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使用barcode对高通量转录组进行药物筛选RNA-seq是一个用来调查药物在转录组上发生改变的有效的工具,然而单个文库的成本依然很高。使用DRUG-seq这个方法,对细胞加上相应的barcode后,再进行测序,可以显著的降低成本,最低低至1/100。DRUG-seq的方法稳定性好,可以区分出不同刺激下的实验组,同时利用这个技术也可以分析药物对转录组的扰动。目前其他筛选平台1L1000:使用的是Luminex平台,针对固定的1000个的gene,进行筛选。然而位点受限,对于以外的基因需要imputation,这样效果会差;2PLATE-seq:可以同时对96孔板进行检测,每个成本可以降低到15美金,然而需要RNA纯化步骤,使用特殊的oligodT。DRUG-seq怎么做?首先在培养板上进行细胞的培养,然后每个孔进行不同的实验。之后,对每个孔进行细胞裂解,针对每个孔,加入不同barcode的polydT作为cDNA一链的反转录引物,反应一轮后,混合到一起,进行二链合成,进行普通的建库测序分析,最后得到不同barcode下的基因表达结果。总体流程如下图。具体的实验流程示意图如下,在反转录组的时候,加上barcode,这样就可以对每个样品进行了标记。之后使用公用的模板链进行二链合成。最后进行扩增。性能展示人鼠混合样品的结果使用人鼠混合样品,比对结果如下图,单个孔的纯度可以在96%以上,表明该方法可以很好的将样品区分开。数据量与基因检测情况的比较对于表达量低的基因(0-1),还是普通的RNA-seq能检测到更多基因,但是对于表达量大于1的,都差不多。对不同的分子刺激后的转录组测序后,进行PCA聚类对433个分子进行大规模筛选,每个分子用不同的剂量,混合后,进行批量的测序,对结果进行tsne的聚类,结果如下。可以看到药物被聚到5类,同时根据不同的基因,可以在细胞周期上进行标识。表明这个方法还是很有效的。总结该方法可以大批量的低成本对批量处理的细胞进行转录组分析,每个成本低至1美元。参考文献Ye,