血来源外泌体转录组信息数据库--exoRBase

外泌体之所以火，跟其可作为生物标志物的特性有很大关系。因此，各类转化医学研究的小伙伴们，肯定想看看有没有这样一样数据库，用来专门收录外泌体信息，特别是血来源的外泌体中的相关信息。exoRBase（http://www.exorbase.org/exoRBase/toIndex）就是这样一个专门将不同疾病血来源外泌体中的circRNA，lncRNA和mRNA进行整理的数据库。

该数据库包含92份RNA-seq数据，除了全血样本数据外，其他样本包括32例正常人，6例冠心病（CHD），12例结直肠癌（CRC），21例肝癌（HCC），14例胰腺癌（PAAD），2例乳腺癌（BC）的血来源外泌体数据。共包含了58,330条circRNA，15,501条lncRNA和18,333条mRNA信息。

例如，小编现在想看看HIPK3基因来源的circRNA有什么信息时，可在“search”项直接输入检索：

从搜索结果可以看到，共有9个HIPK3来源circRNA在不同的疾病血外泌体中检测到：

而这几个circRNA在不同样本中的测序表达结果，也能在上面以线图或热图的形式直观的看到：

上图可以明显看到，exo_circ_000027是一个在不同样本中丰度还是比较高的circRNA，应该是可以考虑做biomarker研究的。

具体每一个circRNA的信息， 可以点击进入查看：

有关这个circRNA的基本注释信息，在circBase中的ID，以及序列长度，检测细胞类型，是否有验证数据等都清清楚楚。

当然，如果想检索lncRNA，mRNA在不同疾病中，血来源外泌体中的表达情况也是一样。因此，该数据库对于从转录角度挖掘biomaker来说，应该是非常有用的。如果是生物信息学出生，想深度挖掘相关信息，这个数据库还是很open的，可以直接在“downloads”中下载:

外泌体，转录组，biomarker，现在有关的在线网站很多，而这个，绝对是值得收藏。

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