Nature主刊 | “交我算”助力化学化工学院/变革性分子前沿科学中心在DNA计算领域取得重要进展

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Congratulations！

上海交通大学化学化工学院/变革性分子前沿科学中心樊春海院士与王飞副教授近期发展了一种支持通用性数字计算的DNA可编程门阵列（DNA-based programmable gate array, DPGA），可通过分子指令编程的方式实现通用数字DNA计算，实现了无衰减大规模液相分子电路的构建。该成果近日发表于《自然》（Nature）杂志。

上海交通大学网络信息中心“交我算”平台为该项研究成果提供了计算服务支持。在优化双轨逻辑门（dual-rail logic gates）分子结构设计过程中，结合实验，研究团队使用交我算超算资源进行了多种结构方案的泄露反应分子动力学模拟，最终筛选出既能有效抑制泄露反应、同时又有最高计算速度的逻辑门分子结构，为DNA可编程门阵列（DPGA）的最终实现提供可靠的基本组成单元。

在此，“交我算”团队热烈祝贺樊春海院士与王飞副教授团队取得科研硕果，对能够为该成果的研究提供高性能计算服务而深感荣幸！

论文链接：

https://www.nature.com/articles/s41586-023-06484-9

研 究 概 述

Research Overview

1994年，图灵奖得主Adleman提出利用DNA的碱基互补配对原则来发展生物计算。自那以后，基于DNA分子间相互作用的液相DNA分子计算，已在高并行编码与执行算法方面展现出巨大的潜能。此前，研究者利用DNA分子反应网络，成功实现了细胞自动机、逻辑电路、决策机器、神经网络等多种功能。然而，现有的DNA计算体系仅能针对特定功能进行硬件定制。而在电子计算机领域，通用性集成电路（如FPGA）可通过软件编程的方式执行各种运算功能，而无需从头设计制造硬件，这为研发计算机器提供了高阶平台。因此，如何发展具有通用性的DNA运算元件的编程与集成已成为制约DNA计算领域发展的瓶颈。

针对这一挑战性问题，研究团队首先证明了利用单链DNA作为统一传输信号（DNA-UTS），可实现类似电子在电路中传输的功能。进而，开发了一种支持通用性数字计算的DPGA，并支持器件层次的多DPGA集成，实现了器件内的可编程性和器件间可集成性。如（图1），当电路的复杂度超出单个DPGA可执行规模时，DPGA可分解为多个子任务，并生成对应的分子指令；每一个子电路的分子指令通过逻辑地址调用并连接参与运算的DNA元件，实现DPGA的编程；子电路之间的信号传输则通过DNA折纸寄存器介导的多DPGA布线实现，从而实现器件级的多DPGA集成。

图1

利用DPGA的可编程性与高集成度，本研究突破了DNA分子计算在电路规模和电路深度的瓶颈，首次在实验上展示了高达30个逻辑元件、500条DNA链，包含30层DNA链取代反应的电路规模。这也代表了近20年来DNA计算领域的新突破（图2）。

进一步的研究发现DNA-UTS在跨越多个DPGA传输的过程中没有显著衰减，证明了DPGA的高度可扩展性。这预示着任何实际问题，理论上都可以在模数转换后，通过DNA-UTS接入DPGA电路。本研究中概念性展示了将DPGA作为为分子诊断中的信息处理核心，对疾病相关的分子靶标进行非线性分类。

图2

来源：上海交通大学化学化工学院

变革性分子前沿科学中心

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责任编辑：尹守婷