2023年9月7日,北京大学人民医院王俊院士与团队的陈克终教授在Cancer Cell上发表了文章Individualized tumor-informed circulating tumor DNA analysis for postoperative monitoring of non-small cell lung cancer,公布了首个早期肺癌头对头对比分子残留病灶(molecular residual disease,MRD)检测策略的前瞻性临床研究MEDAL(NCT03634826)的结果【1】。
MEDAL系列研究历时长达5年,本次公布的研究结果聚焦早中期可手术的非小细胞肺癌患者,对比了肿瘤未知(tumor-agnostic,不依赖肿瘤组织检测信息)的固定化panel、肿瘤先验(tumor-informed,基于肿瘤组织检测)的固定化panel、基于WES的个性化定制MRD Panel的三种MRD策略的检测性能。其中,固定化panel(LungPlasma Panel)在2021FDA MAQC协会领导和发布的SEQC2研究(考核二代基因测序技术的临床应用标准和质量管理措施)的血液检测能力测评的报告中显示出优异的灵敏度、特异性、准确性、可重复性和稳定性【2】。更为重要的是,研究创新性地解答了MRD临床应用转化中的常见问题,如MRD监测策略、非致病性突变的MRD检测价值、个性化的MRD检测在复发监测较传统影像学检测的领先时间等。同时,研究全球首次建立了landmark MRD状态联合TNM分期指导患者预后分层的TNMB分期方法,以及ctDNA定量变化率结合影像学可指导临床治疗决策等新的MRD应用策略。1. 基于WES的个性化定制MRD Panel在早期肺癌患者中的检测性能显著优于2种固定化panel分析验证结果表明,基于WES检测、包含50个定制化位点设计的个性化定制MRD Panel在20 ng DNA投入量、100,000×的原始测序深度的情况下,LOD可达到0.0036%,实现稳定检出十万分位LOD。术前血检测结果表明,个性化定制MRD Panel的敏感性显著高于两种固定化MRD检测。相较于其他两种方法学,个性化定制MRD Panell能多检出30例MRD阳性患者,且中位ctDNA fraction显著低于3种方法均检出阳性的患者。值得注意的是,这些患者96.9% 个性化定制MRD Panel检测到的突变未包含在固定panel中,进一步说明个体化定制MRD的必要性。同时,Landmark检测中个性化定制MRD panel显示出比另外两种固定panel更好的预测性能(HR:16.4 vs 4.26 vs 4.68)。2. 在TNM分期上正式明确了Blood在预后中的价值,国际首次建立TNMB分期,为未来其他实体瘤临床分期做出重要参考
个性化定制MRD panel在Landmark检测点出色的预后能力,研究提出了一个新的预后分层工具-TNMB分期,即在经典的临床TNM分期的基础上结合术后一个月MRD血检的分子检测结果,用于早期肺癌更加精准的预后分层。在MEDAL中,TNMB分期显示出比TNM分期更精准的预后分层,并通过其他公开队列进行了样本量的扩大验证,,肺癌TNMB分期有望为未来其他实体瘤更精准的分期做出重要参考。
图3:结合TNM分期和landmark 个性化定制panel MRD检测结果的TNMB分期(左)
3. 非致病基因与致病基因在MRD预后价值、辅助临床诊断上均具有重要意义
研究发现,追踪致病/非致病突变对于MRD检测均具有重要意义:接近一半的MRD阳性仅依靠非致病突变基因识别,并与致病突变识别的MRD阳性具有相似的预后预测效能。研究中的MEDAL-010案例显示,当出现模棱两可的影像学诊断时,患者在253天基于个性化定制MRD panel通过非致病基因判定的MRD阳性可以辅助临床判断疾病复发。4. 首次提出ctDNA定量变化率结合影像学,可更好的指导临床治疗决策
为了探索ctDNA定量能力的临床效用,研究在longitudinal分析中定义了相邻测试之间ctDNA定量变化率(dynamic changing rate,DCR),根据个性化定制MRD panel的检测结果,在MRD阳性受试者中,复发受试者的ctDNA DCR显著高于未复发受试者。这一现象并未在MRD阴性受试者中观察到。这提示我们,基于个体化定制MRD检测,当传统影像学无法判断时,ctDNA定量变化率或为预测患者预后带来新的参考维度。5. 个性化定制MRD panel2年动态监控的NPV高达95.5%,较影像学中位预警复发时间提前299天
在longitudinal监测策略分析时,如果在任何时间点上MRD呈阳性,研究定义患者为longitudinal MRD阳性。longitudinal监测结果发现:
个性化定制MRD panel监测MRD阳性与DFS显著相关,风险比为37.42(p < 0.001),敏感性为84.2%(16/19),阴性预测值为96.6%(84/87),均优于landmark MRD;
longitudinal监测中,个性化定制MRD panel再次显示出比两种固定panel更好的预测性能(HR:37.42 vs. 7.1 vs. 5.12);
个性化定制MRD panel监测到的MRD阳性中位超前时间较影像学中位预警复发时间提前299天,而tumor-informed固定化 panel监测复发患者的超前时间为95天,tumor-agnostic固定化 panel复发患者的超前时间为129天。这意味着,对比影像学,个体化定制MRD的PROPHETTM panel可带来中位近10个月的lead time;
个性化定制MRD panel在第180天、360天和720天,动态MRD监测的NPV高达99.4%、98.4%和95.5%。
- 即使是ctDNA non-shedder人群,个性化定制MRD panel也可预测其复发风险。Non-shedder受试者中,对比MRD阴性患者,MRD阳性患者的预后较差。
MEDAL作为一项为期5年的系列性临床研究,继前期在技术维度进行了全球首个甲基化MRD的突破之后【3】,本次又为临床带来了基于液体活检技术MRD检测策略的临床解决方案。从技术到临床全方位的液体活检组合拳解决方案,将切实助力肿瘤的临床精准诊治。
https://doi.org/10.1016/j.ccell.2023.08.010制版人:十一
1. Chen et al., Individualized tumor-informed circulating tumor DNA analysis for postoperative monitoring of non-small cell lung cancer, Cancer Cell (2023), https://doi.org/10.1016/j.ccell.2023.08.0102. Deveson, I.W., Gong, B., Lai, K. et al. Evaluating the analytical validity of circulating tumor DNA sequencing assays for precision oncology. Nat Biotechnol 39, 1115–1128 (2021). https://doi.org/10.1038/s41587-021-00857-z3. Chen, K., Kang, G., Zhang, Z. et al. Individualized dynamic methylation-based analysis of cell-free DNA in postoperative monitoring of lung cancer. BMC Med 21, 255 (2023). https://doi.org/10.1186/s12916-023-02954-z
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