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udp -葡萄糖6-脱氢酶功能缺失突变可引起隐性发展性癫痫性脑病

生信阿拉丁 生信阿拉丁 2022-05-16


  • 精神癫痫性脑病是一种临床和遗传异质性的破坏性疾病,其特点是严重的癫痫发作伴有发育迟缓或退化。在一些病例中,已经确定了遗传病因。这些基因的种系突变导致不同的病理生理缺陷,包括离子通道功能障碍、突触损伤、转运体缺陷和代谢异常,如糖基化途径缺陷。然而,许多癫痫性脑病的遗传原因仍不清楚。

  • 糖基化的缺陷导致了100多例罕见的人类病例遗传疾病,大部分影响中枢和/或周围神经系统。患者通常表现为发育迟缓或智力残疾、癫痫发作、神经病变等多器官系统的代谢异常。添加正确的糖链(聚糖)蛋白和脂质显着影响它们的功能。UGDH编码催化转化的该酶。UDP-GlcA不仅需要通过葡萄糖醛酸化来解毒,但也是合成葡糖胺聚糖的专性前体。

  • 我们鉴定出来UGDH是一个常隐的人类发育性癫痫性脑病的致病基因。从25个家系的30个病人中,找到了UGDH的biallelic germline突变。然后用功能试验进行验证,证实了该基因突变的致病性。


致病位点的鉴定


  • 对先证家系进行外显子测序,该家系有三名患者,对其中两位进行外显子测序,没有发现已知的神经性疾病的基因。根据家系分析,推测为隐性遗传或者为复合杂合,于是发现了在UGDH上c.131C>T的突变,该突变影响保守结构域(使用phyloP 100-way来鉴定出得分为9.43)。人群频率很低(EVS6500、ExAC中的MAF为0.0017%),CADD的分数为33。过滤标准为:

    • (i) frequency in public databases (ExAC10 minor allele frequency (MAF) <0.1%)

    • (ii) present in <5 families within GENESIS ( ∼ 4,300 exomes)

    • (iii) conserved (PhyloP 100-way score >2 or PhastCons (100 vertebrate genomes) >0.75)

    • (iv)  CADD score >12

    • (v) sufficient quality scores (Genotype Quality >75)



  • 去GENESIS数据库、EuroEPINOMICS RES Consortium  、GeneMatcher寻找其他的病人。找到了24个家系的27个病人。均为biallelic mutation的病人。


突变功能的分析


  • UGDH有三个结构域,NAD-binding,UDP-binding,bridge region。所有突变情况如下:


  • 找到之前样品,做了WT分析。证明有表达的降低。


  • 还用了酶活性分析,以及其他的细胞实验来验证该基因的功能,包括斑马鱼的模型、荧光染色等,在此不在详细描述。


总结


文章找到了一个非常的典型的家系,然后利用隐性纯合模型,发现了一个罕见突变。之后,从积累的共享数据库中,找到了类似家系,进一步确认了该突变。



reference

  • Hengel, H., Bosso-Lefèvre, C., Grady, G. et al. Loss-of-function mutations in UDP-Glucose 6-Dehydrogenase cause recessive developmental epileptic encephalopathy. Nat Commun 11, 595 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-14360-7




作者:童蒙

编辑:amethyst




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