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偷懒的同学看好了,了解基因的捷径——gene card

2015-11-11 右哉 实验万事屋

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照理说,今天,作为万事屋NPC的我——骨头,应该认真考虑一下双十一应该如何剁手的事情。但这么下去可不行呢,该剁的手也剁了,该买的不该买的也买了,接下来就应该是要写基金做分母了。这可怎么办呢?


“划给你重点过了啊,你自己不好好看!”杀姐姐摆着一张臭脸,“写个基金的分子综述有你这么难么?随便搜一下就一大把信息在哪里。”


要不,师兄,你再给我讲讲呗……



我们先来看看,最简单的对于基因的研究的汇总,就只要上Gene Card就可以了。Gene Card上基本上已经覆盖了几大数据库对于基因的分析数据。具体有些啥呢?比如基因的名称,基因的概述,基因的调控信息,基因的蛋白信息等等。


爱偷懒的童鞋要看好了,使用Gene Card无疑是你们简单了解你要做的这个基因的捷径。好吧,基本上已经算是捷径了。首先点开Gene Card(http://www.genecards.org/)的界面:



你首先会看到这样的基因搜索界面:



要搜索基因的话,其实建议用最后这个“基因名,别名,识别符”这个选项,当然,其实Keywords也是可以的,进行搜索,道理很简单,因为说不定你根本就不知道你要搜的基因叫啥名字,比如beta-Actin,其实基因名是ACTB,Cyclin-D1的基因名其实是CCND1。好吧,这个就先不细究了,点这里就知道了。比如,我们搜索一个NF-kappaB基因作为例子。




和在NCBI的Gene上一样,除了基因名(Symbol)我们还会看到关于NF-kappa B的各种别名,但这些别名来自各个数据库,在别名的上标注释,就是这个别名所出自的数据库,当然,点击就可以进入到那个数据库的页面了。比如点了Entrez Gene的编号“4790”就能直接进入到NCBI的Entrez Gene界面:




你如果是为了些分子综述,那接下来关键的部分就是基因的概述部分,Gene Card把其他网站(Entrez Gene,GeneCards,UniProtKB/Swiss-Prot等等)上对于这个基因的概要信息放在一起,方便查看。按照这个上面汇总出来的内容,就能直接看到:



再然后就是基因组信息,比如,这个基因的转录调控,表观调控等等,当然关键是有很多相关的产品链接,好吧感觉就像是个高大上的软广告,但有的也很有用,比如转录因子结合位点分析,是通过ChIP的数据库来的:



依次下去,就是蛋白信息,比如蛋白结构,3D结构图,蛋白的翻译后修饰等等,当然,还是包括很多抗体的软广强行插入。





其他就是基因的蛋白结构域和蛋白功能相关的内容了,比如蛋白互作的网络:



基因相关的信号通路,等等:



还有基因表达情况:



亚细胞结构,等等:



好吧,其实Gene Card的内容还是非常多的,今天也就是让你大概了解一下咯。起码先过了写基金里的基因综述这一关。


…华丽丽的分割线…


李莫愁博士:其实还有很多基因相关的信息,可以供大家挖掘,比如Gene Card里,还包含了一些关于药物对于该基因的数据分析。还有各个转录本的信息等等,等有机会,我们再一条条来细说吧,今天就策到这里吧。


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