几步就能扯上明星分子的蛋白互作连连看

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有的小盆友，还是没有想通，要怎么样才能把自己的基因扯上明星分子。

这种间接作用靠不靠谱啊？或者说这种相关性能说明有相互作用么？或者说，他们直接有没有直接相关性呢？

好吧，大家要知道的是，大多数的蛋白相互之间是有过验证的相互作用的（比如用双杂，coIP，FRET等等，要了解双杂的点这里 还有这里）。从这样角度来看，也就是说，蛋白A和蛋白B之间，多多少少会有间接关系……听上去很神奇是不？换种说法，就是所有的基因都像是人和人之间的联系一样，而根据“人际六层间隔理论”（不明白这个的），也就是说，蛋白间的相互作用关系，最多就隔了6个蛋白……

不信么？好吧，我们做一个这样的蛋白质互作分析。呃，这需要用到一个软件，名字叫做“Osprey”，是一个蛋白质相互作用网络可视化系统。是加拿大多伦多大学一个生物信息学研究组开发的，目的在于更好的研究蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks)和蛋白质复合物。软件本身和(BIND,GRID)数据库整合，涉及到蛋白质、核酸序列又和GenBank交叉链接。（这些都是我之间度娘来的，其实就是告诉你这玩意是一个分析蛋白互作的软件，但是要有JAVA才能用）。要下载就识别下面的二维码：

这玩意装起来挺复杂，为啥，是因为装好之后它就会停在一个界面不动，其实是已经安装完了。装好之后安装目录下面会有一个“Osprey.jar”的文件，直接点开就可以用了。

好吧，界面大概就是这样的。我们找点啥相关性呢？呃，我想了半天，想看看β-Actin和E-Cadherin之间的关系，想想内参和EMT关系应该也不大吧。于是我就愉快地来找关系了，首先找ACTB（也就是β-Actin，要是还不懂基因名，那就点这里）。

OK了，输入了，但是，输入E-Cadherin出了问题了。E-Cadherin的基因名是CDH1，但是输入了CDH1，却被告知木有这个基因。

次奥，不可能吧，这么明星的分子居然没有？但是基因名上有一个ORF的编号，是EG开头的。这不就是Gene ID么？那我们就输入E-Cadherin的ID看看。先到NCBI上找到E-Cadherin的ID是多少。

按照ID，输入“EG999”即可。

然后选定这俩蛋白，分别都加上他们的互作蛋白进去，就OK了。

一目了然了，其实β-Actin和E-Cadherin是有关联的。

而且这种关联仅仅间隔了一个蛋白而已。

啥？因为实验方法太多，都是通过不同的实验汇集来的，只相信双杂结果么？好的，我们就把其他的互作的实验全都砍掉，只留下酵母双杂获得的互作结果。

这样的话貌似没啥关系了……

但是我们继续深入挖掘，选定所有的这些分子，插入这些分子的已知互作蛋白，这样出现的分子量就成数量级增多了。

在这些分子中，我们理清楚所有的蛋白，结果可以看到，即使只有双杂结果明确有互作的分子，β-Actin和E-Cadherin之间也就只隔了5个蛋白而已。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：有的童鞋要问了，为啥我要把这些蛋白和明星分子（不知道啥是明星分子就点这里）给联系起来啊？擦，请好好看帖好么？（点这里点这里）其实做间接的分子机制的话，没有什么比找到一个和表型相关的明星分子来的更简单粗暴了。要不大家也试试看？好啦，今天就策到这里吧……