Lifemap：探索生命之树

点击蓝字获取更多精彩信息

我们站在一块厚实的层状岩石上，海边的地层全都向我们这个方向倾斜，距离越远，年代越久。我们知道，沿着海岸走就是沿着地质年代走，走回遥远的过去，探索更遥远的从前，见证以前的以前。留下来的完全可以为那些消逝的代言，讲述生命的演变，讲述气候周而复始的变化，讲述我们善变的世界里不为人知的诗篇。

——选自[英] 理查德·福提《生命简史》

物种进化是探索生物奥秘不得不谈的一个话题，长久以来一直致力于研究这一领域。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。

Lifemap（National Center of Biotechnology Information，http://lifemap-ncbi.univ-lyon1.fr）就是一款交互式物种进化树信息检索在线网站，它基于NCBI Taxonomy数据库来展示描述了约220万个物种之间的关系进化分类信息，并将其分为三个大类：真核生物、古细菌、细菌。

Lifemap物种分类树的每个节点都是可以点击缩放的，从而展示丰富的信息：
（1）物种名称以及相关的通用名称；
（2）物种分类（界kingdom, 纲class，科family, 种species）；
（3）可跳转到NCBI网站上的相应节点；
（4）可获得当前节点（进化树末端）到树根的整个进化谱系。

如何使用该网站获取信息呢？

下面以水稻为例进行展示：

（1）输入物种拉丁名，可找到该物种在生命进化树的位置

（2）点击黄色标记，会弹出该物种信息；点击NCBI可跳转至NCBI Taxonomy数据库；点击蓝色“View full ancestry”，可得到该物种的完整的进化路径。

（3）如需要查看若干物种间的进化关系，可继续填加物种，获得物种间的进化关系，并辅助判断构建的系统发育树是否合理，同时得到的newick格式的进化树，该格式便于在如iTOL、ggtree等软件中进行美化。

参考文献：

de Vienne DM (2016) Lifemap: Exploring the Entire Tree of Life. PLOS Biology 14(12):e2001624. https://doi.org/10.1371/journal.pbio.2001624

作者：snail

审稿：童蒙

编辑：amethyst

1

往期回顾