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Lily 2018-05-26


上上周,我们发起了一项对香菜的调查。这周,调查结果如约而至,我们用手头的数据,尽力为您还原出中国人香菜口味的真相。欢迎收看本期 “现实中没什么用 & 样本量太小 & 结果测不准” 的研究所调查结果,开启一段生物 geek 之旅。 


ps:为了便于大家阅读,文中涉及的部分专业名词有附上标注,可在文末索引名词的解释~




截止到 23 号,我们共收集到 3597 份有效基因数据。收到数据后的第一步,首先就对男女香菜喜好及嗅感的差异进行了统计及分析,结果见下图。 



从结果中可以直观地看出,喜欢香菜的人在男女中都超过了半数,不喜欢香菜的人无论在男性还是在女性中都是可怜的少数派,而女性中不喜欢香菜的比例高于男性(p-value=2.20e-07,卡方检验【注1】【注2】)(p 值是用来判定假设检验结果的参数,p 值越小,表明结果越显著)。性别因素对香菜喜好影响显著。




大多数喜欢香菜的用户(75%)都认为香菜很香,而大多数不喜欢香菜的用户(89%)都认为香菜有怪味,这表明,认为香菜有怪味和不喜欢香菜的性状强相关p-value=6.24e-190,卡方检验)。


由此可以推断,对香菜的喜爱程度很可能是由嗅觉相关基因决定的。




有俗语把香菜称为 “半辈子菜”,即前半生不爱吃香菜的人,到了后半生又会开始喜欢吃香菜。由于随着人年岁增长,对香菜的喜好可能发生变化,因此我们也探索了年龄与香菜喜好的关系。 


我们根据性别将用户分为男女两组,按年龄段分别对男女用户进行分组,对 15-68 岁间的男女用户香菜喜好度进行打分。 


年龄区间:把年龄在 15-68 岁之间的用户分为 25 组区间,组间距为 6 岁,重叠 3 岁。例:前三组区间为【15岁-20岁】、【17岁-22岁】、【19岁-24岁】 。气泡大小:表示这一年龄区间内的人数多少。香菜喜好度:设不喜欢香菜为 0 分,喜好香菜为 1 分,香菜喜好度是该组内,所有人对香菜喜好的分数综合除以组内总人数。)



对结果进行分析后发现,在年龄这个维度下,性别对香菜喜好度影响显著p-value=0.0002)。


另外,大家看散点气泡图可以发现,在男性和女性两组用户中,年龄与香菜喜好度之间都呈现出了明显的线性关系。分别计算男女两组中年龄与香菜喜好度的相关系数。其中男性组相关系数为 0.805, 女性组相关系数为 0.927。


因此,无论对于男性或是女性,年龄与香菜喜好度都是呈显著正相关的。换句话说,随着年龄增长,男性及女性中喜好香菜的人群比例越来越大。 


在我们的上期推文中,有假说认为,讨厌香菜的人可能是嗅觉过于敏感的人,对于他们来说,香菜的臭味可能是 “浓度过高的香味”。


有研究表明,到了 50 岁以后,随年龄增长,嗅觉灵敏度会下降。科学研究结果还显示,女性对气味的灵敏度比男性更高。这些研究结果,结合我们调查得出的 “女性不喜欢香菜的比例显著高于男性”、“年长者喜欢香菜的比例显著高于年幼者” 的结论,都从侧面验证了“嗅觉灵敏度高的人,更不喜欢香菜”的假说。


也许,现在倔强的香菜黑们,随着年龄的增长,嗅觉慢慢退化,终将接受岁月的洗礼,对香菜黑转粉。




在上篇文章中,我们提出了假设,在高纬度且食物匮乏的地区,人们为了更好地适应环境,可能具有较低的嗅觉灵敏度,对食物更不挑剔。而香菜的喜好和口味可能与嗅觉灵敏度相关,因此我们提出了香菜喜好可能存在南北差异的论点。


在这期调查中,我们对中国不同省份的香菜喜好差异进行了调查,在调查结果中,我们排除了人数小于或等于 10 的省份,即空白的省份(包括西藏、青海、宁夏、海南、港澳台),以防样本量小对统计结果造成影响。


对年龄和性别两个影响因素进行校正后,调查结果如下图所示(颜色越深,表示该地区香菜喜好度越高)。



然而,结果显示,在中国地区,香菜喜好并没有表现出显著的南北差异。 


其中用户对香菜喜好度最高的省份包括贵州、新疆等地,Lily 不由想起了遵义羊肉粉和新疆大盆鸡上点缀的丝丝香菜,饿……


而在广东、广西、福建、江苏、山东等沿海省份,用户对香菜的喜好程度相对其他地方更低。作为半个吃货,Lily 是这么猜测的,这些沿海省份的人热爱海鲜,可能更爱吃食物的原味,而倾向于不喜欢香菜这种侵略性太高的配菜,欢迎沿海省份的朋友们现身说法。




