中国学者称“新冠病毒演化出更强版本”，国际同行强烈反对并要求撤稿
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编译 甄婷 魏潇
编辑 戚译引 魏潇
上周，北京大学陆剑团队和中国科学院上海巴斯德研究所崔杰团队合作发表在《国家科学评论》上的论文在引发公众关注的同时，遭遇了学术争议，并被部分学者要求撤稿。
这篇论文分析了 103 个新冠病毒的基因组，指出其遗传序列中 8782 位和 28144 位存在两个单核苷酸突变位点，可据此将新冠病毒分为 L 和 S 两个亚型。由于测序的基因组样本中有 70％ 属于较晚出现的 L 型，因此作者得出结论，新冠病毒已经演化出了更具攻击性且传播速度更快的类型。（详细：中国学者：新冠病毒已演化出2个亚型，传染力或有差异）
这项研究发表后，收到了不少来自学界的反对意见。爱丁堡大学的分子进化生物学家 Andrew Rambaut 对 Science 表示，“他们发现的其中一个病毒分支的壮大可能是一种偶然。”而四名来自格拉斯哥大学的研究者则直接在 www.virological.org 网站上发文表示“该论文结论没有根据”，并要求作者撤稿。
格拉斯哥大学的研究者们在质疑文章中指出，单个非同义突变不能作为评估病毒功能性意义的标准，也就不能被用来定义病毒的亚型。截至 3 月 2 日，在 Cov-GLUE 数据库中已经有 111 个非同义突变被识别出来。但是没有证据证明这 111 个突变对宿主感染或传播率等功能性指标产生有意义的影响。
他们还指出，多数病毒样本中存在某个特定突变，并不代表这些携带了突变的病毒一定具备更高的传播力。论文作者没有做进一步的假设验证和传播率估算就直接给出这样的结论，是不正确且不负责任的。而且，病毒爆发过程中，每个人传人过程都是一次随机事件，每个传染源的实际传播效果有高有低。这种小尺度的流行病学现象叠加在一起就会造成疫情中不同突变类型以不同的频率出现。此外，研究样本来自疫情爆发早期，决定 L 和 S 型的 8782 位和 28144 位突变可能是随机的遗传漂变。论文作者观察到样本基因组中 70% 的 L 型和 30% 的 S 型也可能是随机出现的结果。
此外，格拉斯哥大学的研究者还认为，论文得出的新冠病毒爆发期间产生了非同义突变的选择性抑制的结论也存在问题。由于这篇论文发表后得到了媒体的广泛关注，至少有 35 篇文章或报道提及了论文中的主要结论，格拉斯哥大学团队认为这会误导公众并造成恐慌情绪，直接表示“这篇论文应该撤稿”。
目前，论文通讯作者之一，北京大学生命科学学院研究员陆剑已经对此作出回应，他首先声明发表该论文的期刊《国家科学评论》会邀请专家，对这次学术上的争论进行评议，并且指出争议双方已经同意通过期刊进行全面交流。陆剑认为格拉斯哥大学的学者对论对研究存在误解，并对病毒突变与其功能意义、L 型与 S 型的分布差异以及突变演化计算等方面的质疑进行了简要回应，表示更具体的回应和完整讨论将通过《国家科学评论》进行。
争议不停
在这次疫情中，因对病毒突变的不同理解而产生的争议不是第一次出现。根据 Science 报道，德国病毒学家 Christian Drosten 也遇到过类似情况。此前他从一名在意大利感染新冠肺炎的患者体内分离出病毒并进行了测序，发现其基因组序列看起来与一个多月前在德国慕尼黑的一名患者体内分离出的病毒十分相似，两者都有三处在早前中国爆发的病毒序列中未见的突变。他意识到这一现象可能会让人认为意大利的疫情爆发是由慕尼黑的患者传来的。然而流行病学调查结果显示这个推论不成立——也有可能是来自中国的一个携带这三处突变的病毒株分别独立传播到意大利和德国。
Drosten 公开指出了这一研究可能会被误解，但是他的声音没能得到重视。几天后美国学者 Trevor Bedford 将上述数据发现作为证据，直接在推特上宣称德国慕尼黑的病毒传播没有得到遏制，导致意大利疫情爆发。他的推文被广泛传播，有媒体据此断言“慕尼黑的疫情很可能触发了整个欧洲的疫情爆发”，接着，网友都在要求德国道歉。直到后来，数位专家指出 Bedford 仅凭系统发生学就下结论的行为过于草率，Bedford 本人也承认了这项数据存在另一种结论的可能，并承认自己在社交媒体上发言应该更谨慎。
难下结论
不过，病毒测序结果分析带来的也不全是造成混乱的“乌龙球”。Bedford 就利用美国华盛顿州分离出的前两个毒株序列判断出这两个毒株之间高度关联，传播路径可能非常紧密，成功预测了疫情在该地区的爆发。
但是，利用现有新冠病毒基因组序列数据判断传播途径或病毒演化情况，依然是件难事。一部分原因是目前已掌握的基因组序列仅仅是全球 10 万多病例中的一小部分。尽管来自中国的病例占所有新冠确诊病例的 80％，但已发表的基因组序列只有三分之一来自中国，且绝大多数都是早期病例，对于后续病例的基因组序列少有报告。此前科学网曾有报道分析了这一现状的原因，指出这可能是 1 月 21 日复旦大学张永振教授团队公开发布病毒基因组序列后，遇到了其他科研团队抢先利用这些数据发表文章导致的“不良后果”。
此外，中国的样本大都来自于疫情爆发初期，大多数病毒的基因组序列仍然非常相似，因此很难下结论。巴塞尔大学（University of Basel）的计算生物学家 Richard Neher 表示，：“目前我们只掌握了少数突变，很难对病毒进行明确的归类。随着疫情的发展，我们期望看到更多基因的多样性和更多独立的谱系，这能使事情愈加明了。”
Drosten 认为，大多数基因组序列的变化并不会改变病毒的行为。证实病毒基因突变是否产生了实质影响，唯一方法是在细胞培养物或动物模型中进行研究，例如证明突变的病毒能够更容易进入细胞或传播。而且，如果病毒确实发生了重要的突变，影响也可能是双向的——它的危险性可能增加也可能减少。他的研究团队在 2018 年发表的一篇论文中发现，在 2002-2003 年严重急性呼吸综合征（SARS）爆发的初期，该病毒丢失了其基因组中的一个片段，即一个基因中的 29 个核苷酸。在实验室中重新编辑加入这些核苷酸，可使该病毒在多种细胞培养模型中具有更强的复制能力。
回到陆剑与同事们所面临的学术争议，或许只有在与同行们进行透明、深入的讨论后，我们才能看到一个更加清晰明确的判断和结果。
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主要参考来源：
http://virological.org/t/response-to-on-the-origin-and-continuing-evolution-of-sars-cov-2/418
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