如何用R语言进行Pvalue显著性标记？

Original 生信阿拉丁生信阿拉丁 2022-05-16

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箱线图是统计学中较常见的图形之一。

这篇文章将讲述如何简单比较两组或多组的平均值，且添加显著性标记。

通常情况根据显著性p值的数值大小，分为四类：
（1）0.01≤p<0.05，*
（2）0.001≤p<0.01，**
（3）0.0001≤p<0.001，***
（4）p<0.0001, ****

接下来会讲述三种添加显著性标记的方法。

方法1-手动添加

1：创建数据，绘制箱线图。

library(ggplot2)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+geom_boxplot()

2：手动添加显著性标记。

library(ggplot2)
### 设置横线的四个点的位置
df2 <- data.frame(a = c(2,2,3,3), b = c(8,8.1,8.1,8))
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length))+
  geom_boxplot()+
  ### 按照设定的位置绘制线
  geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + 
  ### 添加显著性标记信息
  annotate("text", x = 2.5, y = 8.2, label = "***", size = 8)

该方法的缺点是：在手动添加显著性时，需要确认显著性的P值的大小。

方法2-使用ggsignif

1：下载并安装ggsignif包。

install.packages("ggsignif")

2：创建数据，绘制箱线图。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
  geom_boxplot()

3：利用ggsignif R包添加显著性标记。

library(ggplot2) 
library(ggsignif)
ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) +
geom_boxplot() +
### 添加两两比较的列的信息
geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")),
### P值<0.05，则显示
map_signif_level=TRUE)

方法3-使用ggpubr

1：下载并安装ggpubr包。

install.packages("ggpubr")

2：创建数据，绘制箱线图。

library(ggpubr)
### 添加两两比较的列表
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")

3：利用ggpubr R包添加显著性标记。

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("setosa", "versicolor"), c("setosa", "virginica"), c("versicolor", "virginica"))
ggboxplot(iris, x="Species", y="Sepal.Length",color = "Species",palette = "jco", add = "jitter")+
  ### 添加多组比较的统计学结果
  stat_compare_means(label.y = 9.5)+
  ### 添加每个两两比较的显著性标记位置信息
  stat_compare_means(comparisons=my_comparisons, label.y = c(7.6, 8.4, 8.0), label ="p.signif")