphx-glr-tutorials-intermediate-gridspec-py）

总结

matplotlib的两大模块就简单介绍到这里，细节的话容我后续一一道来～～

作者：biofan

审稿：童蒙

编辑：amethyst