单细胞分析大神分享:稀有亚群差异新算法+实操演示(解决分母为0的单细胞差异分析难题)
单细胞分析大神分享
在现阶段的单细胞研究中,10分以上的单细胞文章大多会报道某个新发现的亚群,如肿瘤干细胞、内皮祖细胞、抗原特异性T细胞、tumor-enriched FCN1+ monocyte-like cells、SPP1+ tumor associated macrophage、tumor-enriched plasma B cells等,这些稀有细胞亚群尽管丰度较低,但在确定癌症发病机制、介导免疫反应方面发挥着重要作用。如来源于骨髓的内皮祖细胞已被证明是肿瘤血管生成的可靠生物标志物。干细胞具有替换受损细胞的能力,可以用于治疗帕金森氏症、糖尿病、心脏病等疾病。
然而在单细胞数据中,经常发现稀有亚群只在某个分组(如只在癌组织中)出现,癌旁组织中并未被诱导分化出来。就造成了在对癌与癌旁进行差异分析挖掘核心调控基因时,癌旁无数据,分母为0。因此,分析工作就转向了将这个亚群作为分子,用剩余亚群作为分母来挖掘差异表达的基因。是这种将剩余亚群作为对照来计算特征性表达的基因的方式,并不是严格的对照设计。因此,如何能用更加合理的算法,来挖掘这个稀有亚群的差异基因、核心转录因子、细胞因子?
除此以外,单细胞分析中,如何降低随机噪声干扰,动态建模挖掘细胞时序特征,尤其是目前火热的肿瘤精准免疫治疗,又有哪些新的算法?
伯豪生物特邀复旦大学金山医院生物信息平台负责人邹欣老师带来他在领域的研究进展。邹老师是做算法出身,已经在单细胞领域发表了多篇重量级论文,目前在与多家顶尖实验室开展单细胞项目合作。邹老师在讲座后,还精心准备了实操演示,让我们一起观摩单细胞分析大神是如何分析单细胞数据。还有伯豪生物单细胞产品线负责人张志鹏博士带来单细胞转录组测序中,游离RNA的去除方法。根据我们过往几千例单细胞样本处理总结的经验分享。本次研讨会聚焦单细胞的实验实操,给您带来不一样技术体验,欢迎老师们踊跃报名,加入探讨。扫码免费听课!
会议时间
2022年4月28日 (周四)下午15:00-16:30
报告内容
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