WeGene 的微解读项目中有一项对香菜喜好度的检测,检测了位于 11 号染色体上的 rs72921001 位点。


但从反馈结果来看,准确度并不高。可能是因为引证的文献中,调查对象为高加索人,而这一结果并不适用于中国人。


于是, 我们对微解读项目中选择的 rs72921001 位点与香菜喜好及香菜嗅感的关系进行了相关分析。经过分析发现,rs72921001 位点与香菜喜好的关系不显著(p-value=0.665)。rs72921001 位点与香菜嗅感的关系也不显著(p-value=0.303)。所以,rs72921001 位点并非中国人香菜喜好及嗅感的显著位点。难怪这个微解读项目不靠谱。



然而我们不会撤掉这个项目,因为微解读的项目是用户创建的项目,我们没有撤下的权利。微解读就是基因检测项目的孵化器和实验池,在这里有更高的容错率,用户可以自由选择探索的项目。我们通过数据验证其中项目的靠谱性,一旦项目被验证靠谱,就有了出道为官方项目的机会了~


验证了已有位点的不靠谱性,我们也试图从全基因组关联分析【注3】中,探索出与中国人香菜喜好及香菜嗅感相关的基因位点。于是我们分别对香菜嗅感和香菜喜好两个性状进行了全基因组分析。


下图为针对香菜嗅感(是否有肥皂味)这一性状的全基因组分析结果,以曼哈顿图形式展示(曼哈顿图展示了基因位点与性状的相关性,图片又无数个散点构成,每一个散点代表一个基因位点):



分析后,没有找到与香菜嗅感显著相关的位点。


针对香菜喜好这一性状也进行了全基因组分析,结果见下图:



结果非常的振奋人心~~通过你们的 3597 份调研问卷,我们在香菜喜好的性状中,找到了一个具有显著相关性的位点: rs882778p-value=8.32*10^-9)。就是图上那个超过了阈值线,被圈起来的小点点,虽然看起来平凡又不起眼,但是它默默努力着,可能左右了三千多中国人(甚至更多人)的香菜喜好呢。


香菜喜好与该显著相关位点 rs882778 的关系见下图:



这个位点还从来没有被报道过,或许,rs882778 可能成为首个发现的影响中国人香菜喜好及嗅感的基因位点?


不过,但这一分析没有对年龄和性别进行校正,且这个位点的显著水平只是接近临界值,随着后续样本量的加大,分析结果可能会发生改变。 


对于已经发现的阳性位点 rs882778,我们也会用后续收到的调查结果来继续验证这一位点与香菜喜好的相关性,能不能通过后续验证,仍然处于未知。


欢迎继续参与调查,来验证这一结果的可靠性,没准,一不小心就参与了一个重大的科研发现呢,是吧~




1.女性比男性更不喜欢香菜。


2.嗅觉是影响香菜喜好的主要因素。


3.年龄越大,越喜欢吃香菜。


4.可能嗅觉更灵敏的人,更不喜欢吃香菜。


5.香菜喜好在中国不存在南北差异。


6.微解读中检测香菜喜好及嗅感的项目涉及到的位点(rs72921001),并非国人香菜喜好及嗅感的显著位点。


7.我们居然真的找到了与香菜喜好显著相关的基因位点:rs882778!!


目前得到的这些结论仍然只是初步结果,仍然需要更多数据来验证这些结果。


Lily 期待着,在不远的将来,中国人喜欢吃香菜的秘密,就可以从大家提供的序列里解码出来了。


如果你对我们的香菜研究感兴趣,就赶快戳下图一起参与吧~~


注:

【1】p-value:即 p 值,是用来判定假设检验结果的参数,p-value 越小,表明结果越显著。

【2】卡方检验:卡方检验就是统计样本的实际观测值与理论推断值之间的偏离程度。

【3】全基因组分析:应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(SNP)为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异。


Reference:

Doty, R. L., Shaman, P., Applebaum, S. L., Giberson, R., Siksorski, L., & Rosenberg, L. (1984). Smell identification ability: changes with age. Science, 226(4681), 1441-1443.

Sexual Dimorphism in the Human Olfactory Bulb: Females Have More Neurons and Glial Cells than Males.


Eriksson N, Wu S, Do CB, Kiefer AK, Tung JY, Mountain JL, et al. A genetic variant near olfactory receptor genes influences cilantro preference. Flavour. 2012;1:22. doi:10.1186/2044-7248-1-22.




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