FFPE样本做空间转录组知多少?

01

visium spatial gene expression for FFPE有什么优势？

（1）使用已存档的生物库样本进行生物标记物挖掘；

（2）进行回顾性研究和纵向研究，以追踪特定时间内的生物学过程；

（3）通过结合免疫荧光技术，同时进行蛋白和基因表达可视化检测；

（4）与H＆E技术结合进行形态学分析，充分挖掘珍贵的组织样本中的信息；

（5）超过18,000个基因的RNA表达进行高分辨率的空间分析。

图 实验流程

02

FFPE样本做空间转录组的质控标准是什么？

首先，由于FFPE样本的RNA质量较差，所以RIN值无法用于RNA的质控。因此，FFPE样本的RNA质检标准以DV200>50%为最低要求。DV200是指，长度大于200nt 的RNA片段占总的RNA片段的比例。以下为常见样本的DV200值与RIN值的对应表:

其次，贴片实验，即FFPE切片可以很好的贴到芯片上。

以上两步质控通过后即可进行正式实验。

03

 如何实现FFPE样本的RNA检测？

10X genomics使用了双端DNA探针捕获靶向RNA序列的方法。试剂盒中包含有LHS(左端探针)和RHS（右端探针）。左端探针包含有read 2结构，右端探针包含有polyA结构。两端探针同时结合到mRNA上后，会进行两端探针的ligation（链接），ligation后两端探针会形成一条完整的DNA探针。该DNA链和RNA链形成杂合双链。之后该杂合链的RNA链会被RNase降解，只保留DNA探针链。由于DNA探针链包含有polyA结构，因此该探针可以被芯片上的带有oligodT的探针捕获。通过检测该DNA探针来反映其结合的RNA的表达量。

图 LHS和RHS探针与RNA杂交，并进行ligation

04

FFPE包埋有特殊要求麽？

10X genomics官方没有给出具体的包埋方法。由于不同的组织类型包埋方法有所不同。10X genomics建议客户根据自己样本类型的特点选择合适的包埋方法。

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