Oxford Nanopore丨人转录组direct RNA测序数据首发

继基于Oxford Nanopore测序技术的人全基因组数据发布后，人转录组RNA直接测序数据也已于2017年11月30日在github上发布^[1]。此前已为大家分享过全基因组数据分析结果（Nanopore测序组装人类基因组初探），今天组学君为大家呈上Nanopore除了ultra-long reads之外另一个amazing的创新点--direct RNA测序应用于人转录组的研究。

材料：GM12878人细胞系RNA

方法：1. direct RNA 测序30 flowcells（建库测序方式见如下示意图）

2. 反转成cDNA测序12 flowcell

测序平台：Oxford Nanopore MinION

结论

01

direct RNA测序能够评估poly-A的长度

poly-A的长度属于可变聚腺苷酸化（APA）的一种，可能与mRNA的稳定性和3’UTR区参与基因表达调控机制相关^[2]，Nanopore direct RNA测序能够评估poly-A长度，为研究3’UTR区的重要生物学意义提供一种新方法。

通过在Nanopore direct RNA测序时添加已知参照物SIRV，并对其进行polyA长度分析，中值在20-30nt之间，与预期相符，说明使用Nanopore direct RNA测序评估polyA长度的方法有着很高的准确度。

02

direct RNA测序能完整重构isoform，为研究可变剪接、融合基因提供基础

发布数据的链接中^[1]，展示了利用Nanopore技术测序对人转录组中Dystonin gene和p53gene进行外显子连接和isoform重构。

03

direct RNA测序能直接检测RNA表观修饰

RNA的表观修饰研究的兴起，可能也就是近5年的事情，gold rush才刚刚开始^[3]。与以往其它技术不同，direct RNA测序能够直接将RNA表观修饰的信息以电流变化信号记录下来，通过相关算法来识别。发布数据的链接中^[1]，展示了在E. coli 16s rRNA中检测到m7G 和假尿苷修饰的证据。

研究人员期望通过direct RNA测序将RNA所有的表观修饰准确地检测出来，包括tRNA。

poly-A长度，APA位点，RNA碱基修饰等，到底有什么更深层次的生物学意义？我们一起来发掘！

这一切都才刚。刚。开始。

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注：本研究中还测评了direct RNA测序和反转成cDNA再测序两种方式的错误类型、read对转录本覆盖度、读长和一致性等各种指标的差异，后续未来组公众号会解读推送，敬请持续关注

参考文献和链接

[1]https://github.com/nanopore-wgs-consortium/NA12878/blob/master/RNA.md

[2]Subtelny, Alexander O., et al. "Poly (A)-tailprofiling reveals an embryonic switch in translational control." Nature508.7494 (2014): 66-71.

[3]Willyard, Cassandra."An epigenetics gold rush: new controls for gene expression." Nature542.7642 (2017): 406-408.

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