基因剪刀CRISPR–Cas9遭质疑,《自然》子刊编辑重点关注
海归学者发起的公益学术平台
分享信息，整合资源
交流学术，偶尔风月
今年5月30日，期刊《Nature Methods》刊登了题为“Unexpected mutations after CRISPR–Cas9 editing in vivo”的文章，指出CRISPR-Cas9技术会导致小鼠体内数百个非目标突变。显然，这对于享有“上帝之手”“基因剪刀”之称的基因编辑技术CRISPR的脱靶性问题提出了质疑。论文一经发表，便引起了生物界的广泛批评。人们认为该论文实验设计不科学、数据不充分。
6月14日，《Nature Methods》在线更新了“Editorial Note”，告诫读者该论文结论受到批评，编辑部会进一步跟进。
7月25日，期刊补充发布了“Editorial Expression of Concern”，提醒读者关于论文数据解读的问题。他们指出，论文将两只通过CRISPR-Cas9编辑的小鼠的全基因组序列中出现的单核苷酸变化，归咎于CRISPR编辑。很多研究组对这一解释无法认同。由于对照组小鼠和接受CRISPR/Cas9编辑的小鼠的背景基因多样性差异不明确，出现这种变化可能是源于正常的遗传多样性。
《Nature Methods》还表示，他们会同批评者以及论文作者保持联系，以进一步调查此事。并将及时告知读者。有趣的是，编辑部指出原论文作者并不同意期刊发表此条“Editorial Expression of Concern”的决定。
作者之一，来自美国爱荷华大学的Alexander Bassuk表示，他和同事在两周前就已通过邮件得知期刊将发布EOC的消息，“期刊并没有和我们讨论太多想法。”
不过，Bassuk介绍，他们正在准备回应两家基因编辑公司Editas和Intellia Therapeutics对此事提出的批评。EOC中对于小鼠全基因组序列中出现的单核苷酸变化提到的“alternative proposed interpretation”，正是来自于Editas Medicine的两位联合创始人：哈佛医学院的George Church，以及麻省总医院的Keith Joung。
据悉，自5月底论文发表后，引发了人们对CRISPR安全性的担忧，从而导致Editas和Intellia Therapeutics两家公司股价大跌。
George Church认为该研究存在菌株差异问题：
“If they haven’t ruled outthat [the genetic difference] is due to the strain differences, it’s probablydue to the strain differences, based on published strain characterizations.”
7月5日，来自哈佛大学和麻省总医院的7位学者联名在预印本网站bioRxiv发表文章，提出同样问题，认为那两只接受CRISPR-Cas9编辑的小鼠相比对照组小鼠基因更为密切相关，故所谓的“unexpected mutations”来自于共同的插入缺失和单核苷酸多态性，而非基因编辑所致。
不过，作者团队并不示弱，表示已经准备好了对这篇文章的正式回复，并将于几天内提交期刊：
“我们结合桑格测序，对已经公开的全基因组序列数据进行了深入研究。结果在我们原先报告的CRISPR/Cas9脱靶突变位点发现了很多等位基因（每个检查都多于2个），包括单核苷酸变化。这些等位基因变异无法被简单地解释为双亲遗传，所以这是个令人兴奋的消息。”
而一位Springer Nature发言人则拒绝确认期刊是否要求作者团队给批评意见予以回复，表示他们会对这些单独通信保密。
参考文献
https://www.nature.com/nmeth/journal/v14/n6/full/nmeth.4293.html#correction2
http://retractionwatch.com/2017/07/26/controversial-crispr-paper-earns-second-editorial-note/
学术发表的认知度调研
如果您是一位已经或将要在国际学术期刊上发表论文的学者，我们郑重地邀请您参与我们的作者调查。这将帮助西方出版行业了解中国学者的在出版过程中遇到的问题和诉求。请点击“阅读原文”，进入调查问卷。
活动结束后，为感谢您的支持，我们将抽取幸运参与者予以奖励。奖品包括第74届雨果奖得主郝景芳的签名小说！
媒体转载或者合作请看下方↓↓↓
service@scholarset.com 或微信ID: scholarset
回复“目录”或“分类”，浏览知社更多精华。长按二维码识别，可以关注/进入公众号进行回复。